データベース名称とURL 説明 運用機関名 稼働状況 (9/3)

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Integbioデータベースカタログ
【略称:】
http://togodb.dbcls.jp/integbio_dbcatalog

国内外の生命科学系データベースのカタログです。各データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを作成し、提供しています。2011年12月12日にベータ版1.0を公開しました。本カタログでは以下の既存のデータベースカタログのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。
●文部科学省 バイオサイエンスデータベースセンター「生命科学系データベースカタログ」、「WINGpro」●経済産業省 MEDALS「データベース便覧」●農林水産省 AgriTOGO「データベース便覧」●厚生労働省 医薬基盤研究所のホームページから公開されているデータベースリンク集

独立行政法人科学技術振興機構

稼働中

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Integbioデータベースカタログ

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Integbioデータベースカタログ
【略称:】
http://togodb.dbcls.jp/integbio_dbcatalog

 

NBDC00001

 

Integbioデータベースカタログ

 

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http://togodb.dbcls.jp/integbio_dbcatalog

 

稼働中

 

ja

 

200905067557187790/C007000000

 

独立行政法人科学技術振興機構

 

Japan

 

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国内外の生命科学系データベースのカタログです。各データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを作成し、提供しています。2011年12月12日にベータ版1.0を公開しました。本カタログでは以下の既存のデータベースカタログのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。
●文部科学省 バイオサイエンスデータベースセンター「生命科学系データベースカタログ」、「WINGpro」●経済産業省 MEDALS「データベース便覧」●農林水産省 AgriTOGO「データベース便覧」●厚生労働省 医薬基盤研究所のホームページから公開されているデータベースリンク集

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っている (例:自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など)。

九州工業大学

稼働中

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3DinSight

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NBDC00002

 

3DinSight

 

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http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html

 

稼働中

 

en

 

200905059326281589/0360000000

 

九州工業大学

 

Japan

 

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生体分子の構造、機能及び物性に関する統合型データベースです。蛋白質立体構造データベース (PDB)を中心に、PROSITE、Protein Mutant Database (PMD)などの機能情報、PIR、SWISSPROT、アミノ酸の物理化学的性質などのデータをリレーショナルデータベース上に統合しました。構造、機能、物性を組み合わせたさなざまな検索を行い、これらの間の関係について調べることができます。構造と機能及び物性の間の関係性については可視化を行っている (例:自動的に機能部位をマッピングした構造データのリアルタイム3D表示など)。

 

9545451

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=3DinSight

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/3DinSight

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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5'-end serial analysis of gene expression database
【略称:5'SAGE】
http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/

ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現解析した結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。
オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。

東京大学 大学院新領域創成科学研究科

休止

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5'-end serial analysis of gene expression database

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5'-end serial analysis of gene expression database
【略称:5'SAGE】
http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/

 

NBDC00003

 

5'-end serial analysis of gene expression database

 

5'SAGE

 

http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/

 

休止

 

en

 

200905098372817456/0172122000

 

東京大学 大学院新領域創成科学研究科

 

Japan

 

Homo sapiens/9606

 

ヒト細胞株11ラインについて、5' SAGE法を用いて網羅的に遺伝子発現解析した結果を収録したデータベースです。ライン間の発現の違いが分かりやすく表示されます。
オリジナルSAGE法は3'側の特定の断片を用いて遺伝子を特定するものであり、最長27bpの断片を用いることで発現遺伝子のゲノム上の位置を決定することができます。しかしながら5'端の情報は正確でないものが多く、遺伝子の機能を明らかにする上で問題になることがあります。こうした問題を克服し、さらに詳細な解析を行うため、転写開始点及び遺伝子発現頻度を観察できる5'-end SAGE (5'SAGE)法を開発しました。

 

15300261;15608259

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=5'SAGE

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/5'SAGE

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials
【略称:AAindex】
http://www.genome.jp/aaindex/

アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。
AAindex1:アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース
AAindex2:アミノ酸置換行列のデータベース
AAindex3:アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース

京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター

稼働中

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Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials

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Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials
【略称:AAindex】
http://www.genome.jp/aaindex/

 

NBDC00004

 

Amino acid indices, substitution matrices and pair-wise contact potentials

 

AAindex

 

http://www.genome.jp/aaindex/

 

稼働中

 

en

 

200905074354963740/0280008502

 

京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター

 

Japan

 

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アミノ酸やアミノ酸ペアの物理化学的、生化学的な様々な特性を、過去の文献データの収集とクラスター解析により数値で指標化したデータベースです。AAindex1、AAindex2、AAindex3の3つのデータベースから構成されています。
AAindex1:アミノ酸の特性を表現した20の数値セットのデータベース
AAindex2:アミノ酸置換行列のデータベース
AAindex3:アミノ酸間の相互作用ポテンシャルのデータベース

 

17998252;9847231;10592278;3244698;9053899

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=AAindex

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/Aaindex

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索)
【略称:】
http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/search.php

ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。

独立行政法人理化学研究所

稼働中

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ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索)

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ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索)
【略称:】
http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/search.php

 

NBDC00005

 

ANIMAL SEARCH SYSTEM (マウス系統検索)

 

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http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/search.php

 

稼働中

 

ja/en

 

200905043710629688/C006003000

 

独立行政法人理化学研究所

 

Japan

 

Mus musculus/10090

 

ヒトのモデル動物として遺伝子機能の解明、病気の治療法や薬の開発に役立つマウスについて、その系統の収集・保存・提供を実施しています。このマウス系統検索では、フリーキーワード、系統名、遺伝子名、RBRC NOを指定することが可能です。系統の種類や研究目的から探すこともできます。またオンラインで提供依頼書の作成ができます。オンラインカタログで検索したリソースをカートに入れることで必要な書類を自動的に作成します。

 

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http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=マウス系統検索

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/マウス系統検索およびラット系統検索

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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Archaeal Gene Network
【略称:Arch GeNet】
http://riodb.ibase.aist.go.jp/db067/

好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。

独立行政法人産業技術総合研究所

稼働中

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Archaeal Gene Network

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Archaeal Gene Network
【略称:Arch GeNet】
http://riodb.ibase.aist.go.jp/db067/

 

NBDC00006

 

Archaeal Gene Network

 

Arch GeNet

 

http://riodb.ibase.aist.go.jp/db067/

 

稼働中

 

en

 

200905047226407099/A142000000

 

独立行政法人産業技術総合研究所

 

Japan

 

Thermoplasma volcanium/50339

 

好熱性古細菌 (Thermoplasma volcanium GSS1)において、環境適応性に関わる発現プロファイルの同定結果を収録したデータベースです。3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで測定した結果と、好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した結果を掲載しています。

 

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http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=Archaeal+Gene+Network

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/Arch_GeNet

 

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http://medals.jp/list/detail/100

 

12/08/2011

 

07/10/2012

 

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Archaebacterial Information Collection
【略称:ARCHAIC】
http://riodb.ibase.aist.go.jp/archaic/ARCHAIC.html

古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列(独自に決定したものを含む)を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。

独立行政法人産業技術総合研究所

稼働中

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Archaebacterial Information Collection

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Archaebacterial Information Collection
【略称:ARCHAIC】
http://riodb.ibase.aist.go.jp/archaic/ARCHAIC.html

 

NBDC00007

 

Archaebacterial Information Collection

 

ARCHAIC

 

http://riodb.ibase.aist.go.jp/archaic/ARCHAIC.html

 

稼働中

 

en

 

200905047226407099/A142000000

 

独立行政法人産業技術総合研究所

 

Japan

 

Pyrococcus sp. OT3/70601;Thermoplasma volcanium GSS1/273116;Archaeoglobus fulgidus/2234

 

古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供しているデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列(独自に決定したものを含む)を独自に開発した生物情報学的手法を用いて解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行うことを目的に構築しています。対象菌株は、Pyrococcus sp. OT3、Thermoplasma volcanium GSS1、Archaeoglobus fulgidus。

 

9598984;11121031

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=ARCHAebacterial+Information+Collection

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/ARCHAIC

 

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http://medals.jp/list/detail/77

 

12/08/2011

 

07/10/2012

 

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ArkDB
【略称:】
http://www.thearkdb.org/arkdb/

家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロサテライト、SSCP等のマーカーを収録しており、核型および染色体情報が一覧できます。

The Roslin Institute(University of Edinburgh)

稼働中

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ArkDB

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ArkDB
【略称:】
http://www.thearkdb.org/arkdb/

 

NBDC00008

 

ArkDB

 

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http://www.thearkdb.org/arkdb/

 

稼働中

 

en

 

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The Roslin Institute(University of Edinburgh)

 

United Kingdom

 

Felis catus/9685;Gallus gallus/9031;Bos taurus/9913;Cervus elaphus/9860;Anas platyrhynchos/8839;Equus caballus/9796;Sus scrofa/9823;Coturnix japonica/93934;Salmo salar/8030;Dicentrarchus labrax/13489;Ovis aries/9940;Meleagris gallopavo/9103

 

家畜やその他の動物のゲノムマッピングデータを提供する公共レポジトリです。ネコ、ニワトリ、ウシ、シカ、アヒル、ウマ、ブタ、ウズラ、サケ、シーバス、ヒツジ、シチメンチョウのマイクロサテライト、SSCP等のマーカーを収録しており、核型および染色体情報が一覧できます。

 

11125062;19682365

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=ArkDB

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/ArkDB

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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ArrayExpress Archive
【略称:ArrayExpress】
http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress

遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。

European Bioinformatics Institute

稼働中

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ArrayExpress Archive

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ArrayExpress Archive
【略称:ArrayExpress】
http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress

 

NBDC00009

 

ArrayExpress Archive

 

ArrayExpress

 

http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress

 

稼働中

 

en

 

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European Bioinformatics Institute

 

United Kingdom

 

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遺伝子発現を含む機能ゲノミクス実験データの欧州版アーカイブです。ユーザはMIAMEおよびMINSEQE形式のデータを登録したりダウンロードすることが可能です。

 

12519949;14744115;15608260;16939801;17132828;19015125;21071405

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=ArrayExpress

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/ArrayExpress

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons
【略称:ARTADE】
http://omicspace.riken.jp/ARTADE/

シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。

独立行政法人理化学研究所

稼働中

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ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons

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ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons
【略称:ARTADE】
http://omicspace.riken.jp/ARTADE/

 

NBDC00010

 

ARabidopsis Tiling-Array-based Detection of Exons

 

ARTADE

 

http://omicspace.riken.jp/ARTADE/

 

稼働中

 

en

 

200905038403758825/C006000000

 

独立行政法人理化学研究所

 

Japan

 

Arabidopsis thaliana/3702

 

シロイヌナズナのゲノムワイドタイリングアレイデータのアノテーションのためのプログラムです。シロイヌナズナのタイリングアレイデータにATRADEを適用した結果をデータベース化し、Webから検索できるようになっています。アカデミックユーザは、ライセンス契約同意の下で、プログラムのソースコードを自由にダウンロードできます。

 

16098113

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=ARTADEdb

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/ARTADE

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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Aspergillus oryzae EST DataBase
【略称:】
http://nribf21.nrib.go.jp/EST2/

麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し・公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。

独立行政法人酒類総合研究所

稼働中

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Aspergillus oryzae EST DataBase

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Aspergillus oryzae EST DataBase
【略称:】
http://nribf21.nrib.go.jp/EST2/

 

NBDC00011

 

Aspergillus oryzae EST DataBase

 

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http://nribf21.nrib.go.jp/EST2/

 

稼働中

 

en

 

200905040821366474/A088000000

 

独立行政法人酒類総合研究所

 

Japan

 

Aspergillus oryzae/5062

 

麹菌EST解析プロジェクトで得られた成果に、さらに当研究所独自で解析した「ふすま麹」および「米麹」からのEST解析結果をあわせデータベースを作成し・公開しています。全21,368クローンから得られた7,580のコンティグがデータベース化されています。BLASTによる相同性検索などができます。

 

18448366;17540709

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=Aspergillus+oryzae+EST+DataBase

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/麹菌ESTデータベース

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
【略称:】
http://atlasgeneticsoncology.org/

「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺伝学、分子生物学、腫瘍学、血液学、病理学の臨床医や研究者による、研究者のために構築されています。

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稼働中

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Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
【略称:】
http://atlasgeneticsoncology.org/

 

NBDC00012

 

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

 

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http://atlasgeneticsoncology.org/

 

稼働中

 

en/fr/de/it/es

 

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Global

 

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「Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology」はオンラインの査読付きジャーナルおよびデータベースで、 癌や高発癌性疾患の遺伝学や臨床情報を扱っています。細胞遺伝学、分子生物学、腫瘍学、血液学、病理学の臨床医や研究者による、研究者のために構築されています。

 

10592271;9847226;11125120;12520000;10942808

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=Atlas+of+Genetics+and+Cytogenetics+in+Oncology+and+Haematolo

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/Atlas_of_Genetics_and_Cytogenetics_in_Oncology_and_Haemaology

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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BARLAY DB
【略称:】
http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/

岡山大学資源植物科学研究所で収集しているオオムギのバイオリソースや、オオムギゲノム解析(cDNA/EST)の情報を提供しています。Germplasmデータベースでは、オオムギ各品種のリソース情報と、種子や穂の写真が収録されています。Full-length cDNA and ESTデータベースでは、プロジェクト概要やクローン情報、ブラスト検索システムを提供しています。その他、ゲノムマップやオオムギ研究のプロトコル(日本語のみ)、バイオリソース価格表(日本語のみ)を閲覧できます。

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター

稼働中

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BARLAY DB

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BARLAY DB
【略称:】
http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/

 

NBDC00013

 

BARLAY DB

 

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http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/

 

稼働中

 

ja/en

 

200905023758653873/A158004070

 

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター

 

Japan

 

Hordeum vulgare/4513

 

岡山大学資源植物科学研究所で収集しているオオムギのバイオリソースや、オオムギゲノム解析(cDNA/EST)の情報を提供しています。Germplasmデータベースでは、オオムギ各品種のリソース情報と、種子や穂の写真が収録されています。Full-length cDNA and ESTデータベースでは、プロジェクト概要やクローン情報、ブラスト検索システムを提供しています。その他、ゲノムマップやオオムギ研究のプロトコル(日本語のみ)、バイオリソース価格表(日本語のみ)を閲覧できます。

 

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http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=NBRP-Barley

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/Barley

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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Berkeley Drosophila Genome Project
【略称:BDGP】
http://www.fruitfly.org/

ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。

The Berkeley Drosophila Genome Project

稼働中

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Berkeley Drosophila Genome Project

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Berkeley Drosophila Genome Project
【略称:BDGP】
http://www.fruitfly.org/

 

NBDC00014

 

Berkeley Drosophila Genome Project

 

BDGP

 

http://www.fruitfly.org/

 

稼働中

 

en

 

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The Berkeley Drosophila Genome Project

 

United States

 

Drosophila melanogaster/7227

 

ショウジョウバエゲノムプロジェクトのホームページです。ゲノム配列、配列アノテーション、ESTやcDNA、遺伝子発現パターン等のデータを公開しています。クローンやライブラリの分配も行っています。

 

10471706

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=GadFly

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/BDGP

 

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12/08/2011

 

07/10/2012

 

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生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。

九州工業大学

稼働中

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Biomolecules Gallery

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NBDC00015

 

Biomolecules Gallery

 

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http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/image/gallery.html

 

稼働中

 

en

 

200905059326281589/0360000000

 

九州工業大学

 

Japan

 

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生体分子構造の画像を収集したデータベースです。核酸、タンパク質、タンパク質-DNA複合体、アミノ酸と塩基の相互作用が登録されています。

 

調査中

 

http://biosciencedbc.jp/dbcatalog/dbcatalog.cgi?i=Gallery+of+Biomolecules

 

http://wingpro.biosciencedbc.jp/dbpwiki/index.php/Gallery_of_Biomolecules

 

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12/08/2011

 

07/10/2012