>VHM595 (VHM595Q) /CSM/VH/VHM5-D/VHM595Q.Seq.d/
ATTTTTATTTTTTTTTATAAATTTTGTCAAAATAATAATAATAATAACAAAAATGTTAAA
AAAATCATTATTTATTTATTTATTTATTTTTTTTAATTTTATAATTAAAATAACGACAGC
AGCAACAAGTGTAACATATTATGTTAGTGTTAATAATGGTAATGATAATATACCATGTGG
AGAGAGTTTANAAAAGTCATGTCAATCAATTCAATATGTATTTAATCAATATAATTCAAC
CTATTTAAATAGTCAAGATATTATTGAAGTTATGATATTATTAGATGATGGTGAATATAT
TGGTGAAAATAATGTGAATTTTAATATTTACAATATGACAATCACTATTCAACCAATTAA
TAATTCAAAAACACCGTCACCAGTAACATTCAATGGTATTAACAGTGCCGGTGATAGAGT
TTTTAATATCACTGAACCATATTTAATTAAAACCAATGAAACAACGATTCAATATGGCAT
AAATTCAACATCATTAACATTAAATAATTTAAATTTCATTAATTTCAATCCAACTATTGG
TAATGGTAATGGTACCATTGGAAATGGTGCAATCATATTCATTGATATATTCAACTCATC
ATTATCTTTATCAATTAATAAATGTAATTTTAATAATAATCAAGXXXXXXXXXXTGCTAC
TGGCGTATCAAGTTATTTACTTGTTGCAAATTCAAAATTCATTGATAATAAATCAAGTGG
TGCTGGTGGCGCTATTGCAACTCAAGGTAGTGTTTACACGAGTTTGAACAATTGTGAATT
CATTTCAAATTCTGCAAATGCCGGTGGTTCATTATCTTTTGAATATTCAAATCAAATTCA
TTTAAGAAATTGTACAATCAGTGGAAATGTTGGTGTTGGTCAAGGTGGTGCAATCTATTC
ATCCTATTCAACGATTTCAATGGATGATACTAAAATTAGTGCCAATCAAGCTTACCAAGG
TGGTGCTGTCTATTGCTCCGCTTCAACTTTAAATATTACCAGTTCAAATATCCCATTGAA
TGGTAATACCGATCTTGGCAATGGTACAGACTCTTATGAATGGAAAGGTGAGGATGGTAT
AAAAGTCAATGATTATGGTATTTATTGTGCTCTAACTCCAACCTATACCTATTGTACTGT
CAATGGTGATACACCTTATAGTAAACTTTGCGGTGAATCCGATGTCACTGAACTTTCAGG
TTTAACAGCTGGTCAAATCGCTGGTATTGTCATTGGTTGTACTATTGGTGCTGGTATTTT
AGCTTTTGGTTTAGCCTGGGTTATCTCAAAAACAACTATTAAAGAACATTTCATTAGACT
AAGAAGCTCTTCAACTTCNAATACATCTTATTCACTAAATTATTCATTAAAT

FLFFFINFVKIIIIITKMLKKSLFIYLFIFFNFIIKITTAATSVTYYVSVNNGNDNIPCG
ESLXKSCQSIQYVFNQYNSTYLNSQDIIEVMILLDDGEYIGENNVNFNIYNMTITIQPIN
NSKTPSPVTFNGINSAGDRVFNITEPYLIKTNETTIQYGINSTSLTLNNLNFINFNPTIG
NGNGTIGNGAIIFIDIFNSSLSLSINKCNFNNNQ---

---ATGVSSYLLVANSKFIDNKSSGAGGAIATQGSVYTSLNNCEFISNSANAGGSLSFEY
SNQIHLRNCTISGNVGVGQGGAIYSSYSTISMDDTKISANQAYQGGAVYCSASTLNITSS
NIPLNGNTDLGNGTDSYEWKGEDGIKVNDYGIYCALTPTYTYCTVNGDTPYSKLCGESDV
TELSGLTAGQIAGIVIGCTIGAGILAFGLAWVISKTTIKEHFIRLRSSSTSNTSYSLNYS
LN

Frame A:
ififfykfcqnnnnnnknvkkiiiylfiyff*fyn*nndssnkcnilc*c**w***ytmw
refxkvmsinsici*si*fnlfk*sryy*sydiir*w*iyw*k*cef*ylqydnhystn*
*fkntvtsniqwy*qcr**sf*yh*tifn*nq*nndsiwhkfniinik*fkfh*fqsnyw
*w*wyhwkwcnhih*yiqliiifin**m*f***s---

---cywriklftcckfkih***ikwcwwrycnsr*clhefeql*ihfkfckcrwfiif*i
fksnsfkklynqwkcwcwsrwcnlfilfndfng*y*n*cqsslprwcclllrfnfkyyqf
kypiew*yrswqwyrll*mer*gwyksq*lwyllcsnsnlyllycqw*ytl**tlr*irc
h*tfrfnswsnrwychwlyywcwyfsfwfslgylknny*rtfh*tkklfnfxyilftklf
ik

Frame B:
FLFFFINFVKIIIIITKMLKKSLFIYLFIFFNFIIKITTAATSVTYYVSVNNGNDNIPCG
ESLXKSCQSIQYVFNQYNSTYLNSQDIIEVMILLDDGEYIGENNVNFNIYNMTITIQPIN
NSKTPSPVTFNGINSAGDRVFNITEPYLIKTNETTIQYGINSTSLTLNNLNFINFNPTIG
NGNGTIGNGAIIFIDIFNSSLSLSINKCNFNNNQ---

---ATGVSSYLLVANSKFIDNKSSGAGGAIATQGSVYTSLNNCEFISNSANAGGSLSFEY
SNQIHLRNCTISGNVGVGQGGAIYSSYSTISMDDTKISANQAYQGGAVYCSASTLNITSS
NIPLNGNTDLGNGTDSYEWKGEDGIKVNDYGIYCALTPTYTYCTVNGDTPYSKLCGESDV
TELSGLTAGQIAGIVIGCTIGAGILAFGLAWVISKTTIKEHFIRLRSSSTSNTSYSLNYS
LN

Frame C:
fyffl*ilsk*****qkc*knhylfiylfflil*lk*rqqqqv*himlvlimvmiiyhve
rvxkshvnqfnmyliniiqpi*ivkillkl*yy*mmvnilvkim*ilifti*qslfnqli
iqkhrhq*hsmvltvpvieflislnhi*lkpmkqrfnma*iqhh*h*ii*islisiqllv
mvmvplemvqsysliysthhylyqlinviliiik---

---llayqviyllqiqnsliinqvvlvallqlkvvftrv*tivnsfqilqmpvvhyllni
qikfi*eivqsvemlvlvkvvqsihpiqrfqwmilklvpikltkvvlsiaplql*ilpvq
ish*mvipilamvqtlmngkvrmv*ksmimvfivl*lqpipivlsmvihlivnfavnpms
lnfqv*qlvkslvlslvvllvlvf*llv*pglsqkqllknisld*ealqlxihlih*iih
*

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

VHM595 (VHM595Q) /CSM/VH/VHM5-D/VHM595Q.Seq.d/                       2462   0.0
VFM623 (VFM623Q) /CSM/VF/VFM6-A/VFM623Q.Seq.d/                       1080   0.0
VFK723 (VFK723Q) /CSM/VF/VFK7-A/VFK723Q.Seq.d/                         48   4e-04
VFK712 (VFK712Q) /CSM/VF/VFK7-A/VFK712Q.Seq.d/                         48   4e-04
VFK323 (VFK323Q) /CSM/VF/VFK3-A/VFK323Q.Seq.d/                         48   4e-04
VFG731 (VFG731Q) /CSM/VF/VFG7-B/VFG731Q.Seq.d/                         48   4e-04
VFC210 (VFC210Q) /CSM/VF/VFC2-A/VFC210Q.Seq.d/                         48   4e-04
VHC512 (VHC512Q) /CSM/VH/VHC5-A/VHC512Q.Seq.d/                         42   0.022
VSE661 (VSE661Q) /CSM/VS/VSE6-C/VSE661Q.Seq.d/                         40   0.088
VSE246 (VSE246Q) /CSM/VS/VSE2-B/VSE246Q.Seq.d/                         40   0.088

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

(BJ444610) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv56m23, 3' ...  1417   0.0    1
(BJ425813) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv56m23, 5' ...  1066   0.0    1
(BJ416676) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv26m06, 5' ...  1065   0.0    1
(AM559151) Paracentrotus lividus EST, clone MPMGp1172O1467Q,...    54   0.014  1
(AM558887) Paracentrotus lividus EST, clone MPMGp1172C2267Q,...    54   0.014  1
(CR847846) Zebrafish DNA sequence *** SEQUENCING IN PROGRESS...    42   0.016  8
(AC117075) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047...    34   0.025  14
(AC116984) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470...    38   0.034  19
(AC117081) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5862124...    32   0.037  13
(AC117176) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5018074...    36   0.053  11

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

CP000678_461(CP000678|pid:none) Methanobrevibacter smithii ATCC ...    67   1e-09
AP009552_100(AP009552|pid:none) Microcystis aeruginosa NIES-843 ...    64   1e-08
AC116979_55(AC116979|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...    59   5e-07
CP001348_2709(CP001348|pid:none) Clostridium cellulolyticum H10,...    58   7e-07
CP000678_996(CP000678|pid:none) Methanobrevibacter smithii ATCC ...    56   3e-06
CP000850_2596(CP000850|pid:none) Salinispora arenicola CNS-205, ...    56   3e-06
BX294133_86(BX294133|pid:none) Rhodopirellula baltica SH 1 compl...    55   6e-06
CP000934_587(CP000934|pid:none) Cellvibrio japonicus Ueda107, co...    54   1e-05
AP009552_5846(AP009552|pid:none) Microcystis aeruginosa NIES-843...    54   1e-05
CP000678_173(CP000678|pid:none) Methanobrevibacter smithii ATCC ...    54   2e-05

 psg: 0.87  gvh: 0.44  alm: 0.25  top: 0.73  tms: 0.27  mit: 0.33  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 1.00  m_ : 0.00 

	 32.0 %: plasma membrane
	 20.0 %: endoplasmic reticulum
	 16.0 %: vacuolar
	 12.0 %: mitochondrial
	  8.0 %: nuclear
	  4.0 %: cytoskeletal
	  4.0 %: Golgi
	  4.0 %: cytoplasmic

>> prediction for VHM595 is pla

>VHM595F.Seq
ATTTTTATTTTTTTTTATAAATTTTGTCAAAATAATAATAATAATAACAAAAATGTTAAA
AAAATCATTATTTATTTATTTATTTATTTTTTTTAATTTTATAATTAAAATAACGACAGC
AGCAACAAGTGTAACATATTATGTTAGTGTTAATAATGGTAATGATAATATACCATGTGG
AGAGAGTTTANAAAAGTCATGTCAATCAATTCAATATGTATTTAATCAATATAATTCAAC
CTATTTAAATAGTCAAGATATTATTGAAGTTATGATATTATTAGATGATGGTGAATATAT
TGGTGAAAATAATGTGAATTTTAATATTTACAATATGACAATCACTATTCAACCAATTAA
TAATTCAAAAACACCGTCACCAGTAACATTCAATGGTATTAACAGTGCCGGTGATAGAGT
TTTTAATATCACTGAACCATATTTAATTAAAACCAATGAAACAACGATTCAATATGGCAT
AAATTCAACATCATTAACATTAAATAATTTAAATTTCATTAATTTCAATCCAACTATTGG
TAATGGTAATGGTACCATTGGAAATGGTGCAATCATATTCATTGATATATTCAACTCATC
ATTATCTTTATCAATTAATAAATGTAATTTTAATAATAATCAAGNNNNNNNNNN

>VHM595Z.Seq
NNNNNNNNNNTGCTACTGGCGTATCAAGTTATTTACTTGTTGCAAATTCAAAATTCATTG
ATAATAAATCAAGTGGTGCTGGTGGCGCTATTGCAACTCAAGGTAGTGTTTACACGAGTT
TGAACAATTGTGAATTCATTTCAAATTCTGCAAATGCCGGTGGTTCATTATCTTTTGAAT
ATTCAAATCAAATTCATTTAAGAAATTGTACAATCAGTGGAAATGTTGGTGTTGGTCAAG
GTGGTGCAATCTATTCATCCTATTCAACGATTTCAATGGATGATACTAAAATTAGTGCCA
ATCAAGCTTACCAAGGTGGTGCTGTCTATTGCTCCGCTTCAACTTTAAATATTACCAGTT
CAAATATCCCATTGAATGGTAATACCGATCTTGGCAATGGTACAGACTCTTATGAATGGA
AAGGTGAGGATGGTATAAAAGTCAATGATTATGGTATTTATTGTGCTCTAACTCCAACCT
ATACCTATTGTACTGTCAATGGTGATACACCTTATAGTAAACTTTGCGGTGAATCCGATG
TCACTGAACTTTCAGGTTTAACAGCTGGTCAAATCGCTGGTATTGTCATTGGTTGTACTA
TTGGTGCTGGTATTTTAGCTTTTGGTTTAGCCTGGGTTATCTCAAAAACAACTATTAAAG
AACATTTCATTAGACTAAGAAGCTCTTCAACTTCNAATACATCTTATTCACTAAATTATT
CATTAAAT

>VHM595P.Seq
ATTTTTATTTTTTTTTATAAATTTTGTCAAAATAATAATAATAATAACAAAAATGTTAAA
AAAATCATTATTTATTTATTTATTTATTTTTTTTAATTTTATAATTAAAATAACGACAGC
AGCAACAAGTGTAACATATTATGTTAGTGTTAATAATGGTAATGATAATATACCATGTGG
AGAGAGTTTANAAAAGTCATGTCAATCAATTCAATATGTATTTAATCAATATAATTCAAC
CTATTTAAATAGTCAAGATATTATTGAAGTTATGATATTATTAGATGATGGTGAATATAT
TGGTGAAAATAATGTGAATTTTAATATTTACAATATGACAATCACTATTCAACCAATTAA
TAATTCAAAAACACCGTCACCAGTAACATTCAATGGTATTAACAGTGCCGGTGATAGAGT
TTTTAATATCACTGAACCATATTTAATTAAAACCAATGAAACAACGATTCAATATGGCAT
AAATTCAACATCATTAACATTAAATAATTTAAATTTCATTAATTTCAATCCAACTATTGG
TAATGGTAATGGTACCATTGGAAATGGTGCAATCATATTCATTGATATATTCAACTCATC
ATTATCTTTATCAATTAATAAATGTAATTTTAATAATAATCAAG----------TGCTAC
TGGCGTATCAAGTTATTTACTTGTTGCAAATTCAAAATTCATTGATAATAAATCAAGTGG
TGCTGGTGGCGCTATTGCAACTCAAGGTAGTGTTTACACGAGTTTGAACAATTGTGAATT
CATTTCAAATTCTGCAAATGCCGGTGGTTCATTATCTTTTGAATATTCAAATCAAATTCA
TTTAAGAAATTGTACAATCAGTGGAAATGTTGGTGTTGGTCAAGGTGGTGCAATCTATTC
ATCCTATTCAACGATTTCAATGGATGATACTAAAATTAGTGCCAATCAAGCTTACCAAGG
TGGTGCTGTCTATTGCTCCGCTTCAACTTTAAATATTACCAGTTCAAATATCCCATTGAA
TGGTAATACCGATCTTGGCAATGGTACAGACTCTTATGAATGGAAAGGTGAGGATGGTAT
AAAAGTCAATGATTATGGTATTTATTGTGCTCTAACTCCAACCTATACCTATTGTACTGT
CAATGGTGATACACCTTATAGTAAACTTTGCGGTGAATCCGATGTCACTGAACTTTCAGG
TTTAACAGCTGGTCAAATCGCTGGTATTGTCATTGGTTGTACTATTGGTGCTGGTATTTT
AGCTTTTGGTTTAGCCTGGGTTATCTCAAAAACAACTATTAAAGAACATTTCATTAGACT
AAGAAGCTCTTCAACTTCNAATACATCTTATTCACTAAATTATTCATTAAAT