Id Ws service Complex type name Complex type Optional Field name Datatype name

346

WSMuscle

tns:inputParams

116

diags

xsd:boolean

Show
diags

346

 

WSMuscle

 

tns:inputParams

 

116

 

 

diags

 

xsd:boolean

 

20

 

0(false)

 

おそらく高速処理をするためのオプションと思われる。ドキュメントをみると diagonal optimization に相当すると考えられ、高速処理のためにBLASTライクなことをするためのオプションである。何かしらを設定するとtrue扱いとなる。

 

1(true)

 

347

WSMuscle

tns:inputParams

116

outorder

xsd:string

Show
outorder

347

 

WSMuscle

 

tns:inputParams

 

116

 

 

outorder

 

xsd:string

 

2

 

aligned

 

出力時の配列の並び順を設定する。aligned, input のいずれかを指定することができる。WSDLの定義では存在しないが機能する。

 

input

 

348

WSMuscle

tns:inputParams

116

async

xsd:boolean

Show
async

348

 

WSMuscle

 

tns:inputParams

 

116

 

 

async

 

xsd:boolean

 

20

 

0(false)

 

true(1)を指定すると非同期実行となる。

 

0(false) 1(true)

 

349

WSMuscle

tns:inputParams

116

email

xsd:string

Show
email

349

 

WSMuscle

 

tns:inputParams

 

116

 

 

email

 

xsd:string

 

2

 

-

 

有効なemailアドレス。

 

-

 

202

WSClustalW

tns:inputParams

81

gapdist

xsd:int

Show
gapdist

202

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

gapdist

 

xsd:int

 

72

 

?

 

ギャップ間の距離を設定する。0-100の値を設定することができる。デフォルト値が不明である。

 

8

 

203

WSClustalW

tns:inputParams

81

matrix

xsd:string

Show
matrix

203

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

matrix

 

xsd:string

 

2

 

blosum

 

置換(スコア)行列。blosum, pam のいずれかを指定することができる。配列がDNAの場合にはidが用いられる。

 

pam

 

204

WSClustalW

tns:inputParams

81

cpu

xsd:string

Show
cpu

204

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

cpu

 

xsd:string

 

2

 

?

 

使用するCPU数と思われる。使用したCPU数を確認できないが(確認する方法があるのかもしれないが)、2を指定したときより8を指定したときの方が処理が速かった。デフォルト値、指定範囲とも不明である。

 

8

 

205

WSClustalW

tns:inputParams

81

kimura

xsd:boolean

Show
kimura

205

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

kimura

 

xsd:boolean

 

20

 

0(false)

 

系統樹計算で使用するcorrectionとして、kimuraを使用するかを設定する。何かしらを設定するとtrue扱いとなり、kimuraが適用される。「適用しない設定値」の確認はできていない。

 

1(true)

 

154

WSBlastpgp

tns:inputParams

76

extendgap

xsd:int

Show
extendgap

154

 

WSBlastpgp

 

tns:inputParams

 

76

 

 

extendgap

 

xsd:int

 

72

 

1

 

extend gap(ギャップを伸長するため) のコストを設定する。[-E extendgap]

 

2

 

207

WSClustalW

tns:inputParams

81

outorder

xsd:string

Show
outorder

207

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

outorder

 

xsd:string

 

2

 

aligned

 

出力時の配列の並び順を設定する。aligned, input のいずれかを指定することができる。

 

input

 

208

WSClustalW

tns:inputParams

81

async

xsd:boolean

Show
async

208

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

async

 

xsd:boolean

 

20

 

0(false)

 

true(1)を指定すると非同期実行となる。

 

0(false) 1(true)

 

209

WSClustalW

tns:inputParams

81

email

xsd:string

Show
email

209

 

WSClustalW

 

tns:inputParams

 

81

 

 

email

 

xsd:string

 

2

 

-

 

有効なemailアドレス。

 

-

 

155

WSBlastpgp

tns:inputParams

76

gapalign

xsd:string

Show
gapalign

155

 

WSBlastpgp

 

tns:inputParams

 

76

 

 

gapalign

 

xsd:string

 

2

 

1(true)

 

gapped alignmentの有効/無効を指定する。false を指定するとギャップ無効となる。それ以外はデフォルトのギャップ有効となる。[-g gapalign] gapalign:T/F

 

0(false)

 

156

WSBlastpgp

tns:inputParams

76

dropoff

xsd:int

Show
dropoff

156

 

WSBlastpgp

 

tns:inputParams

 

76

 

 

dropoff

 

xsd:int

 

72

 

15

 

wordヒットのscore値がdropoff値より小さい場合には、アラインメントの伸長対象としない。[-X dropoff]

 

10

 

360

WSNCBIBlast

tns:inputParams

124

program

xsd:string

Show
program

360

 

WSNCBIBlast

 

tns:inputParams

 

124

 

 

program

 

xsd:string

 

2

 

-

 

実行するプログラム名。blastn, blastp, tblastn, tblastnx のいずれかを指定することができる。 blastn: query:塩基/db:塩基 blastp: query:たんぱく質/db:たんぱく質 tblastn: query:たんぱく質/db:塩基、db側を6フレーム翻訳してqueryと比較する。 tblastx: query:塩基/db:塩基、query,dbの両方を6フレーム翻訳して比較する。 [-p program] (対応するNCBI blastallでのオプション)

 

blastn blastp tblastn tblastx