Id Ws service Name Description Input Input name Output name

103

WSClustalW

alignIds

配列をデータベース検索し、検索結果の配列をマルチプルアラインメントに合わせてアラインメントする。(実行確認できていないため推測)

alignIdsRequest

database

jobid

Show
alignIds

103

 

WSClustalW

 

alignIds

 

配列をデータベース検索し、検索結果の配列をマルチプルアラインメントに合わせてアラインメントする。(実行確認できていないため推測)

 

alignIdsRequest

 

database

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名。

 

alignIdsResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を得ることができる。

 

alignIds('embl', sequence, clustaw_output, email)

 

実行確認できていない。<br/>機能、入出力については、推測。<br/>実行エラーとなる。(500 internal server error)

 

174

 

blastp

wu-blast の blastp を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

blastp

database

jobid

Show
blastp

174

 

 

 

blastp

 

wu-blast の blastp を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

 

blastp

 

database

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を設定する。
runWUBlastのinputParam->databaseに相当する。

 

blastpResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、getOutput, getXML, getIds により結果を取得することができる。

 

$jobid = blastp('embl', 'MSSLRLTZ…', 'togows@dbcls.jp')

 

-

 

170

 

blastn

wu-blast の blastn を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

blastn

database

jobid

Show
blastn

170

 

 

 

blastn

 

wu-blast の blastn を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

 

blastn

 

database

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を設定する。
runWUBlastのinputParam->databaseに相当する。

 

blastnResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、getOutput, getXML, getIds により結果を取得することができる。

 

$jobid = blastn('embl', 'AGCTGTAGTGCTCCCGATA…', 'togows@dbcls.jp')

 

-

 

142

WSMafft

alignIds

配列をデータベース検索し、検索結果の配列をマルチプルアラインメントに合わせてアラインメントする。(実行確認できていないため推測)

alignIdsRequest

database

jobid

Show
alignIds

142

 

WSMafft

 

alignIds

 

配列をデータベース検索し、検索結果の配列をマルチプルアラインメントに合わせてアラインメントする。(実行確認できていないため推測)

 

alignIdsRequest

 

database

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名。

 

alignIdsResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を得ることができる。

 

alignIds('embl', sequence, clustaw_output, email)

 

実行確認できていない。<br/>機能、入出力については、推測。<br/>実行エラーとなる。(500 internal server error)

 

120

WSDBFetchServerLegacy

getDbFormats

引数で指定るするデータベースで対応しているフォーマット名を得る。

getDbFormatsRequest

db

getDbFormatsReturn

Show
getDbFormats

120

 

WSDBFetchServerLegacy

 

getDbFormats

 

引数で指定るするデータベースで対応しているフォーマット名を得る。

 

getDbFormatsRequest

 

db

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を指定する。

 

getDbFormatsResponse

 

getDbFormatsReturn

 

xsd:string[]

 

2

 

引数で指定したデータベースについて、対応可能なフォーマット名をstring型の配列で取得する。

 

$result = getDbFormats('embl')

 

以下のようなリストが取得できる。<br/>default<br/>embl<br/>emblxml<br/>fasta<br/>insdxml

 

116

WSDBFetchServerLegacy

getFormatStyles

引数で指定るするデータベースで対応している出力形式を得る。

getFormatStylesRequest

db

getFormatStylesReturn

Show
getFormatStyles

116

 

WSDBFetchServerLegacy

 

getFormatStyles

 

引数で指定るするデータベースで対応している出力形式を得る。

 

getFormatStylesRequest

 

db

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を指定する。

 

getFormatStylesResponse

 

getFormatStylesReturn

 

xsd:string[]

 

2

 

引数で指定したデータベース、フォーマットについて、対応可能な出力形式名をstring型の配列で取得する。

 

getFormatStyles('embl', 'fasta')

 

以下のようなリストが取得できる。<br/>default<br/>html<br/>raw

 

115

WSDBFetchServerLegacy

fetchBatch

データベース名とIDを指定して、当該エントリを取得する。IDは、指定するデータベースで有効なものを指定する。取得する際のフォーマットおよび出力形式も指定することができ、省略した場合には、いずれも 'default' が指定されたものとみなされる。メソッドfetchDataのqueryがdb(データベース名)とids(ID)に分割された引数となったメソッドである。

fetchBatchRequest

db

fetchBatchReturn

Show
fetchBatch

115

 

WSDBFetchServerLegacy

 

fetchBatch

 

データベース名とIDを指定して、当該エントリを取得する。IDは、指定するデータベースで有効なものを指定する。取得する際のフォーマットおよび出力形式も指定することができ、省略した場合には、いずれも 'default' が指定されたものとみなされる。メソッドfetchDataのqueryがdb(データベース名)とids(ID)に分割された引数となったメソッドである。

 

fetchBatchRequest

 

db

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を指定する。

 

fetchBatchResponse

 

fetchBatchReturn

 

xsd:string[]

 

2

 

引数で指定したフォーマット、出力形式でデータベースの当該エントリが取得できる。
該当するエントリがない場合には、空が戻される。

 

$result = fetchBatch('embl', 'BX784280', 'embl', 'default')<br/>$result = fetchBatch('embl', 'BX784280', 'emblxml', 'html')<br/>$result = fetchBatch('embl', 'AL355543', 'fasta')<br/>$result = fetchBatch('embl', 'AL355543')

 

-

 

28

MiriamProvider

getName

URI(URNまたはURL)から対応するデータタイプ名を取得する。

getNameRequest

in0

getNameReturn

Show
getName

28

 

MiriamProvider

 

getName

 

URI(URNまたはURL)から対応するデータタイプ名を取得する。

 

getNameRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

URI(URNまたはURL)を設定する。

 

getNameResponse

 

getNameReturn

 

xsd:string

 

2

 

データタイプ名が取得できる。

 

$result = getName('urn:oai;arXiv.org:')

 

URNの登録がされているデータタイプは、arXiv, Enzyme Nomenclature, UniProtの3つである。

 

29

MiriamProvider

getDataTypeURLs

データタイプ名に対応するすべてのURL を取得する。

getDataTypeURLsRequest

in0

getDataTypeURLsReturn

Show
getDataTypeURLs

29

 

MiriamProvider

 

getDataTypeURLs

 

データタイプ名に対応するすべてのURL を取得する。

 

getDataTypeURLsRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

データタイプ名を設定する。

 

getDataTypeURLsResponse

 

getDataTypeURLsReturn

 

impl:ArrayOf_xsd_string

 

-

 

データタイプ名に対応する(deprecatedを含めた)すべてのURLが取得できる。

 

$result = getDataTypeURLs('arXiv')

 

-

 

76

SBOProvider

isRoot

引数で設定する term が Rootかを判定する。

isRootRequest

in0

parameters

Show
isRoot

76

 

SBOProvider

 

isRoot

 

引数で設定する term が Rootかを判定する。

 

isRootRequest

 

in0

 

xsd:int

 

72

 

 

SBO のID(数値部分)を設定する。

 

isRootResponse

 

parameters

 

xsd:boolean

 

20

 

判定結果を取得できる。

 

$result = isRoot(0)<br/>// true

 

-

 

31

MiriamProvider

getDataTypeURL

データタイプ名に対応するURL を取得する。

getDataTypeURLRequest

in0

getDataTypeURLReturn

Show
getDataTypeURL

31

 

MiriamProvider

 

getDataTypeURL

 

データタイプ名に対応するURL を取得する。

 

getDataTypeURLRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

データタイプ名を設定する。

 

getDataTypeURLResponse

 

getDataTypeURLReturn

 

xsd:string

 

2

 

データタイプ名に対応するURLが取得できる。

 

$result = getDataTypeURL('arXiv')

 

-

 

32

MiriamProvider

getResourceLocation

データタイプのリソース実位置に関する情報を取得する。

getResourceLocationRequest

in0

getResourceLocationReturn

Show
getResourceLocation

32

 

MiriamProvider

 

getResourceLocation

 

データタイプのリソース実位置に関する情報を取得する。

 

getResourceLocationRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

データタイプID(MIRIAMリソースID)を設定する。

 

getResourceLocationResponse

 

getResourceLocationReturn

 

xsd:string

 

2

 

データタイプのリソース実位置に関する情報が取得できる。

 

$result = getResourceLocation('MIR:00000030')

 

どのデータタイプについても戻り値が空文字列であり、何の情報も得られない。

 

33

MiriamProvider

getURI

データタイプ名とIDから対応するURIを指定したタイプ(URNまたはURL)で取得する。

getURIRequest

in0

getURIReturn

Show
getURI

33

 

MiriamProvider

 

getURI

 

データタイプ名とIDから対応するURIを指定したタイプ(URNまたはURL)で取得する。

 

getURIRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

データタイプ名を設定する。

 

getURIResponse

 

getURIReturn

 

xsd:string

 

2

 

データタイプ名とIDに対応するURIを指定したタイプ(URNまたはURI)で取得できる。

 

$result = getURI('UniProt', 'P62158', 'URL')

 

URNの登録がされているデータタイプは、arXiv, Enzyme Nomenclature, UniProtの3つである。

 

34

MiriamProvider

getDataTypeDef

データタイプの定義を取得する。

getDataTypeDefRequest

in0

getDataTypeDefReturn

Show
getDataTypeDef

34

 

MiriamProvider

 

getDataTypeDef

 

データタイプの定義を取得する。

 

getDataTypeDefRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

データタイプ名またはデータタイプURIを設定する。

 

getDataTypeDefResponse

 

getDataTypeDefReturn

 

xsd:string

 

2

 

データタイプの定義が取得できる。

 

$result = getDataTypeDef('arXiv')

 

-

 

74

SBOProvider

isObsolete

引数で設定する term が Obsoleteかを判定する。

isObsoleteRequest

in0

parameters

Show
isObsolete

74

 

SBOProvider

 

isObsolete

 

引数で設定する term が Obsoleteかを判定する。

 

isObsoleteRequest

 

in0

 

xsd:int

 

72

 

 

SBO のID(数値部分)を設定する。

 

isObsoleteResponse

 

parameters

 

xsd:boolean

 

20

 

判定結果を取得できる。

 

$result = isObsolete(43)

 

結果が空となる。