>VHI351 (VHI351Q) /CSM/VH/VHI3-C/VHI351Q.Seq.d/
ATAAAAAAAACAAATAATGAATAAAATTAATTTATTTATAATTTTAACAATTTTAATTAA
TTGTTATTTTGGTATTAATCAAGTTAATGGTAAATTTCATCAAGAATTAGGATGGAAACA
ATCATTAACAAGAGAATTTATTGATCCAAATACACCAATCACTTTTAGAATTTATGTAAA
ACAACAAAATTTTGAACAATTAAAAATCAAAGTTCGTGATGTTTCAGACCCACACTCAAA
CAACTATGGTAATTATTTAAGTGTTGATGAAATTACATCAATAATTTCACCATCAAAAGA
ATCATTAACCTTAATTGAAAAATGGATTCAACCATTCAATCCAATTGAAATTGAATACAA
TGATAATCAAGATTGTATGTTCATTACAATGTCAAAACAAAATATTGAAAAATTAATGAA
TATTAAAATCTTTAAATTTATTCATCAAAATGGTAAAATCATTCTTCGTTCACCAATTGA
TCCAATTATTCCTTCAAATTTATTAAAACATATTGATTTAATTACTGGTATTAGTCATTT
CCCAGTTTATAAGTTAAAAAATAAAATAAATTCTTTATCTTCATCATCATCTTCATCATC
AGAAGGTTTACAAATTATTAGTATTAAAGGTACAGGTGAATTTTTAACAGTTGAATATCA
ACCATCATGTTXXXXXXXXXXCACCAATGGGTGCTAATGGTTGTGAAAATGCAAGAGGTG
ATTGGCCATCAAATTCAGAATATGTTAGTGCAGTTGGTTCAATTTATTTTACACCATATT
CAGCACCAATTTGTTATGATTCAGTTTCAAGTGGTGGTGTAAATTGTCAATCACTTCCAA
TTGGTGAAGTTGGTGTTTCAATTGATTATGGTACAATGTGGACATCAGGTGGTGGTTTCT
CAAATTTCACAGAGACTGCTTACTATCAAAAAGATTTCGTAAATGAATATTTAAATAAAT
TAAAAGAATTGGATGTTTCACCACCATCAAATCTTTTCAATTCAAATGGTAGAGCATATC
CAGATTTTTCAACAGTTGGTAAGAATTTATATGTTATCAATGGTGGTGAATGGTTATCAG
TTGATGGTACATCTGCTTCTGCACCAATCTTTGCTGGTATGATTACAATTCTCAATGATA
TTAGATTAAATAAAGGTTTACCACAATTAGGTTTCCTTAATCCATTATTCTATCAAATCG
CAAGAACAAATCCAGAAGCTTTCTATGATGTCGTCGTTGGTAATAATCGTTGTGGTCTCT
CTGATTCTACTCCAGTTTGTTGTGATTTCGGTTATACTGCTACAACTGGTTTCGATACTG
TTTCAGGTTTAGGTAGACCAGATATGTCTGTTTTAAGGAAATTATNATCAATATTAAAAA
ATAAAATAAAATAAAATAATCAAAAAAAA

*KKQIMNKINLFIILTILINCYFGINQVNGKFHQELGWKQSLTREFIDPNTPITFRIYVK
QQNFEQLKIKVRDVSDPHSNNYGNYLSVDEITSIISPSKESLTLIEKWIQPFNPIEIEYN
DNQDCMFITMSKQNIEKLMNIKIFKFIHQNGKIILRSPIDPIIPSNLLKHIDLITGISHF
PVYKLKNKINSLSSSSSSSSEGLQIISIKGTGEFLTVEYQPSC---

---PMGANGCENARGDWPSNSEYVSAVGSIYFTPYSAPICYDSVSSGGVNCQSLPIGEVG
VSIDYGTMWTSGGGFSNFTETAYYQKDFVNEYLNKLKELDVSPPSNLFNSNGRAYPDFST
VGKNLYVINGGEWLSVDGTSASAPIFAGMITILNDIRLNKGLPQLGFLNPLFYQIARTNP
EAFYDVVVGNNRCGLSDSTPVCCDFGYTATTGFDTVSGLGRPDMSVLRKLXSILKNKIK*
nnqkk

Frame A:
ikktnne*n*fiynfnnfn*llfwy*ss*w*issrirmetiinkriy*skytnhf*nlck
ttkf*tiknqss*cfrptlkqlw*lfkc**nyinnftikriinln*kmdstiqsn*n*iq
**srlyvhynvktky*kiney*nl*iysskw*nhssftn*snysfkfikty*fnywy*sf
psl*vkk*nkffifiiifiirrftny*y*ryr*ifns*istim---

---hqwvlmvvkmqevighqiqnmlvqlvqfilhhiqhqfvmiqfqvvv*ivnhfqlvkl
vfqlimvqcghqvvvsqisqrlltikkis*mni*in*knwmfhhhqifsiqmvehiqifq
qlvriymlsmvvngyqlmvhlllhqsllv*lqfsmild*ikvyhn*vslihysiksqeqi
qklsmmsslviivvvslillqfvvisvillqlvsilfqv*vdqiclf*gnyxqy*kik*n
kiikk

Frame B:
*KKQIMNKINLFIILTILINCYFGINQVNGKFHQELGWKQSLTREFIDPNTPITFRIYVK
QQNFEQLKIKVRDVSDPHSNNYGNYLSVDEITSIISPSKESLTLIEKWIQPFNPIEIEYN
DNQDCMFITMSKQNIEKLMNIKIFKFIHQNGKIILRSPIDPIIPSNLLKHIDLITGISHF
PVYKLKNKINSLSSSSSSSSEGLQIISIKGTGEFLTVEYQPSC---

---tngc*wl*kckr*laikfric*cswfnlfytifstnll*fsfkwwcklsitsnw*sw
cfn*lwynvdirwwflkfhrdcllskrfrk*ifk*ikrigcfttiksfqfkw*sisrffn
sw*eficyqww*mvis*wyicfctnlcwydynsq*y*ik*rfttirfp*siilsnrknks
rsfl*crrw**slwsl*fyssll*frlycynwfrycfrfr*tryvcfkeixinikk*nki
k*skk

Frame C:
kknk**ikliyl*f*qf*livilvliklmvnfikn*dgnnh*qenlliqihqsllefm*n
nkilnn*kskfvmfqthtqttmvii*vlmklhq*fhhqknh*p*lkngfnhsiqlklntm
iikivcslqcqnkilkn**ilkslnlfikmvksffvhqliqlflqiy*nili*llvlvis
qfis*kik*ilylhhhlhhqkvykllvlkvqvnf*qlninhhv---

---PMGANGCENARGDWPSNSEYVSAVGSIYFTPYSAPICYDSVSSGGVNCQSLPIGEVG
VSIDYGTMWTSGGGFSNFTETAYYQKDFVNEYLNKLKELDVSPPSNLFNSNGRAYPDFST
VGKNLYVINGGEWLSVDGTSASAPIFAGMITILNDIRLNKGLPQLGFLNPLFYQIARTNP
EAFYDVVVGNNRCGLSDSTPVCCDFGYTATTGFDTVSGLGRPDMSVLRKLXSILKNKIK*
nnqkk

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

VHI351 (VHI351Q) /CSM/VH/VHI3-C/VHI351Q.Seq.d/                       1764   0.0
VHP219 (VHP219Q) /CSM/VH/VHP2-A/VHP219Q.Seq.d/                       1368   0.0
VHI615 (VHI615Q) /CSM/VH/VHI6-A/VHI615Q.Seq.d/                       1368   0.0
VHA254 (VHA254Q) /CSM/VH/VHA2-C/VHA254Q.Seq.d/                       1368   0.0
VSD253 (VSD253Q) /CSM/VS/VSD2-C/VSD253Q.Seq.d/                       1362   0.0
VHB740 (VHB740Q) /CSM/VH/VHB7-B/VHB740Q.Seq.d/                       1354   0.0
VHC267 (VHC267Q) /CSM/VH/VHC2-C/VHC267Q.Seq.d/                       1350   0.0
VHL629 (VHL629Q) /CSM/VH/VHL6-B/VHL629Q.Seq.d/                       1348   0.0
VHQ182 (VHQ182Q) /CSM/VH/VHQ1-D/VHQ182Q.Seq.d/                       1344   0.0
VFJ176 (VFJ176Q) /CSM/VF/VFJ1-D/VFJ176Q.Seq.d/                       1344   0.0

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

(BJ445918) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv61e06, 3' ...  1368   0.0    1
(BJ441887) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv48m04, 3' ...  1368   0.0    1
(BJ441699) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv47f13, 3' ...  1368   0.0    1
(BJ436593) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv31k14, 3' ...  1368   0.0    1
(AU263720) Dictyostelium discoideum vegetative cDNA clone:VS...  1362   0.0    1
(BJ437500) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv34p09, 3' ...  1354   0.0    1
(BJ437842) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv35e18, 3' ...  1350   0.0    1
(BJ443855) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv54i08, 3' ...  1348   0.0    1
(BJ446762) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv63c21, 3' ...  1344   0.0    1
(BJ432792) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv19g19, 3' ...  1344   0.0    1

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AC116960_13(AC116960|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   469   e-130
AM411678_1(AM411678|pid:none) Plasmodiophora brassicae ORF1 for ...   149   2e-34
AF142415_1(AF142415|pid:none) Amoeba proteus pepstatin-insensiti...   145   5e-33
(Q8MZS4) RecName: Full=Physarolisin;          EC=3.4.21.103; Alt...   123   2e-26
(Q55CT0) RecName: Full=Tripeptidyl-peptidase 1;          Short=T...   120   2e-25
DQ242648_1(DQ242648|pid:none) Phanerochaete chrysosporium family...   117   1e-24
BC068900_1(BC068900|pid:none) Xenopus laevis hypothetical protei...   117   1e-24
AJ585109_1(AJ585109|pid:none) Aspergillus fumigatus mRNA for fuS...   115   4e-24
BC135587_1(BC135587|pid:none) Xenopus tropicalis hypothetical pr...   113   1e-23
AC115599_50(AC115599|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   112   4e-23

 psg: 0.99  gvh: 0.52  alm: 0.26  top: 0.37  tms: 0.07  mit: 0.32  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.40  pox: 0.00  px2: 0.50  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 1.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 1.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 0.00 

	 28.0 %: cytoplasmic
	 20.0 %: mitochondrial
	 16.0 %: nuclear
	 16.0 %: endoplasmic reticulum
	  8.0 %: cytoskeletal
	  4.0 %: extracellular, including cell wall
	  4.0 %: Golgi
	  4.0 %: peroxisomal

>> prediction for VHI351 is cyt

>VHI351F.Seq
ATAAAAAAAACAAATAATGAATAAAATTAATTTATTTATAATTTTAACAATTTTAATTAA
TTGTTATTTTGGTATTAATCAAGTTAATGGTAAATTTCATCAAGAATTAGGATGGAAACA
ATCATTAACAAGAGAATTTATTGATCCAAATACACCAATCACTTTTAGAATTTATGTAAA
ACAACAAAATTTTGAACAATTAAAAATCAAAGTTCGTGATGTTTCAGACCCACACTCAAA
CAACTATGGTAATTATTTAAGTGTTGATGAAATTACATCAATAATTTCACCATCAAAAGA
ATCATTAACCTTAATTGAAAAATGGATTCAACCATTCAATCCAATTGAAATTGAATACAA
TGATAATCAAGATTGTATGTTCATTACAATGTCAAAACAAAATATTGAAAAATTAATGAA
TATTAAAATCTTTAAATTTATTCATCAAAATGGTAAAATCATTCTTCGTTCACCAATTGA
TCCAATTATTCCTTCAAATTTATTAAAACATATTGATTTAATTACTGGTATTAGTCATTT
CCCAGTTTATAAGTTAAAAAATAAAATAAATTCTTTATCTTCATCATCATCTTCATCATC
AGAAGGTTTACAAATTATTAGTATTAAAGGTACAGGTGAATTTTTAACAGTTGAATATCA
ACCATCATGTTNNNNNNNNNN

>VHI351Z.Seq
NNNNNNNNNNCACCAATGGGTGCTAATGGTTGTGAAAATGCAAGAGGTGATTGGCCATCA
AATTCAGAATATGTTAGTGCAGTTGGTTCAATTTATTTTACACCATATTCAGCACCAATT
TGTTATGATTCAGTTTCAAGTGGTGGTGTAAATTGTCAATCACTTCCAATTGGTGAAGTT
GGTGTTTCAATTGATTATGGTACAATGTGGACATCAGGTGGTGGTTTCTCAAATTTCACA
GAGACTGCTTACTATCAAAAAGATTTCGTAAATGAATATTTAAATAAATTAAAAGAATTG
GATGTTTCACCACCATCAAATCTTTTCAATTCAAATGGTAGAGCATATCCAGATTTTTCA
ACAGTTGGTAAGAATTTATATGTTATCAATGGTGGTGAATGGTTATCAGTTGATGGTACA
TCTGCTTCTGCACCAATCTTTGCTGGTATGATTACAATTCTCAATGATATTAGATTAAAT
AAAGGTTTACCACAATTAGGTTTCCTTAATCCATTATTCTATCAAATCGCAAGAACAAAT
CCAGAAGCTTTCTATGATGTCGTCGTTGGTAATAATCGTTGTGGTCTCTCTGATTCTACT
CCAGTTTGTTGTGATTTCGGTTATACTGCTACAACTGGTTTCGATACTGTTTCAGGTTTA
GGTAGACCAGATATGTCTGTTTTAAGGAAATTATNATCAATATTAAAAAATAAAATAAAA
TAAAATAATCAAAAAAAA

>VHI351P.Seq
ATAAAAAAAACAAATAATGAATAAAATTAATTTATTTATAATTTTAACAATTTTAATTAA
TTGTTATTTTGGTATTAATCAAGTTAATGGTAAATTTCATCAAGAATTAGGATGGAAACA
ATCATTAACAAGAGAATTTATTGATCCAAATACACCAATCACTTTTAGAATTTATGTAAA
ACAACAAAATTTTGAACAATTAAAAATCAAAGTTCGTGATGTTTCAGACCCACACTCAAA
CAACTATGGTAATTATTTAAGTGTTGATGAAATTACATCAATAATTTCACCATCAAAAGA
ATCATTAACCTTAATTGAAAAATGGATTCAACCATTCAATCCAATTGAAATTGAATACAA
TGATAATCAAGATTGTATGTTCATTACAATGTCAAAACAAAATATTGAAAAATTAATGAA
TATTAAAATCTTTAAATTTATTCATCAAAATGGTAAAATCATTCTTCGTTCACCAATTGA
TCCAATTATTCCTTCAAATTTATTAAAACATATTGATTTAATTACTGGTATTAGTCATTT
CCCAGTTTATAAGTTAAAAAATAAAATAAATTCTTTATCTTCATCATCATCTTCATCATC
AGAAGGTTTACAAATTATTAGTATTAAAGGTACAGGTGAATTTTTAACAGTTGAATATCA
ACCATCATGTT----------CACCAATGGGTGCTAATGGTTGTGAAAATGCAAGAGGTG
ATTGGCCATCAAATTCAGAATATGTTAGTGCAGTTGGTTCAATTTATTTTACACCATATT
CAGCACCAATTTGTTATGATTCAGTTTCAAGTGGTGGTGTAAATTGTCAATCACTTCCAA
TTGGTGAAGTTGGTGTTTCAATTGATTATGGTACAATGTGGACATCAGGTGGTGGTTTCT
CAAATTTCACAGAGACTGCTTACTATCAAAAAGATTTCGTAAATGAATATTTAAATAAAT
TAAAAGAATTGGATGTTTCACCACCATCAAATCTTTTCAATTCAAATGGTAGAGCATATC
CAGATTTTTCAACAGTTGGTAAGAATTTATATGTTATCAATGGTGGTGAATGGTTATCAG
TTGATGGTACATCTGCTTCTGCACCAATCTTTGCTGGTATGATTACAATTCTCAATGATA
TTAGATTAAATAAAGGTTTACCACAATTAGGTTTCCTTAATCCATTATTCTATCAAATCG
CAAGAACAAATCCAGAAGCTTTCTATGATGTCGTCGTTGGTAATAATCGTTGTGGTCTCT
CTGATTCTACTCCAGTTTGTTGTGATTTCGGTTATACTGCTACAACTGGTTTCGATACTG
TTTCAGGTTTAGGTAGACCAGATATGTCTGTTTTAAGGAAATTATNATCAATATTAAAAA
ATAAAATAAAATAAAATAATCAAAAAAAA