Id Ws provider Name Description

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Integr8

解読されたゲノムとこれらに関連するプロテオームについての情報を簡便、統合的にアクセスするためのサービスである。用いているデータは次のようなものである。
DNA(EMBL, Genome Reviews, Ensembl)
Protein(UniProt KB, IPI)
統計解析情報(InterPro, CluSTr, GOA)

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Integr8

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Integr8

 

解読されたゲノムとこれらに関連するプロテオームについての情報を簡便、統合的にアクセスするためのサービスである。用いているデータは次のようなものである。
DNA(EMBL, Genome Reviews, Ensembl)
Protein(UniProt KB, IPI)
統計解析情報(InterPro, CluSTr, GOA)

 

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WSCitationImpl

検索query文字列でcitation情報を取得する。また、citationのIDからリソース情報を取得することがきる。

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WSCitationImpl

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WSCitationImpl

 

検索query文字列でcitation情報を取得する。また、citationのIDからリソース情報を取得することがきる。

 

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MiriamProvider

バイオモデルの様々なアノテーション情報を管理するための(最低限の)ルールを定義し、参照できるようにしたシステムがMIRIAMである。本 portType では、MIRIAMの持つリソースに関する情報を取得するためのサービスを提供しており、リソースのデータタイプ名、URI(Uniform Resource Identifier)の取得、実データエントリURLの取得等のメソッド群で構成されている。

URIは、統一的なルールにより世界中において一意的な名前をつける仕組みであり、場所を示すURL(Uniform Resource Location)と名前を示すURN(Uniform Resource Name)とを含む概念である。URLは場所を示すため移動する(変更される)ことがあるが、URNはそのものを識別するための名前であるため永続性がある。URNから最新のURLを取得する仕組みにより永続性のあるURNからその場所(URL)を知り実データを参照することが可能となる。

MIRIAMでサポートされているデータタイプ37種のうちURNの登録がされているものは、3つ(arXiv, Enzyme Nomenclature, UniProt)である。URLについてはすべてが登録されている。

利用目的のひとつとして「データタイプ名とIDを知っているときにその実データエントリURLを取得したい」というものが考えられる。
手順は以下のようになる。データタイプ名、IDが正確な場合には、手順3からでよい。
1: 参照したいデータタイプがMIRIAMでサポートされているかどうかをgetDataTypeName, Id, Synonymsを用いて確認する。
2: IDが正しい書式になっているかgetDataTypePattern, checkRegExpを用いて確認する。
3: データタイプ名とIDからgetURLでデータエントリへのURIを取得する。
  現状ではURN登録は3つしか存在していないため、
  URIとしてURLを用いることが現実的である。
4: データエントリへのURIからgetDataEntry, Entriesで実データエントリURLを取得する。

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MiriamProvider

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MiriamProvider

 

バイオモデルの様々なアノテーション情報を管理するための(最低限の)ルールを定義し、参照できるようにしたシステムがMIRIAMである。本 portType では、MIRIAMの持つリソースに関する情報を取得するためのサービスを提供しており、リソースのデータタイプ名、URI(Uniform Resource Identifier)の取得、実データエントリURLの取得等のメソッド群で構成されている。

URIは、統一的なルールにより世界中において一意的な名前をつける仕組みであり、場所を示すURL(Uniform Resource Location)と名前を示すURN(Uniform Resource Name)とを含む概念である。URLは場所を示すため移動する(変更される)ことがあるが、URNはそのものを識別するための名前であるため永続性がある。URNから最新のURLを取得する仕組みにより永続性のあるURNからその場所(URL)を知り実データを参照することが可能となる。

MIRIAMでサポートされているデータタイプ37種のうちURNの登録がされているものは、3つ(arXiv, Enzyme Nomenclature, UniProt)である。URLについてはすべてが登録されている。

利用目的のひとつとして「データタイプ名とIDを知っているときにその実データエントリURLを取得したい」というものが考えられる。
手順は以下のようになる。データタイプ名、IDが正確な場合には、手順3からでよい。
1: 参照したいデータタイプがMIRIAMでサポートされているかどうかをgetDataTypeName, Id, Synonymsを用いて確認する。
2: IDが正しい書式になっているかgetDataTypePattern, checkRegExpを用いて確認する。
3: データタイプ名とIDからgetURLでデータエントリへのURIを取得する。
  現状ではURN登録は3つしか存在していないため、
  URIとしてURLを用いることが現実的である。
4: データエントリへのURIからgetDataEntry, Entriesで実データエントリURLを取得する。

 

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WSDBFetchServerLegacy

データベース名、IDを指定して当該エントリを取得する。取得する際のフォーマット名、出力形式を指定することができる。
ウェブサービスで利用できるデータベース名、フォーマット名、出力形式名リストを取得するメソッドも用意されている。

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WSDBFetchServerLegacy

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WSDBFetchServerLegacy

 

データベース名、IDを指定して当該エントリを取得する。取得する際のフォーマット名、出力形式を指定することができる。
ウェブサービスで利用できるデータベース名、フォーマット名、出力形式名リストを取得するメソッドも用意されている。

 

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1

WSWUBlast

wu-blast を実行するためのportTypeである。
runWUBlast, checkStatus, getResults, poll, polljob, doWUBlastがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでwu-blastの実行、実行状態、結果取得ができる。
blastn, blastpは、簡便にwu-blastを実行するためのメソッドとなっており、結果取得には専用のメソッドgetOutput, getXML, getIdsが用意されている。これらの専用メソッドは、runWUBlast, doWUBlastの結果取得には用いることができない。逆も(blastn, blastpの結果をpoll等で取得する)できない。

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WSWUBlast

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WSWUBlast

 

wu-blast を実行するためのportTypeである。
runWUBlast, checkStatus, getResults, poll, polljob, doWUBlastがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでwu-blastの実行、実行状態、結果取得ができる。
blastn, blastpは、簡便にwu-blastを実行するためのメソッドとなっており、結果取得には専用のメソッドgetOutput, getXML, getIdsが用意されている。これらの専用メソッドは、runWUBlast, doWUBlastの結果取得には用いることができない。逆も(blastn, blastpの結果をpoll等で取得する)できない。

 

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SBOProvider

WSSBO のための portType である。

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SBOProvider

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SBOProvider

 

WSSBO のための portType である。

 

4

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Query

WSOntology Lookup のための portType である。
オントロジー名(gene ontology等)とID(GO:0000022等)から用語を検索したり、用語の一部からオントロジーを検索して用語を抽出することができる。また、用語の親や子を参照することもできる。
オントロジーは54種ある。

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Query

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Query

 

WSOntology Lookup のための portType である。
オントロジー名(gene ontology等)とID(GO:0000022等)から用語を検索したり、用語の一部からオントロジーを検索して用語を抽出することができる。また、用語の親や子を参照することもできる。
オントロジーは54種ある。

 

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1

WSTCoffee

T-Coffee を実行するためのportTypeである。
runTCoffee, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでTCoffeeの実行、実行状態、結果取得ができる。

runTCoffee の入力パラメータとして複合型 inputParams が定義されており、メンバーはClustalWのinputParams とまったく同じである。しかし、実行に効果があるのは、matrix, outorder, async, email(必須)の4つである。

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WSTCoffee

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WSTCoffee

 

T-Coffee を実行するためのportTypeである。
runTCoffee, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでTCoffeeの実行、実行状態、結果取得ができる。

runTCoffee の入力パラメータとして複合型 inputParams が定義されており、メンバーはClustalWのinputParams とまったく同じである。しかし、実行に効果があるのは、matrix, outorder, async, email(必須)の4つである。

 

18

1

WSScanPS

ScanPS を実行するためのportTypeである。
runScanPS, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでScanPSの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSScanPS

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WSScanPS

 

ScanPS を実行するためのportTypeである。
runScanPS, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでScanPSの実行、実行状態、結果取得ができる。

 

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WSNCBIBlast

NCBI blast を実行するためのportTypeである。
runNCBIBlast, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでNCBI blastの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSNCBIBlast

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1

 

WSNCBIBlast

 

NCBI blast を実行するためのportTypeである。
runNCBIBlast, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでNCBI blastの実行、実行状態、結果取得ができる。

 

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eUtilsServiceSoap

NCBI Entezのデータベース検索等を行うためのウェブサービスである。

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eUtilsServiceSoap

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eUtilsServiceSoap

 

NCBI Entezのデータベース検索等を行うためのウェブサービスである。

 

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WSMuscle

Muscle を実行するためのportTypeである。
runMuscle, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMuscleの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSMuscle

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WSMuscle

 

Muscle を実行するためのportTypeである。
runMuscle, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMuscleの実行、実行状態、結果取得ができる。

 

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WSMafft

Mafft を実行するためのportTypeである。
runMafft, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMafftの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSMafft

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WSMafft

 

Mafft を実行するためのportTypeである。
runMafft, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMafftの実行、実行状態、結果取得ができる。

 

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WSMPsrch

MPsrch を実行するためのportTypeである。
runMPsrch, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMPsrchの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSMPsrch

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WSMPsrch

 

MPsrch を実行するためのportTypeである。
runMPsrch, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでMPsrchの実行、実行状態、結果取得ができる。

 

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WSInterProScan

InterProScan を実行するためのportTypeである。
runInterProScan, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでInterProScanの実行、実行状態、結果取得ができる。

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WSInterProScan

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WSInterProScan

 

InterProScan を実行するためのportTypeである。
runInterProScan, checkStatus, getResults, pollがひとつのセットとなっており、これらのメソッドでInterProScanの実行、実行状態、結果取得ができる。