Id Ws service Name Description Input Input name Output name

181

eUtilsServiceSoap

run_eSummary

primaryIDからドキュメントのサマリーを取得する。

eSummaryRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eSummary

181

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eSummary

 

primaryIDからドキュメントのサマリーを取得する。

 

eSummaryRequest_m

 

parameters

 

eSummaryRequest

 

178

 

 

db にデータベースを設定し、idにIDを設定する。

 

eSummaryResponse_m

 

parameters

 

eSummaryResult

 

-

 

-

 

サマリを取得できる。

 

$result = run_eSummary(%parameters)

 

180

eUtilsServiceSoap

run_eInfo

Entrezの各データベースについて、フィールド名、インデックス数、最終更新日、有効なリンクを取得する。

eInfoRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eInfo

180

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eInfo

 

Entrezの各データベースについて、フィールド名、インデックス数、最終更新日、有効なリンクを取得する。

 

eInfoRequest_m

 

parameters

 

eInfoRequest

 

163

 

 

db に情報を得たいデータベースを設定する。

 

eInfoResponse_m

 

parameters

 

eInfoResult

 

-

 

-

 

Entrezのデータベースに関する情報が取得できる。

 

$result = run_eInfo(%parameters)

 

179

eUtilsServiceSoap

run_eGquery

1つの検索式でEntrezの各データベースを検索し、それぞれのヒット数を取得する。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery に対応するメソッドである。

eGquertRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eGquery

179

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eGquery

 

1つの検索式でEntrezの各データベースを検索し、それぞれのヒット数を取得する。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery に対応するメソッドである。

 

eGquertRequest_m

 

parameters

 

eGqueryRequest

 

162

 

 

term に検索式を設定する。

 

eGquertResponse_m

 

parameters

 

Result

 

187

 

-

 

検索ヒット数を取得できる。

 

$result = run_eGquery(%parameters)

 

178

eUtilsServiceSoap

run_eLink

primaryIDから関連するリンクの存在をチェックする。

eLinkRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eLink

178

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eLink

 

primaryIDから関連するリンクの存在をチェックする。

 

eLinkRequest_m

 

parameters

 

eLinkRequest

 

165

 

 

id(), dbfromにリンク元の情報を設定し、dbにリンク先のデータベースを設定する。

 

eLinkResponse_m

 

parameters

 

eLinkResult

 

-

 

-

 

dbfrom内のid()に該当するエントリとリンク関係のあるdb内のデータエントリのIDが取得できる。

 

$result = run_eLink(%parameters)

 

177

eUtilsServiceSoap

run_eSearch

検索によりprimaryIDを取得する。

eSearchRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eSearch

177

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eSearch

 

検索によりprimaryIDを取得する。

 

eSearchRequest_m

 

parameters

 

eSearchRequest

 

171

 

 

db に検索するデータベースを設定し、term に検索式を設定する。

 

eSearchResponse_m

 

parameters

 

eSearchResult

 

-

 

-

 

db内をtermで検索した結果を取得できる。

 

$result = run_eSearch(%parameters)

 

176

eUtilsServiceSoap

run_eFetch

データベースレコードを取得する。

eFetchRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eFetch

176

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eFetch

 

データベースレコードを取得する。

 

eFetchRequest_m

 

parameters

 

eFetchRequest

 

150

 

 

db にデータベースを設定し、idにIDを設定する。

 

eFetchResponse_m

 

parameters

 

eFetchResult

 

-

 

-

 

データベース内の該当レコードを取得できる。

 

$result = run_eFetch(%parameters)

 

175

eUtilsServiceSoap

run_eSpell

対象データベースを検索する際のスペリング候補を取得する。

eSpellRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eSpell

175

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eSpell

 

対象データベースを検索する際のスペリング候補を取得する。

 

eSpellRequest_m

 

parameters

 

eSpellRequest

 

175

 

 

db にデータベースを設定し、term にワードを設定する。

 

eSpellResponse_m

 

parameters

 

eSpellResult

 

-

 

-

 

設定したデータベース内で正しいと考えられるスペルに修正されたtermが取得できる。

 

$result = run_eSpell(%parameters)

 

174

 

blastp

wu-blast の blastp を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

blastp

database

jobid

Show
blastp

174

 

 

 

blastp

 

wu-blast の blastp を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

 

blastp

 

database

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を設定する。
runWUBlastのinputParam->databaseに相当する。

 

blastpResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、getOutput, getXML, getIds により結果を取得することができる。

 

$jobid = blastp('embl', 'MSSLRLTZ…', 'togows@dbcls.jp')

 

-

 

173

 

getIds

引数jobidで指定したのジョブについて、ヒットしたデータベース側のIDをすべて取得する。

getIdsRequest

jobid

result

Show
getIds

173

 

 

 

getIds

 

引数jobidで指定したのジョブについて、ヒットしたデータベース側のIDをすべて取得する。

 

getIdsRequest

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

 

blastp, blastn で取得したjobidを設定する。

 

getIdsResponse

 

result

 

tns:ArrayOf_xsd_string

 

74

 

ヒットしたデータベース側のIDをstring型の配列で取得する。

 

$results = getIds($jobid)

 

-

 

172

 

getOutput

引数jobidで指定したのジョブについて、wu-blastのテキスト出力で結果を取得する。

getOutput

jobid

result

Show
getOutput

172

 

 

 

getOutput

 

引数jobidで指定したのジョブについて、wu-blastのテキスト出力で結果を取得する。

 

getOutput

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

 

blastp, blastn で取得したjobidを設定する。

 

getOutputResponse

 

result

 

xsd:string

 

2

 

wu-blastのテキスト形式で結果を取得する。

 

$results = getOutput($jobid)

 

-

 

171

 

getXML

引数jobidで指定したのジョブについて、wu-blastのXML出力で結果を取得する。

getXML

jobid

result

Show
getXML

171

 

 

 

getXML

 

引数jobidで指定したのジョブについて、wu-blastのXML出力で結果を取得する。

 

getXML

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

 

blastp, blastn で取得したjobidを設定する。

 

getXMLResponse

 

result

 

xsd:string

 

2

 

wu-blastのXML形式で結果を取得する。

 

$results = getXML($jobid)

 

-

 

170

 

blastn

wu-blast の blastn を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

blastn

database

jobid

Show
blastn

170

 

 

 

blastn

 

wu-blast の blastn を実行する。実行パラメータの設定はできずデフォルト値での実行となる。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドgetOutput, getXML, getIds を用いてwu-blastの結果を取得する。

 

blastn

 

database

 

xsd:string

 

2

 

 

データベース名を設定する。
runWUBlastのinputParam->databaseに相当する。

 

blastnResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、getOutput, getXML, getIds により結果を取得することができる。

 

$jobid = blastn('embl', 'AGCTGTAGTGCTCCCGATA…', 'togows@dbcls.jp')

 

-

 

169

 

runWUBlast

wu-blastを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, poll, polljobを用いて実行結果をwu-blastの出力形式で取得する。

runWUBlastRequest

params

jobid

Show
runWUBlast

169

 

 

 

runWUBlast

 

wu-blastを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, poll, polljobを用いて実行結果をwu-blastの出力形式で取得する。

 

runWUBlastRequest

 

params

 

tns:inputParams

 

76

 

 

引数paramのメンバprogram, database, email の設定が必須である。
詳細は、データ型inputParamsの解説参照。

 

runWUBlastResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を取得することができる。

 

$jobid = runWUBlast(%param, @content)

 

引数contentは'ArrayofData'となっており複数の配列を入力できそうであるが、複数にすると実行できない。

 

168

 

doWUBlast

wu-blastを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, poll, polljobを用いて実行結果をwu-blastの出力形式で取得することができる。

doWUBlastRequest

params

result

Show
doWUBlast

168

 

 

 

doWUBlast

 

wu-blastを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, poll, polljobを用いて実行結果をwu-blastの出力形式で取得することができる。

 

doWUBlastRequest

 

params

 

tns:inputParams

 

76

 

 

runWUblastと同様である。

 

doWUBlastResponse

 

result

 

xsd:base64Binary

 

-

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を取得することができる。runWUBlastの実行後と同様である。

 

$result = doWUBlast(%inputParams, 'AGCTCGCGTAGCGGGCTTAGTA…')

 

WSDLでは、引数content の型がbase64Binaryとなっているが、stringである。また、出力結果の型もbase64Binaryとなっているが、stringである。<br/>実行確認作業中に突然実行できるようになるなど動作には不安が残る。またWSDLの入出力設定からは、base64Binaryのquery配列を入力とし、結果についてもダイレクトにbase64Binaryで取得できそうであるが、そうはなっておらず、暫定的に動くようにしてある、という感がある。

 

167

 

checkStatus

引数jobidで指定したジョブの状態を取得する。
ジョブ状態は、'NOT_FOUND', 'RUNNUNG', 'DONE', 'ERROR'のいずれかである。

statusRequest

jobid

status

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checkStatus

167

 

 

 

checkStatus

 

引数jobidで指定したジョブの状態を取得する。
ジョブ状態は、'NOT_FOUND', 'RUNNUNG', 'DONE', 'ERROR'のいずれかである。

 

statusRequest

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

 

runWUblastで取得したjobidを設定する。

 

statusResponse

 

status

 

xsd:string

 

2

 

ジョブ状態として、’NOT_FOUND', 'RUNNING', 'DONE', 'ERROR'のいずれかが取得できる。

 

$status = checkStatus($jobid)

 

確認できた状態は上記の4つであるが、他にもあるかもしれない。