ゲノムネットワークプロジェクト

2004

2008

2004-2008

30億円（2004年度　概算要求）
23億円（2005年度）
23億円（2006年度）
23億円（2007年度）
15億円（2008年度）

ゲノムネットワークプロジェクト実施会議　議長：榊　佳之（理化学研究所）
（ゲノム機能情報の解析）
　 ・林崎　良英(理化学研究所　オミックス基盤研究領域）他6名
（ヒトゲノムネットワークプラットフォームの構築）
　　・五條堀　孝(国立遺伝学研究所）他3名
（次世代ゲノム解析技術の開発）
　　・伊藤　隆司 （東京大学大学院新領域創成科学研究科）他4名
（個別生命機能の解析）
　　・全19名
（動的ネットワーク解析技術開発）
・北野　宏明（特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構）他2名

遺伝子の発現調節機能に関わる網羅的な解析

●横軸研究（ゲノム機能情報の解析）
　・ゲノム機能情報の集中的解析-ヒト･マウスcDNAのCAGEタグシーケンシング(理研）
　・酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用の解明と補助因子の探索・同定(日立製作所）
　・ゲノムタイリングアレイを用いたヒト転写レギュロームの解明（東工大）
　・In vitro virus法による転写因子複合体の大規模解析（慶大）
　・ヒト全遺伝子レトロウイルス型siRNAライブラリの構築（東大）
　・ゲノムネットワーク解析に向けたヒトcDNAクローンの整備（東大）
　・抗体を用いた転写因子複合体解析によるゲノムネットワークの理解（かずさDNA研究所）（ヒトゲノムネットワークプラットフォームの構築）
　・ヒトゲノムネットワーク情報システムの構築（公開DB構築、遺伝研）
●縦軸研究（個別生命機能の解析）
　・全19課題（次世代ゲノム解析技術の開発）
　・全5課題（動的ネットワーク解析技術開発）
　・全3課題

プロジェクト概要( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/genome/project.html ) から引用
　国際ヒトゲノム計画の達成に伴い、塩基配列等のゲノム構造に関わる基盤的データが体系的に蓄積整備されつつあるなかで、ゲノム研究は本格的に機能解析の時代へと突入しています。特にヒトを対象とした機能解析の成果は、ライフサイエンスのあらゆる研究の推進にあたって重要な支柱となり、また、国民の健康的な生活及び産業構造の改革に重大な影響を及ぼすことが予想されます。
　平成１６年度から文部科学省によって開始されたゲノムネットワークプロジェクトでは、今後のポストゲノムシーケンシング研究の発展を目指して、国際レベルにある研究ポテンシャルを活用しつつ、遺伝子の発現調節機能やタンパク質等の生体分子間の相互作用の網羅的な解析に基づき、生命活動を成立させているネットワークを明らかにすることを目的としています。
　具体的には、遺伝子発現調節領域等のヒトゲノムの機能解析、タンパク質-タンパク質相互作用の解明等といった、生体分子間相互作用について基礎データの網羅的創出を行い、創出された情報を活用することによって、発生・分化等の生命科学に関する基本的問題の解明の基盤を構築するとともに、疾患の発症機構の解明や新しい治療法の開発につながる成果を挙げることを目指しています。
研究課題概要一覧( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/project/index.html )

・コンソーシアム開示後、知的財産権の確保や論文発表がなされ次第速やかに一般公開の方針。公開までの期間は実施会議にて調整（ゲノムネットワークコンソーシアム規約／第１２条（研究成果の公開）( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/genome/pdf/gnpcommonrules2008Apr01.pdf )。
・「ゲノムネットワークプラットフォーム／5つの基本項目／一般公開」 ( http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/contents/concept.html ) には、「半年を過ぎたデータを広く公開している」と記載されている。

コンソ内部公開, 一部共有

ゲノムネットワークプラットフォーム統合データベース( http://genomenetwork.nig.ac.jp/ )

・データダウンロード( http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/download/dataset.html )
・リリース情報( http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/contents/release.html )

ゲノムネットワークプロジェクト( http://genomenetwork.nig.ac.jp/ )

文部科学省

・コンソーシアム規約( http://genomenetwork.nig.ac.jp/mext-life/genome/consortium_01.html )
・平成19年8月縦軸協力機関公募( http://mext-life.jp/genome/genome/pdf/ouboyoryo_h19.pdf )

-

●総合科学技術会議評価専門調査会　（第４８回）　議事次第( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu48/haihu-si48.html )
　　　・総合科学技術会議が実施する国家的に重要な研究開発の評価(2003/11/25、総合科学技術会議）「ゲノムネットワーク研究」について( http://www8.cao.go.jp/cstp/output/iken031125_2.pdf )
　　　・参考１-２( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-1-2.pdf )
　　　・参考２-１( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-1.pdf )
　　　・参考２-２( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-2.pdf )
　　　・参考２-３( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-2-3.pdf )
　　　・ 参考１ゲノムネットワーク研究の戦略的推進（平成１５年９月１６日）( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu29/siryo3-1-1.pdf )
●ゲノムネットワーク研究の戦略的推進( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/haihu45/siryo2-2.pdf )（ゲノムネットワークプロジェクト）の概要（平成１７年５月１９日）
●大規模新規研究開発の評価のフォローアップ結果( http://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/hyouka/H17follow.pdf )（平成１７年８月４日、総合科学技術会議）

・蛋白質 核酸 酵素 Vol.49 No.17 ゲノムネットワーク特集号( http://www.kyoritsu-pub.co.jp/pne/ )
（蛋白質 核酸 酵素トップページ／バックナンバー／増刊号バックナンバーはこちら／2004年　ゲノムネットワーク）
・Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution.Nat Genet., 38, 626-635 (2006) ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16645617 )

カイコゲノム解析プログラム

1994

-

1994-

28.2億円(1993-2005)

代表研究者：岩渕　雅樹（農業生物資源研究所）
その他の有力研究者：佐々木　卓治、三田　和英（いずれも農業生物資源研究所）
主要研究機関：農業生物資源研究所

蚕ゲノム、cDNA配列、連鎖地図情報の取得と解析

カイコのcDNA配列、アノテーション、プロテオームについて研究し、データベースを作成した。
昆虫の機能利用と資源化に関する基礎研究（1993-1999）、動物ゲノムの効率的解析手法及び有用遺伝子の利用技術の開発（1994-2003、1999よりウシ、ブタ研究と合算）、昆虫・テクノロジー（2002-2006）といった項目で長期間にわたり予算化。

カイコゲノム研究プログラムについて( http://sgp.dna.affrc.go.jp/sgp/jp/index.html )から引用
カイコゲノム研究プログラム (SGP: Silkworm Genome research Program) は、農業生物資源研究所が、蚕糸・昆虫農業技術研究所であった1994年からスタートし、現在は、昆虫ゲノム研究・情報解析ユニットに引き継がれています。2003年から農林水産省の予算的支援を受け、研究が大きく加速されています。

カイコゲノム情報は、基礎昆虫学の発展のみならず、昆虫関連産業の振興や農業害虫制御技術の開発に必須です。　特に、カイコの属する鱗翅目（りんしもく）昆虫には、農作物に深刻な被害を与える害虫が多く含まれていることから、完全なカイコゲノム解読は、効率的な害虫防除法の開発に寄与できます。　また、世界の養蚕業や昆虫の特異的機能を利用した産業に大きなインパクトを与えるものと期待されています。

SGPは、1996年に遺伝的地図、'BombMap' を公開し、さらに、1999年には、東京大学と共同で、部分的cDNA (complementary DNA: 相補的DNA) データベース 'Slikbase'を公開致しました。 SGPは、昆虫ゲノムとその関連分野の多くの研究者が携わっている'昆虫テクノロジープロジェクト'の立ち上げに貢献し、また、現在も中核的な役割も担っています。SGPでは、'BombMap' や 'Silkbase' を含め、物理地図情報、遺伝地図情報、EST (Expressed Sequence Tag)情報、およびゲノム配列情報のすべてを統合した統合データベース 'KAIKObase' の構築を進めています。

昆虫ゲノム研究・情報解析ユニットは、ゲノムリソースセンターと共同して、SGPを推進し、その過程で得られたすべての情報はNIAS DNA Bankを通じて公開されています。

-

公開

・カイコcDNAデータベース( http://kaikocdna.dna.affrc.go.jp/ )
・カイコプロテオームデータベース( http://kaiko2ddb.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/search_2DDB.cgi )
・カイコゲノムアノテーションデータベース( http://kaikogaas.dna.affrc.go.jp/ )

-

カイコゲノム解析プログラムホームページ( http://sgp.dna.affrc.go.jp/jp/index.html )

農林水産省

-

-

-

カイコゲノム解析プログラム文献情報のページ( http://sgp.dna.affrc.go.jp/ref/jp/pub.html )を参照。

イネゲノム解析プロジェクト

1991

2004

1991-2004終了（第一期1991-1997 第二期1998-2004 2005-2009グリーンテクノ計画（2007よりアグリ・ゲノム（イネ）に変更）

441.6億円(1992-2008)

代表研究者：佐々木　卓治（農業生物資源研究所）
その他の有力研究者：松本　隆、宮尾　安藝雄、矢野　昌裕、長村　吉晃（いずれも農業生物資源研究所）
主要研究機関：農業生物資源研究所

イネゲノム配列の解読および遺伝子の機能解明

・第１期イネゲノム解析プロジェクト（1991-1997）
「イネゲノム研究プログラム、Rice Genome Research Program（略称RGP）」（業生物資源研究所と農林水産先端技術産業振興センター先端技術研究所（略称STAFF研究所）の共同チーム）による、分子遺伝地図の作成、YACクローンの整列化。部分的な塩基配列決定。３０００個を超えるDNAマーカーを遺伝解析によりイネゲノム上に正確に位置づけた分子遺伝地図を作成し、酵母人工染色体（YAC）を用いてクローン化したイネゲノムDNA断片中から、これらのマーカーを含む断片を選び出して整列化し、イネゲノムの約６０％の領域をDNAで再現することを行った。また、イネにおいて遺伝子として実際に働いている約２００００種類のゲノム領域の部分的な塩基配列も明らかにした。（ http://rgp.dna.affrc.go.jp/J/index-real.html ）

・第２期イネゲノム解析プロジェクト（1998-2004）
「国際イネゲノム塩基配列解読プロジェクト、International Rice Genome Sequencing Project（略称IRGSP）」によって、２００４年１２月にイネ品種「日本晴」ゲノムの完全解読が終了。日本は染色体１２本のうちの６本、塩基数にして５５％の解読を担当。２００５年８月１１日号のNature誌に掲載。

・グリーンテクノ計画（2005-2009、2007よりアグリ・ゲノム（イネ）に変更）
「多様性ゲノム解析研究」、「QTL遺伝子解析」および「ゲノム育種技術の開発と実証」を開始。

2004 年度にイネゲノム解読完了という一応の区切りはついたものの、実用化研究等のための予算化は続いている。データに関しては、様々なプロジェクトでそれぞれの目的向けのDBが作成されているが、それら多くのDBが整理された形で一箇所で提示されてはいない。他の情報も含めて、農林水産生物ゲノム情報統合DB として統合作業中。

イネゲノム研究プログラムの概要( http://rgp.dna.affrc.go.jp/J/index-real.html )から引用
　わが国でも農林水産省が１９９１年に「イネゲノム解析プロジェクト」を本格的に開始しました。このプロジェクトには、日本中の主要なイネ研究者が参加すると同時に、多くの人手と機器を必要とするイネゲノム全般にわたる基盤的解析を、農業生物資源研究所と農林水産先端技術産業振興センター先端技術研究所（略称STAFF研究所）が共同チームを形成して担当することが決まりました。このチームは「イネゲノム研究プログラム、Rice Genome Research Program（略称RGP）」と名付けられました。RGPは１９９１年から１９９７年に行われた第１期イネゲノム解析プロジェクトにおいて、３０００個を超えるDNAマーカーを遺伝解析によりイネゲノム上に正確に位置づけた分子遺伝地図を作成し、酵母人工染色体（YAC）を用いてクローン化したイネゲノムDNA断片中から、これらのマーカーを含む断片を選び出して整列化し、イネゲノムの約６０％の領域をDNAで再現することを行いました。また、イネにおいて遺伝子として実際に働いている約２００００種類のゲノム領域の部分的な塩基配列も明らかにしました。
　１９９８年からは、第１期の成果に基づいて、さらに深くイネの遺伝現象の本質を明らかにする目的で、「全塩基配列の完全解読」と、その成果を利用した「イネ遺伝子機能解明」が農林水産省の大型プロジェクトとして開始されました。後者は農業生物資源研究所を中心として日本中の大学や研究機関の主要な研究者が取り組む多くの課題で構成されました。RGPもいくつかの課題について目標達成にむけた協力を行っています。前者は国内ではRGPのみが担当しましたが、全１２本の染色体の塩基配列解読は「国際イネゲノム塩基配列解読プロジェクト、International Rice Genome Sequencing Project（略称IRGSP）」に参加した１０カ国の協力により行われました。RGPは１２本のうちの６本、塩基数にして５５％の解読を担当しました。２００４年１２月にIRGSPによるイネ品種「日本晴」ゲノムの完全解読は終了し、その成果の詳細は２００５年８月１１日号のNature誌に掲載されました。RGPはIRGSPの中心としての責務を十分に果たし、わが国のイネゲノム研究の国際的主導性の確立に大きく貢献しました。

イネゲノムに関してはBAC位で解読完了したものから順次公開することを原則としており、原則全部公開。

共有

・イネゲノム全長配列IRGSP 4.0( http://rgp.dna.affrc.go.jp/J/IRGSP/Build4/build4.html )
・イネゲノムアノテーションデータベースWhoGA( http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/index.html.ja )
・イネゲノム地図統合データベースINE（現在休止中→コンテンツはWhoGAに移行）
・イネゲノムシーケンシング結果( http://rgp.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/statusdb/status.pl )
・ミュータントパネルデータベース( http://tos.nias.affrc.go.jp/~miyao/pub/tos17/ )
・イネアノテーションデータベースRAP-DB( http://rapdb.dna.affrc.go.jp/ )
・イネ完全長cDNAデータベース( http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/ )
・イネ遺伝子発現データベースRED( http://red.dna.affrc.go.jp/RED/ )
・シスエレメントモチーフ検索データベースPLACE( http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/ )
・イネゲノムアノテーションデータベースRice GAAS( http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/ )
・イネプロテオームデータベースRPD( http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/main.html )
・イネミトコンドリアゲノム情報RMG( http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/ )
・インディカ品種カサラスのBACライブラリーBLAST検索サイト( http://rgp.dna.affrc.go.jp/blast/runblast.html )
・イネタンパク構造データベースRPSD( http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/ )
・「アグリ・ゲノム（イネ）」イネゲノム解析研究関連データベース( http://www.nias.affrc.go.jp/project/inegenome/database_list.html )

・RAP-DB( http://rapdb.dna.affrc.go.jp/rapdownload/ )
・WhoGA(Rice) ( http://rgp.dna.affrc.go.jp/whoga/download.html.ja )
・KOME ( ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/ )

・アグリ・ゲノム（イネ）プロジェクト（ http://www.nias.affrc.go.jp/project/inegenome/index.html ）
・イネゲノム研究プログラム（ http://rgp.dna.affrc.go.jp/J/ ）

農林水産省

-

・農林水産技術会議「イネゲノム塩基配列解読の歩み」（ http://www.s.affrc.go.jp/docs/kankoubutu/ine_genome/ine_genome.htm ）
・農業生物資源研究所　刊行物（ http://www.nias.affrc.go.jp/newsletter/ ）に、ニュース、主要な研究成果、年報、研究資料がある。

-

・イネゲノム関連論文リスト( http://rgp.dna.affrc.go.jp/J/rgp/publicationlist/publist_j.html )
・「アグリ・ゲノム（イネ）」業績リスト( http://www.nias.affrc.go.jp/project/inegenome/gt_seika.html )

・「国際イネゲノム全塩基配列解読プロジェクト(IRGSP)の足跡」蛋白質 核酸 酵素 VOL.48 NO.5
「イネゲノム機能解析関連分野プロジェクトの紹介」蛋白質 核酸 酵素 VOL.48 NO.5
・「地図に基づくイネのゲノム配列」nature Volume.436 issue no.7052
・「イネゲノム研究から生まれたゲノムリソースと情報リソース」細胞工学 Vol.26 No.11
・「イネゲノム全塩基配列解読による植物生命科学の新展開」実験医学 Vol.21 No.12
「植物のゲノム研究プロトコール」細胞工学別冊　植物細胞工学シリーズ14
・「レトロエレメントからみたイネゲノム」蛋白質 核酸 酵素 VOL.50 NO.3
・「作物ゲノム研究の先頭ランナーとしての日本におけるイネゲノムの研究」Sci Technol Jpn Vol.18 No.71
・「イネゲノム塩基配列の概要版」現代化学 2002年7月号 No.376
「農林水産DNAバンク」蛋白質 核酸 酵素 Vol.44 No.1
・「イネゲノムプロジェクトの展開」Radioisotopes No.253
・「イネゲノム機能解析研究について 総合科学技術会議が実施する国家的に重要な研究開発の評価 平成14年」
・「イネゲノム情報を読む 平成13年」

トキシコゲノミクスプロジェクト

2002

2006

2002-2006終了

27.95億円+企業からの共同研究費25.83億円

代表研究者：大野　泰雄（医薬基盤研究所）
主要研究機関：医薬基盤研究所

遺伝子発現解析によるゲノムレベルでの毒性発現機構解明

国立医薬品食品衛生研究所と製薬企業17社
・ヒトでの医薬品による副作用報告が多い肝毒性および腎毒性について，医薬品開発早期での安全性予測システムを完成させるために，化学物質（医薬品）を in vivoあるいはin vitroで暴露した際の標的組織における経時的な遺伝子発現解析および従来型毒性マーカー測定を実施
・化合物・生化学/病理・遺伝子発現情報を格納した統合DBを構築

トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト（TGP2）のホームページ( http://wwwtgp.nibio.go.jp/index.html )から引用
　独立行政法人医薬基盤研究所，国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業（15社）は，より安全な医薬品の創製に貢献するために，どのような化合物（医薬品等）がどのような遺伝子に影響して副作用を起こすかを解明し，副作用が少ない医薬品づくりにつながる「トキシコゲノミクスプロジェクト（TGP）」を平成14年度から平成18年度までの5年間で実施してきました．

　TGPの成果として，150の化合物（医薬品等）をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ暴露した際の毒性情報および遺伝子発現情報などを収載した大規模かつ良質なデータベースおよび解析，毒性予測システム（TG-GATEs：Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system）が構築されました．これにより，従来型の安全性試験では難しかった創薬研究の早期段階で医薬品候補化合物の毒性を効率的に評価・予測することが可能となり，医薬品の安全性研究はメカニズムに裏づけされた毒性発現のリスクアセスメントに向けて大きな一歩を踏み出しました．

150化合物、7億3000万件データを取得。現在は原則としてコンソーシアム内のみデータを公開し、一部の成果を一般に公開している。2010年に一般公開予定（「トキシコゲノミクスプロジェクトの目指すもの」臨床医薬 Vol.21 No.3 (242-249)2005( http://www.meteo-intergate.com/journal/jsearch.php?jo=an9cltmd&ye=2005&vo=21&issue=3 )より）。

一部公開, コンソ内部公開

-

-

トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト（TGP2）のホームページ( http://wwwtgp.nibio.go.jp/index.html )

厚生労働省

トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクトのリンクのページ( http://wwwtgp.nibio.go.jp/link.html )より
参加機関：
・独立行政法人 医薬基盤研究所
・国立医薬品食品衛生研究所
・アステラス製薬株式会社
・エーザイ株式会社
・大塚製薬株式会社
・小野薬品工業株式会社
・キッセイ薬品工業株式会社
・株式会社三和化学研究所
・塩野義製薬株式会社
・第一三共株式会社
・大日本住友製薬株式会社
・武田薬品工業株式会社
・田辺三菱製薬株式会社
・中外製薬株式会社

トキシコゲノミクスプロジェクト成果ページ( http://wwwtgp.nibio.go.jp/seika.html )

-

投稿論文一覧( http://wwwtgp.nibio.go.jp/seika.html )

・「トキシコゲノミクスプロジェクト-背景、現状・成果、今後の展開-」( http://www.nibio.go.jp/cgi-bin/topics/view.cgi?no=126 )
・「ニュートリゲノミクスの新展開 シリーズ6 トキシコゲノミクスによる食品の安全性評価」食品と開発VOL.42 NO.12
・「環境化学物質の作用メカニズムを解き明かす トキシコゲノミクスの新展開 Percellomeプロジェクトによる2,3,7,8-TCDD-2,3,7,8-TCDF比較」細胞工学VOL.26 NO.12
・「トキシコゲノミクス:非共有結合性DNA相互作用化学物質の研究への概観と潜在用途」Mutat Res VOL.623 NO.1-2
・トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究 平成14-18年度総合研究報告書
・トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究 平成18年度 総括･分担研究報告書
・「トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究恒常性維持機構を標的とした毒性に関する研究」トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究平成17年度 総括･分担研究報告書
・「トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究大腸の前がん病変及び腫瘍における遺伝子変化の解析に関する研究」トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究 平成17年度 総括･分担研究報告書
・「トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究化学物質による腎臓発現遺伝子の制御と機能調節に関する研究」トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究平成17年度 総括･分担研究報告書
・「トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究薬物誘発ラット肝病変の発現機構と遺伝子発現プロファイルに関する研究」トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究 平成17年度 総括･分担研究報告書
・トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究 平成16年度 総括･分担研究報告書
・「トキシコゲノミクスプロジェクト(3)トキシコゲノミクスのIT戦略とTG-GATEsの構築」Drug Metab PharmacokinetVOL.22 NO.3
・トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成18年度 総括研究報告書
・トキシコゲノミクスのための遺伝子ネットワーク解析法の開発 平成17年度 総括研究報告書
・「トキシコゲノミクスプロジェクト(2)研究戦略」Drug Metab PharmacokinetVOL.22 NO.2
・「トキシコゲノミクスプロジェクト(1)」Drug Metab PharmacokinetVOL.22 NO.1
・「トキシコゲノミクスプロジェクト」国立医薬品食品衛生研究所創立130周年記念講演会概要集 平成16年
・「Percellome Projectによる毒性トランスクリプトミクスの新しい試み」細胞工学VOL.26 NO.1
・「毒性の高精細解析に向けてのトキシコゲノミクス」週刊医学のあゆみVOL.218 NO.12
・「壁を越える医薬品情報学 新たな領域へ トキシコゲノミクス -副作用を予測する創薬技術-」薬局VOL.57 NO.6
・「トキシコゲノミクスプロジェクトデータベースでの制御データのラット肝臓解析中の遺伝子発現における担体の違いの影響」Life SciVOL.78 NO.24
・「新薬の展望2006 第I部 創薬と育薬 創薬の新しい流れ 創薬の進歩と可能性」医薬ジャーナルVOL.42 S-1
・「環境生体応答-Toxicogenomics トキシコゲノミクスにおける技術の標準化:Percellome」医学のあゆみVOL.213 NO.4
・「トキシコゲノミクスプロジェクトの目指すもの」臨床医薬VOL.21 NO.3
・「ファーマコゲノミクス-基礎から臨床へ 医薬品開発におけるわが国のトキシコゲノミクスの取り組み」月刊薬事VOL.46 NO.6
・「創薬ゲノミクス･創薬プロテオミクス･創薬インフォマティクス IV 創薬への利用 トキシコゲノミクス」生体の科学VOL.54 NO.5
・「ポストゲノム時代の医療 新たな創薬へ向けて トキシコゲノミクス」現代医療VOL.35 NO.7
・「トキシコゲノミクスと創薬」日本環境変異原学会大会プログラム･要旨集VOL.31st
・「こころの病気とその周辺 トキシコゲノミクス 今後の展望」ファルマシアVOL.38 NO.8

疾患関連たんぱく質解析研究・創薬プロテオームファクトリープロジェクト

2003

2007

2003-2007

70億円(2002-2007)+企業からの共同研究費

代表研究者：笹月健彦（国立国際医療センター）
その他の有力研究者：山西　弘一（医薬基盤研究所）
主要研究機関：ヒューマンサイエンス振興財団

主要疾患関連のタンパク質の同定

http://www.jhsf.or.jp/prote/prote_project.html
より

以下３点の研究・事業を行う。
１．国家的プロジェクトとして、我が国の主要疾患である糖尿病、がん、高血圧、認知症等を対象とした疾患関連たんぱく質の探索、同定、定量の研究を推進する。
２．これらの疾患の診断・治療・予防に関心を持つ我が国の医療関係者、研究者等が共に利用出来る新規技術の開発、バイオマーカーや創薬ターゲット候補たんぱく質を見つけて創薬のための基盤的なデータベースを構築する。
３．新規技術、新規たんぱく質やデータベースに関する知的財産権を確保・活用してこれらの疾患に対する画期的な医薬品等の創出に役立てる。

創薬プロテオームファクトリー事業の概要( http://www.jhsf.or.jp/prote/infomation.html )から引用
厚生労働省は平成15年度から、ライフサイエンス分野の重点化政策の一環として、「疾患関連たんぱく質解析研究」を開始しました。これは患者と健常者間で発現するたんぱく質の種類・量の違いを比較することにより疾患関連たんぱく質の発見とデータベース化を推進し、国際的に競争力のある医薬品開発のシーズの探索をめざす国家的プロジェクトです。

財団法人ヒューマンサイエンス振興財団（以下、財団という）ではこれを受けて公募を行い、財団の賛助会員を中核とする民間企業の参加によりコンソーシアムを主宰し、国立医薬品食品衛生研究所（以下、国衛研という）との共同研究として、「疾患関連たんぱく質解析研究・創薬プロテオームファクトリープロジェクト」を立ち上げました。平成１７年４月より独立行政法人医薬基盤研究所（以下、基盤研という）との共同研究となりました。
平成15年9月に本プロジェクトへの参加企業を募集し、平成16年4月に本格的な解析研究を開始しました。

2010年度まではコンソーシアム・研究機関内のみ公開、それ以降は一般に公開予定。

コンソ内部公開

-

-

創薬プロテオームファクトリー事業のページ( http://www.jhsf.or.jp/index_prote.html )

厚生労働省

ヒューマンサイエンス振興財団およびプロジェクト参加企業20社( http://www.jhsf.or.jp/prote/prote_system.html )

「創薬プロテオームファクトリープロジェクト」運営細則（案）および創薬プロテオームファクトリープロジェクトのコンソーシアムに関する契約書（案）に書かれている「本研究成果」の公表に関する項目では、”甲（＝HS財団）は、「本プロジェクト」の期間終了後３年以降に「本研究成果」を公表することができる。但し、事前に当該公表について乙（個別の参加企業）を含む「参加企業」と協議する。”とされている。
特許等の権利が発生した場合は、官民で半々取得とされている。

-

-

・「疾患関連たんぱく質解析研究・創薬プロテオームファクトリープロジェクトの終了と今後の展望」ヒューマンサイエンス 2008年5月号( http://www.jhsf.or.jp/prote/kaiho_prote.pdf )
・「最新疾患プロテオミクス研究の現状と展望-先端ラボ報告-1. 疾患関連たんぱく質解析研究･創薬プロテオームファクトリープロジェクト」遺伝子医学MOOK　No.2
・「プロテオミクスの現状と動向(4) 「疾患関連たんぱく質解析研究･創薬プロテオームファクトリープロジェクト」について」臨床病理　Vol.53, No.3

生体高分子立体構造情報解析

2002

2006

2002-2006終了

総額68.94億円

代表研究者：京極　好正（産業総合技術研究所　生物情報解析研究センター）→嶋田　一夫（東京大学大学院　薬学系研究科）
その他の有力研究者：
・藤吉　好則（京都大学大学院　理学系研究科）、
・中村　春木（大阪大学　蛋白質研究所）

膜タンパク質及び関連複合体の立体構造・機能解明

「生体高分子立体構造情報解析」基本計画( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p02027/h18kihon.pdf )から
薬剤標的となる可能性の高い膜タンパク質及び関連タンパク質の複合体を対象として、原子レベルでの立体構造、及び相互作用を明らかにし、機能発現の解明を図る。
　１．電子線及びX 線等による膜タンパク質等の構造、分子機構解析技術の開発及びデータの取得
　２．核磁気共鳴法（NMR）等による膜関連タンパク質間、その他の分子との相互作用解析技術の開発及び、データの取得
　３．膜タンパク質関連分子（タンパク質、核酸、脂質、多糖質等）複合体の構造、分子機構及び生物機能解析技術の開発及びデータの取得
　４．データベースとシュミレーション計算を活用した構造情報解析技術の開発

生体高分子立体構造情報解析プロジェクトポータルサイト(NEDO)( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p02027/p02027.html )から引用

　遺伝子は転写後、様々なタンパク質に翻訳されその機能を発現しています。これまで蓄積された膨大なゲノム配列データを人間社会の発展、健康・福祉に役立てるためには、遺伝子機能発現を司るタンパク質が、どのような機構で機能発現を行っているのか解明することが必要です。またタンパク質同士、あるいはタンパク質と他の生体高分子（核酸、脂質、多糖類等）との相互作用による機能発現についても同様に明らかにすることが必要です。これらの機構の解明にはアミノ酸配列情報だけでは困難で、立体構造情報からのアプローチが不可欠と考えられます。
　本研究開発では、薬剤標的となる可能性の高い膜タンパク質及び関連タンパク質の複合体に対象を絞り、構造解析に有効な極低温電子顕微鏡解析、Ｘ線結晶解析法及び核磁気共鳴法を用いて、原子レベルでの立体構造、及び相互作用を明らかにし、機能発現の解明を図ります。また、実用化に必要な、より実際の系に近い情報を得るため、極低温電子顕微鏡による単粒子解析、トモグラフィー、NMR新手法による高分子量タンパク質の相互作用解析などの開発も行っております。
　さらに、これらの立体構造情報をもとにして、変化に富む機能構造を予測するために、高精度モデリング技術やシミュレーション技術の開発を行います。これにより、ゲノムサイエンスの発展により重要分野となるバイオインフォマティクスに係る共通基盤技術の形成を行い、これらの技術を膜タンパク質やその複合体等の構造解析に応用することで、効率的なスクリーニングを実施します。
　以上の結果は、画期的な新薬開発に資するとともに、新規産業の創出に活用していくことになります。

方法の開発や個別解析結果が主な成果
タンパク質などのモデリングを行うツール：PrestoX（→後にmyPresto( http://www.jbic.or.jp/activity/st_pr_pj/mypresto/index_mypr.html ）を公開。

一部公開

-

-

・プロジェクトポータルサイト(NEDO)( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/p02027.html )
・プロジェクト紹介ページ(JBIC)( http://www.jbic.or.jp/activity/st_pr_pj/index_sp.html )

経済産業省

-

NEDO成果報告書サイト（ http://app3.infoc.nedo.go.jp/informations/koubo/databaselist ）から、プロジェクト名「生体高分子立体構造情報解析」で検索。

プロジェクトに関する文献リストについては、成果報告書を参照。

プロジェクトに関する文献リストについては、成果報告書を参照。

化合物等を利用した生物システム制御基盤技術

2006

2010

2006-2010

33.27億円(2006-2007)

代表研究者：夏目　徹（産業総合技術研究所　生物情報解析研究センター）
主な研究機関：JBIC、バイオ組合、他製薬企業等の企業群

創薬支援のためのゲノム、タンパク、化合物一貫解析技術開発

実施方針：平成19年度版( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06008/h19jisshi.pdf )より
平成19年度事業内容
≪社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)≫
●【タンパク質の相互作用解析等により創薬ターゲット候補・疾患メカニズムを解明する技術の開発】
１．タンパク質ネットワーク解析技術の開発
２．タンパク質相互作用情報の検証技術の開発
３．タンパク質相互作用予測技術の開発
４．疾患関連遺伝子探索技術の開発

●【生物機能を制御する化合物等を探索・評価する技術の開発】
５．化合物等の探索技術の開発
６．化合物等の高機能化技術の開発
７．化合物等の評価技術の開発

≪バイオテクノロジー開発技術研究組合(バイオ組合)≫
●【マイクロサテライトマーカーを利用した疾患関連遺伝子探索技術により特定された疾患感受性遺伝子群の創薬価値抽出技術の研究開発】
●【siRNAライブラリー等を用いた生物機能制御遺伝子の探索技術及び創薬標的検証技術の研究開発】
●【化合物又は相互作用を探索、評価する基盤技術の研究開発】

「ゲノム創薬加速化支援バイオ基盤技術開発／化合物等を活用した生物システム制御基盤技術開発」基本計画( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p06008/kihon.pdf )から引用
超高速・高感度にタンパク質の相互作用を解析する技術を開発し、疾患に係わるタンパク質相互作用の解析等を行うことにより、創薬ターゲット候補となる新規の重要なタンパク質相互作用情報を500以上同定する。また、得られた情報を元に、創薬ターゲットや疾患メカニズムの解明を行うとともに、疾患を制御する化合物の探索・評価技術を開発し、産業上有用な化合物等を50以上取得する。

創薬候補化合物の探索を製薬企業と共に目指しており、公開未定。

非公開

-

-

・プロジェクトポータルページ(NEDO)( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/p06008.html )
プロジェクト紹介ページ(JBIC)( http://www.jbic.or.jp/activity/chem-bio/index_ch.html )

経済産業省

-

NEDO成果報告書サイト（ http://app3.infoc.nedo.go.jp/informations/koubo/databaselist ）から、プロジェクト名「化合物等を活用した生物システム制御基盤技術開発」で検索。

-

プロジェクトに関する文献リストについては、成果報告書を参照。
JBIC Journal 2007 December インタビュー「夏目徹氏」( http://www.jbic.or.jp/bio/c/files/jrnl0712.pdf )

タンパク質機能解析事業

2000

2002

2000-2002終了

総額62.75億円

代表研究者：野村　信夫（産業総合技術研究所　生物情報解析研究センター）　
分担：
・夏目　徹（産業総合技術研究所　生物情報解析研究センター）、
・五島　直樹（産業総合技術研究所　生物情報解析研究センター）、
・渡辺　慎哉（医科歯科大学　医歯学総合研究科）、
・大久保　公策（国立遺伝学研究所）、
・野村　信夫（産業総合技術研究所　生物情報解析研究センター）、
・磯貝　隆夫（リバースプロテオミクス研究所）　
・その他企業

タンパク質の多方面からの機能解析

後続のプロジェクトである「蛋白質機能解析・活用プロジェクト」の項目にまとめて記載。

タンパク質機能解析・活用プロジェクト（フォーカス21）ポータルサイト(NEDO)( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p00013/p00013.html )から引用
　世界では、ヒトの遺伝子情報いわゆるヒトゲノムのDNA塩基配列の解析が終了しました。このヒトゲノムのうち、約5%が遺伝子すなわち生命活動で重要な働きを担うタンパク質の情報に相当します。
　本事業では、ヒトの生命活動を担うタンパク質の機能の解明と活用を目指して、ヒト完全長cDNA、ヒトゲノムDNA塩基配列情報等を活用して、タンパク質の機能解析のための技術開発と、その機能解析を進め、生物情報基盤の整備と解析装置の開発を行います。
　ヒト完全長cDNAやスプライシング・バリアントcDNAを有効活用できる各種ベクターとタンパク質の大量発現技術の開発と整備を行うとともに、ヒト遺伝子の発現頻度情報の取得・整備、相互作用するタンパク質群の同定や構造解析、細胞やマウスなどのモデル動物を用いたタンパク質機能解析、細胞やマウスなどのモデル動物を用いたタンパク質機能解析を可能にするための技術開発を行います。また、従来困難であった弱いタンパク質相互作用の解析技術と近年注目を浴びているsiRNA（short interfering RNA）を用いたタンパク質機能解析技術の開発も手がけています。

後続のプロジェクトである「蛋白質機能解析・活用プロジェクト」の項目にまとめて記載。

一部公開, 一部共有

・FLJ Human cDNA Database( http://flj.hinv.jp/ )
・ミラーサイト（DBCLS）( http://svdb20.lifesciencedb.jp/ )

-

・プロジェクトポータルページ(NEDO)( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/p00013.html )
プロジェクト紹介ページ(JBIC)( http://www.jbic.or.jp/activity/prtin_pj/index_pr.html )

経済産業省

１．「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」成果活用推進事業（http://www.jbic.or.jp/pfdb/　現在リンク切れ）
２．「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」 成果活用推進事業(遺伝子発現解析)（http://www.jbic.or.jp/pfdb2/index_pfdb2.html　現在リンク切れ）
３．「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」成果活用推進事業(タンパク質相互作用解析)（http://www.jbic.or.jp/s_conso3/index_co3.html　現在リンク切れ）

NEDO成果報告書サイト（ http://app3.infoc.nedo.go.jp/informations/koubo/databaselist ）から、プロジェクト名「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」で検索。

・蛋白質機能解析・活用プロジェクト事後評価分科会( http://www.nedo.go.jp/iinkai/kenkyuu/bunkakai/18h/jigo/25/1/index.html )
・事後評価分科会説明資料( http://www.nedo.go.jp/iinkai/kenkyuu/bunkakai/18h/jigo/25/1/4-3.pdf )

プロジェクトに関する文献リストについては、成果報告書を参照。