MiriamProvider

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MiriamProvider

 

バイオモデルの様々なアノテーション情報を管理するための(最低限の)ルールを定義し、参照できるようにしたシステムがMIRIAMである。本 portType では、MIRIAMの持つリソースに関する情報を取得するためのサービスを提供しており、リソースのデータタイプ名、URI(Uniform Resource Identifier)の取得、実データエントリURLの取得等のメソッド群で構成されている。

URIは、統一的なルールにより世界中において一意的な名前をつける仕組みであり、場所を示すURL(Uniform Resource Location)と名前を示すURN(Uniform Resource Name)とを含む概念である。URLは場所を示すため移動する(変更される)ことがあるが、URNはそのものを識別するための名前であるため永続性がある。URNから最新のURLを取得する仕組みにより永続性のあるURNからその場所(URL)を知り実データを参照することが可能となる。

MIRIAMでサポートされているデータタイプ37種のうちURNの登録がされているものは、3つ(arXiv, Enzyme Nomenclature, UniProt)である。URLについてはすべてが登録されている。

利用目的のひとつとして「データタイプ名とIDを知っているときにその実データエントリURLを取得したい」というものが考えられる。
手順は以下のようになる。データタイプ名、IDが正確な場合には、手順3からでよい。
1: 参照したいデータタイプがMIRIAMでサポートされているかどうかをgetDataTypeName, Id, Synonymsを用いて確認する。
2: IDが正しい書式になっているかgetDataTypePattern, checkRegExpを用いて確認する。
3: データタイプ名とIDからgetURLでデータエントリへのURIを取得する。
  現状ではURN登録は3つしか存在していないため、
  URIとしてURLを用いることが現実的である。
4: データエントリへのURIからgetDataEntry, Entriesで実データエントリURLを取得する。