Id Ws service Name Description Input Input name Output name

179

eUtilsServiceSoap

run_eGquery

1つの検索式でEntrezの各データベースを検索し、それぞれのヒット数を取得する。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery に対応するメソッドである。

eGquertRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eGquery

179

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eGquery

 

1つの検索式でEntrezの各データベースを検索し、それぞれのヒット数を取得する。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery に対応するメソッドである。

 

eGquertRequest_m

 

parameters

 

eGqueryRequest

 

162

 

 

term に検索式を設定する。

 

eGquertResponse_m

 

parameters

 

Result

 

187

 

-

 

検索ヒット数を取得できる。

 

$result = run_eGquery(%parameters)

 

96

WSBlastpgp

runBlastpgp

Blastpgpを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をBlastpgpの出力形式で取得する。

runBlastpgpRequest

params

jobid

Show
runBlastpgp

96

 

WSBlastpgp

 

runBlastpgp

 

Blastpgpを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をBlastpgpの出力形式で取得する。

 

runBlastpgpRequest

 

params

 

tns:inputParams

 

76

 

 

引数paramのメンバmode, database, email の設定が必須である。
詳細は、データ型inputParamsの解説参照。

 

runBlastpgpResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を取得することができる。

 

$jobid = runBlastpgp(%param, @content)

 

引数contentは'ArrayofData'となっており複数の配列を入力できそうであるが、複数にすると実行できない。

 

4

ChebiWebServicePortType

getOntologyChildren

ChEBIオントロジーにおける子オントロジーを取得する。

getOntologyChildren

parameters

result

Show
getOntologyChildren

4

 

ChebiWebServicePortType

 

getOntologyChildren

 

ChEBIオントロジーにおける子オントロジーを取得する。

 

getOntologyChildren

 

parameters

 

tns:getOntologyChildren

 

14

 

 

ChEBIのIDを設定する。

 

getOntologyChildrenResponse

 

result

 

tns:getOntologyChildrenResponse

 

15

 

子オントロジー情報を取得する。

 

-

 

-

 

1

ChebiWebServicePortType

getOntologyParents

ChEBIオントロジーにおける親オントロジーを取得する。
Create an instance of GetOntologyParents

getOntologyParents

parameters

result

Show
getOntologyParents

1

 

ChebiWebServicePortType

 

getOntologyParents

 

ChEBIオントロジーにおける親オントロジーを取得する。
Create an instance of GetOntologyParents

 

getOntologyParents

 

parameters

 

tns:getOntologyParents

 

17

 

 

ChEBIのIDを設定する。
Set ChEBI ID.

 

getOntologyParentsResponse

 

result

 

tns:getOntologyParentsResponse

 

18

 

親オントロジー情報を取得する。
Create an instance of GetOntologyParents

 

-

 

-

 

113

WSClustalW2

runClustalW2

ClustalW2を実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をClustalW2の出力形式で取得する。

runClustalW2Request

params

jobid

Show
runClustalW2

113

 

WSClustalW2

 

runClustalW2

 

ClustalW2を実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をClustalW2の出力形式で取得する。

 

runClustalW2Request

 

params

 

tns:inputParams

 

86

 

 

email が必須。
デフォルトでは、.txt, .aln, .dndの3種類の結果を取得することができる。パラメータを設定することで、系統樹情報(nj, phylip, dist)を取得することもできる。

 

runClustalW2Response

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を得ることができる。

 

$jobid = runClustalW2(%param, @content)

 

引数contentは'ArrayofData'となっており複数の配列を入力できそうであるが、複数にすると実行できない。

 

109

WSClustalW

runClustalW

ClustalWを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をClustalWの出力形式で取得する。

runClustalWRequest

params

jobid

Show
runClustalW

109

 

WSClustalW

 

runClustalW

 

ClustalWを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をClustalWの出力形式で取得する。

 

runClustalWRequest

 

params

 

tns:inputParams

 

81

 

 

email が必須。
デフォルトでは、.txt, .aln, .dndの3種類の結果を取得することができる。パラメータを設定することで、系統樹情報(nj, phylip, dist)を取得することもできる。

 

runClustalWResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を得ることができる。

 

$jobid = runClustalW(%param, @content)

 

引数contentは'ArrayofData'となっており複数の配列を入力できそうであるが、複数にすると実行できない。

 

125

WSDaliLite

runDaliLite

DaliLiteを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をDaliLiteの出力形式で取得する。デフォルトでは、html形式である。

runDaliLiteRequest

params

jobid

Show
runDaliLite

125

 

WSDaliLite

 

runDaliLite

 

DaliLiteを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, pollを用いて実行結果をDaliLiteの出力形式で取得する。デフォルトでは、html形式である。

 

runDaliLiteRequest

 

params

 

tns:inputParams

 

93

 

 

inputParams->sequence1, 2, chaind1, 2, email が必須。

 

runDaliLiteResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を得ることができる。

 

$jobid = runDaliLite(%param, @content)

 

引数contentは'ArrayofData'となっており複数の配列を入力できそうであるが、複数にすると実行できない。

 

2

ChebiWebServicePortType

getCompleteEntity

Entityをすべて取得する。

getCompleteEntity

parameters

result

Show
getCompleteEntity

2

 

ChebiWebServicePortType

 

getCompleteEntity

 

Entityをすべて取得する。

 

getCompleteEntity

 

parameters

 

tns:getCompleteEntity

 

8

 

 

ChEBIのIDを設定する。
Set a ChEBI ID.

 

getCompleteEntityResponse

 

result

 

tns:getCompleteEntityResponse

 

9

 

Entityを取得する。

 

-

 

-

 

180

eUtilsServiceSoap

run_eInfo

Entrezの各データベースについて、フィールド名、インデックス数、最終更新日、有効なリンクを取得する。

eInfoRequest_m

parameters

parameters

Show
run_eInfo

180

 

eUtilsServiceSoap

 

run_eInfo

 

Entrezの各データベースについて、フィールド名、インデックス数、最終更新日、有効なリンクを取得する。

 

eInfoRequest_m

 

parameters

 

eInfoRequest

 

163

 

 

db に情報を得たいデータベースを設定する。

 

eInfoResponse_m

 

parameters

 

eInfoResult

 

-

 

-

 

Entrezのデータベースに関する情報が取得できる。

 

$result = run_eInfo(%parameters)

 

130

WSFasta

runFasta

Fastaを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, poll, polljobを用いて実行結果をFastaの出力形式で取得する。

runFastaRequest

params

jobid

Show
runFasta

130

 

WSFasta

 

runFasta

 

Fastaを実行する。実行パラメータは引数paramsで与え、query配列は引数contentで与える。戻り値としてジョブ番号(jobid)を取得し、メソッドcheckStatus, getResults, poll, polljobを用いて実行結果をFastaの出力形式で取得する。

 

runFastaRequest

 

params

 

tns:inputParams

 

76

 

 

引数paramのメンバprogram, database, email の設定が必須である。
詳細は、データ型inputParamsの解説参照。

 

runFastaResponse

 

jobid

 

xsd:string

 

2

 

jobid が得られ、このjobidを用いて、checkStatus, getResults, pollにより結果を取得することができる。

 

$jobid = runFasta(%param, @content)

 

program:fastf3 は実行できないようである。実行しようとすると以下の内容のメールが届く。<br/>sh: /fastf34_t: No such file or directory<br/>program:fasts3 は実行できないようである。見かけ上の実行はできるが、結果をみると正常に実行できていない。<br/>program:ssearch は実行できないようである。実行しようとすると以下の内容のメールが届く。<br/>could not create command line, binary path not configured for program ssearch<br/>引数contentは'ArrayofData'となっており複数の配列を入力できそうであるが、複数にすると実行できない。

 

57

Query

getTermChildren

ID、オントロジー名、距離、関連タイプに対応する用語の子用語を取得する。

getTermChildrenRequest

termId

parameters

Show
getTermChildren

57

 

Query

 

getTermChildren

 

ID、オントロジー名、距離、関連タイプに対応する用語の子用語を取得する。

 

getTermChildrenRequest

 

termId

 

String

 

-

 

 

IDを設定する。

 

getTermChildrenResponse

 

parameters

 

Map

 

62

 

子用語が取得できる。

 

Map result = getTermChildren("GO:0051231", "GO", 2, relationTypes)<br/>// GO:0051232, meiotic spindle elongation<br/>// GO:0032888, regulation of mitotic spindle elongation<br/>// GO:0000022, mitotic spindle elongation<br/>// GO:0032887, regulation of spindle elongation

 

-

 

39

MiriamProvider

checkRegExp

IDが指定するデータタイプの正規の書式かどうかを判定する。

checkRegExpRequest

in0

checkRegExpReturn

Show
checkRegExp

39

 

MiriamProvider

 

checkRegExp

 

IDが指定するデータタイプの正規の書式かどうかを判定する。

 

checkRegExpRequest

 

in0

 

xsd:string

 

2

 

 

判定したいIDを設定する。

 

checkRegExpResponse

 

checkRegExpReturn

 

xsd:string

 

2

 

'ture' または 'false' (文字列)が取得できる。

 

$result = checkRegExp('P62158', 'UniProt');

 

-

 

54

Query

getTermXrefs

IDとオントロジー名から対応するクロスリファレンス情報を取得する。

getTermXrefsRequest

termId

parameters

Show
getTermXrefs

54

 

Query

 

getTermXrefs

 

IDとオントロジー名から対応するクロスリファレンス情報を取得する。

 

getTermXrefsRequest

 

termId

 

String

 

-

 

 

IDを設定する。

 

getTermXrefsResponse

 

parameters

 

Map

 

62

 

クロスリファレンス情報が取得できる。

 

Map result = getTermXrefs("GO:0000022", "GO")<br/>// xref_definition, GOC:mah

 

-

 

63

Query

getTermMetadata

IDとオントロジー名から対応するメタデータを取得する。

getTermMetadataRequest

termId

parameters

Show
getTermMetadata

63

 

Query

 

getTermMetadata

 

IDとオントロジー名から対応するメタデータを取得する。

 

getTermMetadataRequest

 

termId

 

String

 

-

 

 

IDを設定する。

 

getTermMetadataResponse

 

parameters

 

Map

 

62

 

メタデータが取得できる。

 

Map result = getTermMetadata("GO:0000022", "GO")<br/>// exact_synonym, spindle elongation during mitosis<br/>// definition, Lengthening of the distance between poles of the mitotic spindle.

 

-

 

49

Query

getTermById

IDとオントロジー名から対応する用語を取得する。

getTermByIdRequest

termId

parameters

Show
getTermById

49

 

Query

 

getTermById

 

IDとオントロジー名から対応する用語を取得する。

 

getTermByIdRequest

 

termId

 

String

 

-

 

 

IDを設定する。

 

getTermByIdResponse

 

parameters

 

String

 

-

 

用語が取得できる。

 

String result = getTermById("GO:0000022", "GO")<br/>// mitotic spindle elogation

 

-