NBDC - アーカイブトップ - ヘルプ
データベースの説明 | データ項目の説明 | 利用許諾 | ヘルプ
Dicty_cDB
Contig List | Clone List | cDNA Library List
Atlas
Atlas | Atlas Image List
NBDC - LSDB Archive
Description of this DB | Description of data items | Download | License
Dicty_cDB
Contig List | Clone List | cDNA Library List
Atlas
Atlas | Atlas Image List
VHJ554
Library VH
(Link to library)
Clone ID VHJ554
Atlas ID -
NBRP ID
dictyBase ID
Link to Contig Contig-U12363-1
Original site URL
Representative seq. ID VHJ554P
(Link to Original site)
Representative DNA sequence 
>VHJ554 (VHJ554Q) /CSM/VH/VHJ5-C/VHJ554Q.Seq.d/
GAAAAAAAAATAAAATTATGATCATTTTTTAAAGCAAAATTAAAATAAAAATATAAATAA
TAAATTTTAAAAATGAAATTTATTTCTTTTTTTATTACTTTAATTTTAATTTCAATTTTA
AATAATTTTGTTTTATCATCAGGTACAACAGTTAGTGATGTTACATTAATAGTAAATTTA
AATAATAATAATAGTTATCCAGTTAATGGGTCATGTGGTAGTAGTACTCAATTAACATGT
AATAATATAAATGATGCAATTAATTATTTTAATACTATTGCAGTAAATGTTAATAGAAGT
TCATCACAAATCATTTATCAACAATTGAATCTTTTATTAGATGATGGTAATTATTCAACA
ACAGCAACAACAACAACAATTAATTTATATCAATTTAATATAACAATTTCACCATTAAAT
CCAAGTTCAAATAAAGTTATAATTAATGGTTTAAATTCAAATTCATCAATGTTTTCTGTA
ACTCCATTTAATGGTATTGTANATAGTAAGGGGCAAAATTCATATATTTTAATCACTGGA
ATTCAATTTTTAAATTTTAAACAATCAATTATXXXXXXXXXXGTTATTCNATTTTTTGTA
ANACTTCNACTGTTAAAATTNATGCNACCTTTAAGGNATCAACNTTTACTTGNGNTCAGN
GTAANANGGTTTTAGGTCAAAATCAAATTTGTANTGTTGGNGGAAGTTCAGTTTCAAGNT
CAACTTTTGNTTTTGGTTCAAGTTTGTNTGTAAGTAGTANTGGNGNTCAATCNTTAACTG
TCNCTTNAACAAGTTNAACTCCTCAAACTTTTGGNACAGGTTCAAGTTCAAGNACAAGTT
CAAGNACAGGTTCAAGNACAAGTTCAAATTTTCATACTATTATTACTACCCCNACNACTG
GNGNATTTAATCNATTATCCCCNTCNTTTTCNATTTTAANTTTCNTTATTTTANTATCNN
TACCTTTAANTCNATCCTTTTAACCTTTTTTTTTTTTCTTTTATCATTTTTAAAAAATAA
AATTTCCAATTCAATCAAATAATAAANAAAATTTAAAAAC
sequence update 2002.10.25
Translated Amino Acid sequence 
ekkikl*sffkaklk*kyk**ILKMKFISFFITLILISILNNFVLSSGTTVSDVTLIVNL
NNNNSYPVNGSCGSSTQLTCNNINDAINYFNTIAVNVNRSSSQIIYQQLNLLLDDGNYST
TATTTTINLYQFNITISPLNPSSNKVIINGLNSNSSMFSVTPFNGIVXSKGQNSYILITG
IQFLNFKQSI---

---YSIFCXTSTVKIXATFKXSTFTXXQXXXVLGQNQICXVGGSSVSXSTFXFGSSLXVS
SXGXQSLTVXXTSXTPQTFGTGSSSXTSSXTGSXTSSNFHTIITTPTTGXFNXLSPSFSI
LXFXILXSXPLXXSF*pfffffyhf*kikfpiqsnnkxnlk
Translated Amino Acid sequence (All Frames) 
Frame A:
ekkikl*sffkaklk*kyk**ILKMKFISFFITLILISILNNFVLSSGTTVSDVTLIVNL
NNNNSYPVNGSCGSSTQLTCNNINDAINYFNTIAVNVNRSSSQIIYQQLNLLLDDGNYST
TATTTTINLYQFNITISPLNPSSNKVIINGLNSNSSMFSVTPFNGIVXSKGQNSYILITG
IQFLNFKQSI---

---vixffvxlxllkxmxplrxqxllxxxvxxf*vkikfvxlxevqfqxqllxlvqvcx*
vvxxxnx*lslxqvxllkllxqvqvqxqvqxqvqxqvqifillllpxxlxxlixypxxfx
f*xslfxyxyl*xxpfnlfffsfiifkk*nfqfnqiixki*k

Frame B:
kkk*nydhflkqn*nkninnkf*k*nlflflll*f*fqf*iilfyhqvqqlvmlh***i*
iiiiviqlmghvvvvln*hvii*mmqliilillq*mlievhhksfinn*ify*mmviiqq
qqqqqqliyinli*qfhh*iqvqikl*lmv*iqihqcfl*lhlmvlxivrgkihif*sle
fnf*ilnnql---

---lfxfl*xfxc*nxcxl*ginxylxsx*xgfrsksnlxcwxkfsfkxnfxfwfkfvck
*xwxsixncxxnkxnssnfwxrfkfkxkfkxrfkxkfkfsyyyyypxxwxi*siipxxfx
fxfxyfxixtfxsilltffffllsflknkisnsik**xkfkn

Frame C:
kknkimiif*skikiki*iinfkneiyfffyyfnfnfnfk*fcfiiryns**cyinskfk
****lss*wvmw**ysinm**yk*cn*lf*yycskc**kfitnhlstiesfir*w*lfnn
snnnnn*fisi*ynnftikskfk*syn*wfkfkfinvfcnsi*wycx**gakfiyfnhwn
sifkf*tiny---

---YSIFCXTSTVKIXATFKXSTFTXXQXXXVLGQNQICXVGGSSVSXSTFXFGSSLXVS
SXGXQSLTVXXTSXTPQTFGTGSSSXTSSXTGSXTSSNFHTIITTPTTGXFNXLSPSFSI
LXFXILXSXPLXXSF*pfffffyhf*kikfpiqsnnkxnlk
Homology vs CSM-cDNA 

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

VHJ554 (VHJ554Q) /CSM/VH/VHJ5-C/VHJ554Q.Seq.d/                        880   0.0
VFN866 (VFN866Q) /CSM/VF/VFN8-C/VFN866Q.Seq.d/                        432   e-120
FC-AJ06 (FC-AJ06Q) /CSM/FC/FC-AJ/FC-AJ06Q.Seq.d/                       50   7e-05
SSB737 (SSB737Q) /CSM/SS/SSB7-B/SSB737Q.Seq.d/                         48   3e-04
SSB651 (SSB651Q) /CSM/SS/SSB6-C/SSB651Q.Seq.d/                         44   0.004
FC-AR24 (FC-AR24Q) /CSM/FC/FC-AR/FC-AR24Q.Seq.d/                       44   0.004
VHN357 (VHN357Q) /CSM/VH/VHN3-C/VHN357Q.Seq.d/                         42   0.017
VFF614 (VFF614Q) /CSM/VF/VFF6-A/VFF614Q.Seq.d/                         42   0.017
CHQ524 (CHQ524Q) /CSM/CH/CHQ5-A/CHQ524Q.Seq.d/                         42   0.017
AHQ564 (AHQ564Q) /CSM/AH/AHQ5-C/AHQ564Q.Seq.d/                         42   0.017
own update 2004.12.24
Homology vs DNA 

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

(BJ423858) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv50k13, 5' ...   436   0.0    2
(BJ417711) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv28d18, 5' ...   430   0.0    2
(BJ442673) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv50k13, 3' ...   541   e-149  1
(BJ435821) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv28d18, 3' ...   285   2e-72  1
(AM447509) Vitis vinifera contig VV78X189462.14, whole genom...    44   0.008  2
(CT547661) A BAC library has been constructed from cultivar ...    44   0.010  2
(AP007800) Lotus japonicus genomic DNA, chromosome 2, clone:...    48   0.014  6
(EF514212) Solanum tuberosum strain P6/210 contig R1, comple...    52   0.044  1
(CU693379) Zebrafish DNA sequence *** SEQUENCING IN PROGRESS...    52   0.044  1
(AC117075) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047...    42   0.049  7
dna update 2008.11.18
Homology vs Protein 

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AC116986_14(AC116986|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...    76   2e-12
AC116982_12(AC116982|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...    60   1e-07
(Q55GF9) RecName: Full=Inner centromere protein A; AltName: Full...    35   4.5
BA000016_558(BA000016|pid:none) Clostridium perfringens str. 13 ...    34   7.6
protein update 2009. 3.12
PSORT 

 psg: 1.00  gvh: 0.60  alm: 0.26  top: 0.27  tms: 0.07  mit: 0.33  mip: 0.13
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 1.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 1.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 0.00 

	 28.0 %: endoplasmic reticulum
	 20.0 %: cytoplasmic
	 16.0 %: nuclear
	 12.0 %: Golgi
	 12.0 %: mitochondrial
	  4.0 %: extracellular, including cell wall
	  4.0 %: plasma membrane
	  4.0 %: vesicles of secretory system

>> prediction for VHJ554 is end
5' end seq. ID VHJ554F
5' end seq. 
>VHJ554F.Seq
GAAAAAAAAATAAAATTATGATCATTTTTTAAAGCAAAATTAAAATAAAAATATAAATAA
TAAATTTTAAAAATGAAATTTATTTCTTTTTTTATTACTTTAATTTTAATTTCAATTTTA
AATAATTTTGTTTTATCATCAGGTACAACAGTTAGTGATGTTACATTAATAGTAAATTTA
AATAATAATAATAGTTATCCAGTTAATGGGTCATGTGGTAGTAGTACTCAATTAACATGT
AATAATATAAATGATGCAATTAATTATTTTAATACTATTGCAGTAAATGTTAATAGAAGT
TCATCACAAATCATTTATCAACAATTGAATCTTTTATTAGATGATGGTAATTATTCAACA
ACAGCAACAACAACAACAATTAATTTATATCAATTTAATATAACAATTTCACCATTAAAT
CCAAGTTCAAATAAAGTTATAATTAATGGTTTAAATTCAAATTCATCAATGTTTTCTGTA
ACTCCATTTAATGGTATTGTANATAGTAAGGGGCAAAATTCATATATTTTAATCACTGGA
ATTCAATTTTTAAATTTTAAACAATCAATTATNNNNNNNNNN
Length of 5' end seq. 582
3' end seq. ID VHJ554Z
3' end seq. 
>VHJ554Z.Seq
NNNNNNNNNNGTTATTCNATTTTTTGTAANACTTCNACTGTTAAAATTNATGCNACCTTT
AAGGNATCAACNTTTACTTGNGNTCAGNGTAANANGGTTTTAGGTCAAAATCAAATTTGT
ANTGTTGGNGGAAGTTCAGTTTCAAGNTCAACTTTTGNTTTTGGTTCAAGTTTGTNTGTA
AGTAGTANTGGNGNTCAATCNTTAACTGTCNCTTNAACAAGTTNAACTCCTCAAACTTTT
GGNACAGGTTCAAGTTCAAGNACAAGTTCAAGNACAGGTTCAAGNACAAGTTCAAATTTT
CATACTATTATTACTACCCCNACNACTGGNGNATTTAATCNATTATCCCCNTCNTTTTCN
ATTTTAANTTTCNTTATTTTANTATCNNTACCTTTAANTCNATCCTTTTAACCTTTTTTT
TTTTTCTTTTATCATTTTTAAAAAATAAAATTTCCAATTCAATCAAATAATAAANAAAAT
TTAAAAAC
Length of 3' end seq. 488
Connected seq. ID VHJ554P
Connected seq. 
>VHJ554P.Seq
GAAAAAAAAATAAAATTATGATCATTTTTTAAAGCAAAATTAAAATAAAAATATAAATAA
TAAATTTTAAAAATGAAATTTATTTCTTTTTTTATTACTTTAATTTTAATTTCAATTTTA
AATAATTTTGTTTTATCATCAGGTACAACAGTTAGTGATGTTACATTAATAGTAAATTTA
AATAATAATAATAGTTATCCAGTTAATGGGTCATGTGGTAGTAGTACTCAATTAACATGT
AATAATATAAATGATGCAATTAATTATTTTAATACTATTGCAGTAAATGTTAATAGAAGT
TCATCACAAATCATTTATCAACAATTGAATCTTTTATTAGATGATGGTAATTATTCAACA
ACAGCAACAACAACAACAATTAATTTATATCAATTTAATATAACAATTTCACCATTAAAT
CCAAGTTCAAATAAAGTTATAATTAATGGTTTAAATTCAAATTCATCAATGTTTTCTGTA
ACTCCATTTAATGGTATTGTANATAGTAAGGGGCAAAATTCATATATTTTAATCACTGGA
ATTCAATTTTTAAATTTTAAACAATCAATTAT----------GTTATTCNATTTTTTGTA
ANACTTCNACTGTTAAAATTNATGCNACCTTTAAGGNATCAACNTTTACTTGNGNTCAGN
GTAANANGGTTTTAGGTCAAAATCAAATTTGTANTGTTGGNGGAAGTTCAGTTTCAAGNT
CAACTTTTGNTTTTGGTTCAAGTTTGTNTGTAAGTAGTANTGGNGNTCAATCNTTAACTG
TCNCTTNAACAAGTTNAACTCCTCAAACTTTTGGNACAGGTTCAAGTTCAAGNACAAGTT
CAAGNACAGGTTCAAGNACAAGTTCAAATTTTCATACTATTATTACTACCCCNACNACTG
GNGNATTTAATCNATTATCCCCNTCNTTTTCNATTTTAANTTTCNTTATTTTANTATCNN
TACCTTTAANTCNATCCTTTTAACCTTTTTTTTTTTTCTTTTATCATTTTTAAAAAATAA
AATTTCCAATTCAATCAAATAATAAANAAAATTTAAAAAC
Length of connected seq. 1050
Full length Seq ID -
Full length Seq. -
Length of full length seq. -