>AHA244 (AHA244Q) /CSM/AH/AHA2-B/AHA244Q.Seq.d/
TCAAACTATCTATCAATGTCGCCATATTTAGATTGTTACCTTAAAATTTTGCAAGCTAAC
TTCAATGATCAATATCATATCGATAAAATATTAAAAACACCAGTAAACGAACAAAAAGCC
CAAAGCGTCATTATTATTAATTTTATTGCTCTATCAATTGGTTCAGATTCAACTCATTTA
TCATTATTCCTACGTTCAAAACAACCAAATGATCCAATTGATCCATTGTTAGTTAATATT
GGAATAAGTAAAACATTCCCACCTGGAGTTGCATTAATTGATTGTAATGTTAAAACTGTT
AATGGTATGACAAGAAATTTAGATTTCAACATATTAGTATCATCAACATGGTGTGTTATT
GCTTTTGCATGTTCAGTTAGAAATTTACCATACTCCTATTTCACAAGTGATCTCCATTTC
ATTAATGTACCACAAGATTACGATAATTCATCAGATTATACATTCGCAAGAGGTTTAAAT
TCGATTTTAGAAATTGAAATTGATAAATCCTTATCATCATCTTTAATTGAGCCATATACT
TTCATTTCATTCATTACATTTAGAATCTGGTCAGAATCATATAATCCAXXXXXXXXXXAG
CAGAGATGATTTGNAAAGAAGTATTGAAATTAGATTAAGAACTAAATGTAAATCAAAATT
GAACCAATATCAATTAGAAGCAATTGGTAGATACTTAATTGGTTTATTCATTAAAATTAA
TAATTGTGATGATGTTGCTCAAATTAGTGAATCAATACTTGTTGATTACTATCCAGTAGA
TGAATCAATTAAATTAGATCAAAGTATTAGAGAAATTTTACCACATGTCAGAATTAAACA
ATCAATAGCTTTTGCTAAAATATTCATTAGTACTTATTCAGGATTTAGATATTATTATTC
AAATATTATGGCAGATCCAGTTGAAACAAATCCAAGATTTTATGAACAAATTCAACTTAT
TAAAGATAAAATATTAAAAGAATGTGATGAATCATCCATTCAATTAAATGGTGAGAAAAA
GATTTCAAAGGTTGAATTGAACAAAATTAAAATTATTAAAATTAATTCATGGATTGAATA
TTTAACCCAAGTTATACAAATTATTTGCAGCACTGATTCAAAGAAATATATTAGTCATTC
ACAACCAGATCATAGATTAATTAAATTATTTGTAAAACTATCATTAAATGAAAAACCATC
ACCAAGTGATAAATTTAATATCTTCAAAGAAGTTAAAGAAGAAACTCCATTTAATTATTT
CGCAATTTTTATGGGTATTTTACAAGATACATTATCACATCTTTATATTAAATTAGATAG
TAAAGAAACTACAAATAATAAAATTGTGGAATTCCAAGAACTTACCGAAAAGGATTTAGA
GAATATAATTGTAAAAAAATTACCACCACCAAAGAAAACCAAAACCAGAC

SNYLSMSPYLDCYLKILQANFNDQYHIDKILKTPVNEQKAQSVIIINFIALSIGSDSTHL
SLFLRSKQPNDPIDPLLVNIGISKTFPPGVALIDCNVKTVNGMTRNLDFNILVSSTWCVI
AFACSVRNLPYSYFTSDLHFINVPQDYDNSSDYTFARGLNSILEIEIDKSLSSSLIEPYT
FISFITFRIWSESYNP---

---SRDDLXRSIEIRLRTKCKSKLNQYQLEAIGRYLIGLFIKINNCDDVAQISESILVDY
YPVDESIKLDQSIREILPHVRIKQSIAFAKIFISTYSGFRYYYSNIMADPVETNPRFYEQ
IQLIKDKILKECDESSIQLNGEKKISKVELNKIKIIKINSWIEYLTQVIQIICSTDSKKY
ISHSQPDHRLIKLFVKLSLNEKPSPSDKFNIFKEVKEETPFNYFAIFMGILQDTLSHLYI
KLDSKETTNNKIVEFQELTEKDLENIIVKKLPPPKKTKTR

Frame A:
SNYLSMSPYLDCYLKILQANFNDQYHIDKILKTPVNEQKAQSVIIINFIALSIGSDSTHL
SLFLRSKQPNDPIDPLLVNIGISKTFPPGVALIDCNVKTVNGMTRNLDFNILVSSTWCVI
AFACSVRNLPYSYFTSDLHFINVPQDYDNSSDYTFARGLNSILEIEIDKSLSSSLIEPYT
FISFITFRIWSESYNP---

---SRDDLXRSIEIRLRTKCKSKLNQYQLEAIGRYLIGLFIKINNCDDVAQISESILVDY
YPVDESIKLDQSIREILPHVRIKQSIAFAKIFISTYSGFRYYYSNIMADPVETNPRFYEQ
IQLIKDKILKECDESSIQLNGEKKISKVELNKIKIIKINSWIEYLTQVIQIICSTDSKKY
ISHSQPDHRLIKLFVKLSLNEKPSPSDKFNIFKEVKEETPFNYFAIFMGILQDTLSHLYI
KLDSKETTNNKIVEFQELTEKDLENIIVKKLPPPKKTKTR

Frame B:
qtiyqcrhi*ivtlkfckltsminiisiky*khq*tnkkpkaslllilllyqlvqiqliy
hysyvqnnqmiqlihc*lile*vkhshlelh*livmlkllmv*qei*isty*yhqhgvll
llhvqleiyhtpisqvisislmyhkitiihqiihsqev*irf*klklinpyhhl*lshil
sfhslhlesgqnhii---

---aemixkevlkld*elnvnqn*tnin*kqlvdt*lvyslkliivmmllklvnqyllit
iq*mnqln*ikvlekfyhmselnnq*lllkyslvliqdldiiiqilwqiqlkqiqdfmnk
fnllkiky*knvmnhpfn*mvrkrfqrln*tklkllklihglni*pklyklfaaliqrni
lvihnqiid*lnyl*nyh*mknhhqvinlisskklkkklhliisqflwvfykihyhifil
n*ivkklqiiklwnsknlpkri*ri*l*knyhhqrkpkpd

Frame C:
klsinvaifrllp*nfas*lq*sisyr*nikntskrtkspkrhyy*fycsinwfrfnsfi
iiptfkttk*sn*sivs*ywnk*niptwscin*l*c*nc*wydkkfrfqhisiinmvcyc
fcmfs*kftillfhk*spfh*cttrlr*firlyirkrfkfdfrn*n**iliiifn*aiyf
hfihyi*nlvrii*s---

---qr*fxkky*n*ikn*m*ikiepisirsnw*ilnwfih*n**l**ccsn**intc*ll
ssr*in*irsky*rnfttcqn*tinsfc*nih*ylfri*illfkyygrss*nkskil*tn
sty*r*nikrm**iihsikw*ekdfkg*ieqn*ny*n*fmd*ifnpsytnylqh*fkeiy
*sfttrs*in*iicktiik*ktitk**i*ylqrs*rrnsi*lfrnfygyftryiitsly*
ir**rnyk**ncgiprtyrkgfreynckkitttkenqnq

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AHA244 (AHA244Q) /CSM/AH/AHA2-B/AHA244Q.Seq.d/                       2728   0.0
AHC595 (AHC595Q) /CSM/AH/AHC5-D/AHC595Q.Seq.d/                       1467   0.0
AFI225 (AFI225Q) /CSM/AF/AFI2-B/AFI225Q.Seq.d/                       1459   0.0
AFC663 (AFC663Q) /CSM/AF/AFC6-C/AFC663Q.Seq.d/                       1394   0.0
AHI767 (AHI767Q) /CSM/AH/AHI7-C/AHI767Q.Seq.d/                       1332   0.0
AHA888 (AHA888Q) /CSM/AH/AHA8-D/AHA888Q.Seq.d/                       1296   0.0
AFJ169 (AFJ169Q) /CSM/AF/AFJ1-C/AFJ169Q.Seq.d/                       1183   0.0
AHP162 (AHP162Q) /CSM/AH/AHP1-C/AHP162Q.Seq.d/                       1134   0.0
AFM180 (AFM180Q) /CSM/AF/AFM1-D/AFM180Q.Seq.d/                       1096   0.0
AFK746 (AFK746Q) /CSM/AF/AFK7-B/AFK746Q.Seq.d/                       1059   0.0

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

AB063521|AB063521.2 Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina brevipalpis DNA, complete genome, section 1/2.    36   1e-15  25
AL844509|AL844509.1 Plasmodium falciparum chromosome 13.           40   3e-15  28
BX842644|BX842644.1 Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC genomic DNA, complete  sequence; segment 3/4.    34   2e-13  28
AP004172|AP004172.1 Mycoplasma penetrans genomic DNA, complete sequence, section 3/5.    34   7e-13  24
AF250284|AF250284.1 Amsacta moorei entomopoxvirus, complete genome.    36   8e-13  26
BX842642|BX842642.1 Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC genomic DNA, complete  sequence; segment 1/4.    38   2e-12  24
AR409405|AR409405.1 Sequence 1 from patent US 6632935.             36   3e-12  33
BD061520|BD061520.1 Genome DNA of symbiotic bacteria of aphid.     36   3e-12  33
AC116984|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence.    36   5e-12  30
AC116305|AC116305.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1005175-1418323 strain AX4, complete sequence.    38   5e-12  28

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

DQ278227_1(DQ278227|pid:none) Uncultured microorganism clone Rs1...    37   1.7
EU019574_1(EU019574|pid:none) Glycine max WRKY35 (WRKY35) mRNA, ...    36   2.8
CP000502_245(CP000502|pid:none) Pichia stipitis CBS 6054 chromos...    35   4.8
EU095850_1(EU095850|pid:none) Turkey coronavirus isolate MG10, c...    35   4.8
EU095850_2(EU095850|pid:none) Turkey coronavirus isolate MG10, c...    35   4.8
CP000094_2730(CP000094|pid:none) Pseudomonas fluorescens Pf0-1, ...    35   8.3
AY338732_1(AY338732|pid:none) Avian infectious bronchitis virus ...    35   8.3
DQ278233_1(DQ278233|pid:none) Uncultured microorganism clone Rs4...    35   8.3
EU637854_1(EU637854|pid:none) Infectious bronchitis virus strain...    35   8.3
EU637854_2(EU637854|pid:none) Infectious bronchitis virus strain...    35   8.3

 psg: 0.75  gvh: 0.57  alm: 0.33  top: 0.53  tms: 0.00  mit: 0.19  mip: 0.00
 nuc: 0.08  erl: 0.00  erm: 0.40  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 36.0 %: cytoplasmic
	 20.0 %: mitochondrial
	 20.0 %: nuclear
	  8.0 %: vacuolar
	  8.0 %: peroxisomal
	  4.0 %: cytoskeletal
	  4.0 %: endoplasmic reticulum

>> prediction for AHA244 is cyt

>AHA244F.Seq
TCAAACTATCTATCAATGTCGCCATATTTAGATTGTTACCTTAAAATTTTGCAAGCTAAC
TTCAATGATCAATATCATATCGATAAAATATTAAAAACACCAGTAAACGAACAAAAAGCC
CAAAGCGTCATTATTATTAATTTTATTGCTCTATCAATTGGTTCAGATTCAACTCATTTA
TCATTATTCCTACGTTCAAAACAACCAAATGATCCAATTGATCCATTGTTAGTTAATATT
GGAATAAGTAAAACATTCCCACCTGGAGTTGCATTAATTGATTGTAATGTTAAAACTGTT
AATGGTATGACAAGAAATTTAGATTTCAACATATTAGTATCATCAACATGGTGTGTTATT
GCTTTTGCATGTTCAGTTAGAAATTTACCATACTCCTATTTCACAAGTGATCTCCATTTC
ATTAATGTACCACAAGATTACGATAATTCATCAGATTATACATTCGCAAGAGGTTTAAAT
TCGATTTTAGAAATTGAAATTGATAAATCCTTATCATCATCTTTAATTGAGCCATATACT
TTCATTTCATTCATTACATTTAGAATCTGGTCAGAATCATATAATCCANNNNNNNNNN

>AHA244Z.Seq
NNNNNNNNNNAGCAGAGATGATTTGNAAAGAAGTATTGAAATTAGATTAAGAACTAAATG
TAAATCAAAATTGAACCAATATCAATTAGAAGCAATTGGTAGATACTTAATTGGTTTATT
CATTAAAATTAATAATTGTGATGATGTTGCTCAAATTAGTGAATCAATACTTGTTGATTA
CTATCCAGTAGATGAATCAATTAAATTAGATCAAAGTATTAGAGAAATTTTACCACATGT
CAGAATTAAACAATCAATAGCTTTTGCTAAAATATTCATTAGTACTTATTCAGGATTTAG
ATATTATTATTCAAATATTATGGCAGATCCAGTTGAAACAAATCCAAGATTTTATGAACA
AATTCAACTTATTAAAGATAAAATATTAAAAGAATGTGATGAATCATCCATTCAATTAAA
TGGTGAGAAAAAGATTTCAAAGGTTGAATTGAACAAAATTAAAATTATTAAAATTAATTC
ATGGATTGAATATTTAACCCAAGTTATACAAATTATTTGCAGCACTGATTCAAAGAAATA
TATTAGTCATTCACAACCAGATCATAGATTAATTAAATTATTTGTAAAACTATCATTAAA
TGAAAAACCATCACCAAGTGATAAATTTAATATCTTCAAAGAAGTTAAAGAAGAAACTCC
ATTTAATTATTTCGCAATTTTTATGGGTATTTTACAAGATACATTATCACATCTTTATAT
TAAATTAGATAGTAAAGAAACTACAAATAATAAAATTGTGGAATTCCAAGAACTTACCGA
AAAGGATTTAGAGAATATAATTGTAAAAAAATTACCACCACCAAAGAAAACCAAAACCAG
AC

>AHA244P.Seq
TCAAACTATCTATCAATGTCGCCATATTTAGATTGTTACCTTAAAATTTTGCAAGCTAAC
TTCAATGATCAATATCATATCGATAAAATATTAAAAACACCAGTAAACGAACAAAAAGCC
CAAAGCGTCATTATTATTAATTTTATTGCTCTATCAATTGGTTCAGATTCAACTCATTTA
TCATTATTCCTACGTTCAAAACAACCAAATGATCCAATTGATCCATTGTTAGTTAATATT
GGAATAAGTAAAACATTCCCACCTGGAGTTGCATTAATTGATTGTAATGTTAAAACTGTT
AATGGTATGACAAGAAATTTAGATTTCAACATATTAGTATCATCAACATGGTGTGTTATT
GCTTTTGCATGTTCAGTTAGAAATTTACCATACTCCTATTTCACAAGTGATCTCCATTTC
ATTAATGTACCACAAGATTACGATAATTCATCAGATTATACATTCGCAAGAGGTTTAAAT
TCGATTTTAGAAATTGAAATTGATAAATCCTTATCATCATCTTTAATTGAGCCATATACT
TTCATTTCATTCATTACATTTAGAATCTGGTCAGAATCATATAATCCA----------AG
CAGAGATGATTTGNAAAGAAGTATTGAAATTAGATTAAGAACTAAATGTAAATCAAAATT
GAACCAATATCAATTAGAAGCAATTGGTAGATACTTAATTGGTTTATTCATTAAAATTAA
TAATTGTGATGATGTTGCTCAAATTAGTGAATCAATACTTGTTGATTACTATCCAGTAGA
TGAATCAATTAAATTAGATCAAAGTATTAGAGAAATTTTACCACATGTCAGAATTAAACA
ATCAATAGCTTTTGCTAAAATATTCATTAGTACTTATTCAGGATTTAGATATTATTATTC
AAATATTATGGCAGATCCAGTTGAAACAAATCCAAGATTTTATGAACAAATTCAACTTAT
TAAAGATAAAATATTAAAAGAATGTGATGAATCATCCATTCAATTAAATGGTGAGAAAAA
GATTTCAAAGGTTGAATTGAACAAAATTAAAATTATTAAAATTAATTCATGGATTGAATA
TTTAACCCAAGTTATACAAATTATTTGCAGCACTGATTCAAAGAAATATATTAGTCATTC
ACAACCAGATCATAGATTAATTAAATTATTTGTAAAACTATCATTAAATGAAAAACCATC
ACCAAGTGATAAATTTAATATCTTCAAAGAAGTTAAAGAAGAAACTCCATTTAATTATTT
CGCAATTTTTATGGGTATTTTACAAGATACATTATCACATCTTTATATTAAATTAGATAG
TAAAGAAACTACAAATAATAAAATTGTGGAATTCCAAGAACTTACCGAAAAGGATTTAGA
GAATATAATTGTAAAAAAATTACCACCACCAAAGAAAACCAAAACCAGAC