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ChebiWebServicePortType

ChEBI(Chemical Entities of Biological Interest)情報を取得するためのportTypeである。ChEBIオントロジーによる整理もされており、関連（親、子）オントロジーを参照することもできる。
A portType for ChEBI.

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MiriamProvider

バイオモデルの様々なアノテーション情報を管理するための（最低限の）ルールを定義し、参照できるようにしたシステムがMIRIAMである。本 portType では、MIRIAMの持つリソースに関する情報を取得するためのサービスを提供しており、リソースのデータタイプ名、URI（Uniform Resource Identifier)の取得、実データエントリURLの取得等のメソッド群で構成されている。

URIは、統一的なルールにより世界中において一意的な名前をつける仕組みであり、場所を示すURL(Uniform Resource Location)と名前を示すURN(Uniform Resource Name)とを含む概念である。URLは場所を示すため移動する（変更される）ことがあるが、URNはそのものを識別するための名前であるため永続性がある。URNから最新のURLを取得する仕組みにより永続性のあるURNからその場所（URL）を知り実データを参照することが可能となる。

MIRIAMでサポートされているデータタイプ37種のうちURNの登録がされているものは、3つ(arXiv, Enzyme Nomenclature, UniProt）である。URLについてはすべてが登録されている。

利用目的のひとつとして「データタイプ名とIDを知っているときにその実データエントリURLを取得したい」というものが考えられる。
手順は以下のようになる。データタイプ名、IDが正確な場合には、手順３からでよい。
1: 参照したいデータタイプがMIRIAMでサポートされているかどうかをgetDataTypeName, Id, Synonymsを用いて確認する。
2:　IDが正しい書式になっているかgetDataTypePattern, checkRegExpを用いて確認する。
3:　データタイプ名とIDからgetURLでデータエントリへのURIを取得する。
　　現状ではURN登録は3つしか存在していないため、
　　URIとしてURLを用いることが現実的である。
4:　データエントリへのURIからgetDataEntry, Entriesで実データエントリURLを取得する。

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SBOProvider

WSSBO のための portType である。

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WSCitationImpl

検索query文字列でcitation情報を取得する。また、citationのIDからリソース情報を取得することがきる。

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WSClustalW2

ClustalW2 を実行するためのportTypeである。
runClustalW2, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでClustalW2の実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSDaliLite

DaliLite を実行するためのportTypeである。
runDaliLite, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでDaliLiteの実行、実行状態、結果取得ができる。

pdbのエントリID2つを指定し、これら2つのpdb情報からチェインを抽出し、比較（構造アラインメント）を行う。

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WSInterProScan

InterProScan を実行するためのportTypeである。
runInterProScan, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでInterProScanの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSMafft

Mafft を実行するためのportTypeである。
runMafft, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMafftの実行、実行状態、結果取得ができる。