>VHA232 (VHA232Q) /CSM/VH/VHA2-B/VHA232Q.Seq.d/
AATGGTATGTGAAAATAAATAAAATTAAATAAAATAACGGCACCTATCTCTCTTTAAATA
TTTAATTAAATTCAATTTTATATATATATATAAAAAGATGAAAACTATTAAAAGTTTATT
TTTACTGTCATTGTTGATAGTGAATTTATTAATAAGTTCAACATATGGAAGTTCAATTAG
AGTAAGCATTGTTGGAGGTGAAGAAGCTGAAGTCATTGAAAAACCACGTACTTTTGGAAA
TAAAAGAGAACTCAAATTAGAGTATAGTCAAATTTATCCAAAGAAACAATTAAATCAAGA
AAATATTAATTTCATGTCTGCCAGAGATACTTTTGTTGATAATTTAATGTCAAAAATGTC
AATCACTGAAAAAATTGGTCAAATGACTCAATTGGATATTACAACATTAACATCACCAAA
TACAATTACAATTAATGAAACAACATTAGCATATTATGCTAAAACTTATTATATTGGATC
ATATTTAAATTCACCAGTATCAGGTGGTTTAGCAGGTGATATTCATCATATTAATAGTAG
TGTTTGGTTAGATATGATTAATACTATTCAAACCATTGTTAXXXXXXXXXXTTACAACAA
TTGGTTGACACTGGTAAACCAGTAGTTTTAATTTTGGTTGAAGCTNGTCCAAGAATTTTA
CCACCAGATTTCGTNTACAGTTGTGCTGCAGTTTTAATGGCTTATCTCCCAGGTAGTGAA
GGTGGTAAACCAATCGCCAACATTTTCATGGGTAATGTAAATCCATCTGGTCGTNTTCCT
TTAACTTATCCAGGTACTACTGGTGATATCGGTGTTCCATATTACCNCAAATACAGTGAA
AATGGTGTCACCACTCCACTNTTCCAATTTGGTGATGGTNTTTNTTATACCACTTTTAAC
TATACCAATNTCGCCTGTAGCAATTGTAAACCAATCTNTGGTCAATNTGGTAACTACACT
GGTGTTTTAGGTCAATCCTATACTTTCACTGTCACTGTCACAAACAATGGTAACGTTCAA
GGTAAANACTCTGTTNTNTTATATCTCTCTGATCTTTGGGCTCAAGTTACTCCANAAGTT
AAAATGTTAANAGGTTTCCAAAAAGTTGATNTTATGCCAGNTAAATNTCAACAAATCTCT
TTTACCCTCAATGCCTATGAATTCTCCTTTATTGGTGTCGATAATAAAATTACTTTAGAA
TCTGGTCAATTCATCATTANGGTTGGTAATCAACAATTAGGTTTATATTTACAATAAAAA
AAAAAATTAAAAAAATTAAATTAAATTAAATAGTTAAAAAT

mvcenk*n*ik*RHLSLFKYLIKFNFIYIYKKMKTIKSLFLLSLLIVNLLISSTYGSSIR
VSIVGGEEAEVIEKPRTFGNKRELKLEYSQIYPKKQLNQENINFMSARDTFVDNLMSKMS
ITEKIGQMTQLDITTLTSPNTITINETTLAYYAKTYYIGSYLNSPVSGGLAGDIHHINSS
VWLDMINTIQTIV---

---LQQLVDTGKPVVLILVEAXPRILPPDFVYSCAAVLMAYLPGSEGGKPIANIFMGNVN
PSGRXPLTYPGTTGDIGVPYYXKYSENGVTTPLFQFGDGXXYTTFNYTNXACSNCKPIXG
QXGNYTGVLGQSYTFTVTVTNNGNVQGKXSVXLYLSDLWAQVTPXVKMLXGFQKVDXMPX
KXQQISFTLNAYEFSFIGVDNKITLESGQFIIXVGNQQLGLYLQ*kkklkkln*ik*lk

Frame A:
ngm*k*iklnkitapisl*ifn*iqfyiyi*kdeny*kfiftvivdsefinkfniwkfn*
skhcwr*rs*sh*kttyfwk*krtqirv*snlsketiksrky*fhvcqryfc**fnvknv
nh*knwsndsigyyninitkynyn**nnisilc*nllywiifkftsirwfsr*yssy***
clvryd*yysnhc---

---LQQLVDTGKPVVLILVEAXPRILPPDFVYSCAAVLMAYLPGSEGGKPIANIFMGNVN
PSGRXPLTYPGTTGDIGVPYYXKYSENGVTTPLFQFGDGXXYTTFNYTNXACSNCKPIXG
QXGNYTGVLGQSYTFTVTVTNNGNVQGKXSVXLYLSDLWAQVTPXVKMLXGFQKVDXMPX
KXQQISFTLNAYEFSFIGVDNKITLESGQFIIXVGNQQLGLYLQ*kkklkkln*ik*lk

Frame B:
mvcenk*n*ik*RHLSLFKYLIKFNFIYIYKKMKTIKSLFLLSLLIVNLLISSTYGSSIR
VSIVGGEEAEVIEKPRTFGNKRELKLEYSQIYPKKQLNQENINFMSARDTFVDNLMSKMS
ITEKIGQMTQLDITTLTSPNTITINETTLAYYAKTYYIGSYLNSPVSGGLAGDIHHINSS
VWLDMINTIQTIV---

---ynnwltlvnq*f*fwlklvqefyhqisxtvvlqf*wlisqvvkvvnqsptfswvm*i
hlvvfl*liqvllvisvfhitxntvkmvsplhxsnlvmvfxiplltipxspvaivnqsxv
nxvttlvf*vnpilslslsqtmvtfkvxtlxxyislifglkllxklkc*xvskklxlcqx
nxnksllpsmpmnspllvsiikll*nlvnsslxlvinn*vyiynkkkn*kn*iklns*k

Frame C:
wyvkinkik*nngtylslni*lnsilyiyikr*kllkvyfychc***iy**vqhmevqle
*allevkklkslknhvlleikensn*sivkfiqrnn*ikkilisclpeilllii*cqkcq
slkklvk*lnwilqh*hhqiqlqlmkqh*himlkliildhi*ihqyqvv*qvifiilivv
fg*i*lilfkpll---

---ttig*hw*tssfnfg*sxsknfttrfrxqlccsfnglspr**rw*tnrqhfhg*cks
iwsxsfnlsryyw*yrcsilpqiq*kwchhstxpiw*wxxlyhf*lyqxrl*ql*tnlws
xw*lhwcfrsilyfhchchkqw*rsr*xlcxxisl*slgssysxs*nvxrfpks*xyax*
xstnlfypqcl*illywcr**nyfriwsihhxgw*stirfiftikkkikkikln*ivkn

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

VHA232 (VHA232Q) /CSM/VH/VHA2-B/VHA232Q.Seq.d/                       2131   0.0
VHJ687 (VHJ687Q) /CSM/VH/VHJ6-D/VHJ687Q.Seq.d/                       1201   0.0
VHB737 (VHB737Q) /CSM/VH/VHB7-B/VHB737Q.Seq.d/                       1181   0.0
VHJ645 (VHJ645Q) /CSM/VH/VHJ6-B/VHJ645Q.Seq.d/                       1168   0.0
CHF245 (CHF245Q) /CSM/CH/CHF2-B/CHF245Q.Seq.d/                       1156   0.0
VHI124 (VHI124Q) /CSM/VH/VHI1-A/VHI124Q.Seq.d/                       1140   0.0
VHQ110 (VHQ110Q) /CSM/VH/VHQ1-A/VHQ110Q.Seq.d/                       1136   0.0
CHL244 (CHL244Q) /CSM/CH/CHL2-B/CHL244Q.Seq.d/                       1130   0.0
VHH715 (VHH715Q) /CSM/VH/VHH7-A/VHH715Q.Seq.d/                       1126   0.0
VHH688 (VHH688Q) /CSM/VH/VHH6-D/VHH688Q.Seq.d/                       1126   0.0

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

L21014|L21014.1 Dictyostelium discoideum beta-glucosidase mRNA, complete cds.   969   0.0    2
EH013950|EH013950.1 USDA-FP_186699 Lysiphlebus testaceipes adult whole body Lysiphlebus testaceipes cDNA clone WLt064_C10 5', mRNA sequence.    40   0.037  2
BX293980|BX293980.2 Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1, complete genome.    32   0.11   14
AL403717|AL403717.1 T7 end of clone AT0AA010D11 of library AT0AA from strain CBS 4311 of Saccharomyces servazzii.    38   0.55   3
BQ969550|BQ969550.1 QHB38N02.yg.ab1 QH_ABCDI sunflower RHA801 Helianthus annuus cDNA clone QHB38N02, mRNA sequence.    48   0.62   1
BG139849|BG139849.1 EST480291 wild tomato pollen Lycopersicon pennellii cDNA clone cLPP14B10 5' sequence, mRNA sequence.    48   0.62   1
AC073286|AC073286.5 Homo sapiens chromosome 3 clone RP11-298M2, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 47 unordered pieces.    48   0.62   1
AC067915|AC067915.2 Homo sapiens clone RP11-131G15, WORKING DRAFT SEQUENCE, 21 unordered pieces.    48   0.62   1
AC022656|AC022656.3 Homo sapiens clone RP11-28P11, WORKING DRAFT SEQUENCE, 22 unordered pieces.    48   0.62   1
EK311859|EK311859.1 1095462400048 Global-Ocean-Sampling_GS-31-01-01-1P3-1P8KB marine metagenome genomic clone 1061005756708 5', genomic survey sequence.    48   0.62   1

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

A49881(A49881)beta-glucosidase (EC 3.2.1.21) precursor, lysosoma...   371   e-101
CP000159_2777(CP000159|pid:none) Salinibacter ruber DSM 13855, c...   130   1e-28
CP000083_2301(CP000083|pid:none) Colwellia psychrerythraea 34H, ...   123   2e-26
CP000383_2239(CP000383|pid:none) Cytophaga hutchinsonii ATCC 334...   118   4e-25
CP000383_3519(CP000383|pid:none) Cytophaga hutchinsonii ATCC 334...   115   3e-24
CP000685_3497(CP000685|pid:none) Flavobacterium johnsoniae UW101...   112   4e-23
CP001251_792(CP001251|pid:none) Dictyoglomus turgidum DSM 6724, ...   106   2e-21
CP001146_680(CP001146|pid:none) Dictyoglomus thermophilum H-6-12...   106   2e-21
CP000383_2243(CP000383|pid:none) Cytophaga hutchinsonii ATCC 334...   105   3e-21
CP001400_2160(CP001400|pid:none) Sulfolobus islandicus M.14.25, ...   105   4e-21

 psg: 0.74  gvh: 0.73  alm: 0.26  top: 0.07  tms: 0.07  mit: 0.43  mip: 0.09
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 1.00  tyr: 0.65  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 1.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 0.00 

	 20.0 %: cytoplasmic
	 20.0 %: endoplasmic reticulum
	 16.0 %: Golgi
	 16.0 %: nuclear
	 16.0 %: mitochondrial
	  4.0 %: extracellular, including cell wall
	  4.0 %: peroxisomal
	  4.0 %: plasma membrane

>> prediction for VHA232 is cyt

>VHA232F.Seq
AATGGTATGTGAAAATAAATAAAATTAAATAAAATAACGGCACCTATCTCTCTTTAAATA
TTTAATTAAATTCAATTTTATATATATATATAAAAAGATGAAAACTATTAAAAGTTTATT
TTTACTGTCATTGTTGATAGTGAATTTATTAATAAGTTCAACATATGGAAGTTCAATTAG
AGTAAGCATTGTTGGAGGTGAAGAAGCTGAAGTCATTGAAAAACCACGTACTTTTGGAAA
TAAAAGAGAACTCAAATTAGAGTATAGTCAAATTTATCCAAAGAAACAATTAAATCAAGA
AAATATTAATTTCATGTCTGCCAGAGATACTTTTGTTGATAATTTAATGTCAAAAATGTC
AATCACTGAAAAAATTGGTCAAATGACTCAATTGGATATTACAACATTAACATCACCAAA
TACAATTACAATTAATGAAACAACATTAGCATATTATGCTAAAACTTATTATATTGGATC
ATATTTAAATTCACCAGTATCAGGTGGTTTAGCAGGTGATATTCATCATATTAATAGTAG
TGTTTGGTTAGATATGATTAATACTATTCAAACCATTGTTANNNNNNNNNN

>VHA232Z.Seq
NNNNNNNNNNTTACAACAATTGGTTGACACTGGTAAACCAGTAGTTTTAATTTTGGTTGA
AGCTNGTCCAAGAATTTTACCACCAGATTTCGTNTACAGTTGTGCTGCAGTTTTAATGGC
TTATCTCCCAGGTAGTGAAGGTGGTAAACCAATCGCCAACATTTTCATGGGTAATGTAAA
TCCATCTGGTCGTNTTCCTTTAACTTATCCAGGTACTACTGGTGATATCGGTGTTCCATA
TTACCNCAAATACAGTGAAAATGGTGTCACCACTCCACTNTTCCAATTTGGTGATGGTNT
TTNTTATACCACTTTTAACTATACCAATNTCGCCTGTAGCAATTGTAAACCAATCTNTGG
TCAATNTGGTAACTACACTGGTGTTTTAGGTCAATCCTATACTTTCACTGTCACTGTCAC
AAACAATGGTAACGTTCAAGGTAAANACTCTGTTNTNTTATATCTCTCTGATCTTTGGGC
TCAAGTTACTCCANAAGTTAAAATGTTAANAGGTTTCCAAAAAGTTGATNTTATGCCAGN
TAAATNTCAACAAATCTCTTTTACCCTCAATGCCTATGAATTCTCCTTTATTGGTGTCGA
TAATAAAATTACTTTAGAATCTGGTCAATTCATCATTANGGTTGGTAATCAACAATTAGG
TTTATATTTACAATAAAAAAAAAAATTAAAAAAATTAAATTAAATTAAATAGTTAAAAAT

>VHA232P.Seq
AATGGTATGTGAAAATAAATAAAATTAAATAAAATAACGGCACCTATCTCTCTTTAAATA
TTTAATTAAATTCAATTTTATATATATATATAAAAAGATGAAAACTATTAAAAGTTTATT
TTTACTGTCATTGTTGATAGTGAATTTATTAATAAGTTCAACATATGGAAGTTCAATTAG
AGTAAGCATTGTTGGAGGTGAAGAAGCTGAAGTCATTGAAAAACCACGTACTTTTGGAAA
TAAAAGAGAACTCAAATTAGAGTATAGTCAAATTTATCCAAAGAAACAATTAAATCAAGA
AAATATTAATTTCATGTCTGCCAGAGATACTTTTGTTGATAATTTAATGTCAAAAATGTC
AATCACTGAAAAAATTGGTCAAATGACTCAATTGGATATTACAACATTAACATCACCAAA
TACAATTACAATTAATGAAACAACATTAGCATATTATGCTAAAACTTATTATATTGGATC
ATATTTAAATTCACCAGTATCAGGTGGTTTAGCAGGTGATATTCATCATATTAATAGTAG
TGTTTGGTTAGATATGATTAATACTATTCAAACCATTGTTA----------TTACAACAA
TTGGTTGACACTGGTAAACCAGTAGTTTTAATTTTGGTTGAAGCTNGTCCAAGAATTTTA
CCACCAGATTTCGTNTACAGTTGTGCTGCAGTTTTAATGGCTTATCTCCCAGGTAGTGAA
GGTGGTAAACCAATCGCCAACATTTTCATGGGTAATGTAAATCCATCTGGTCGTNTTCCT
TTAACTTATCCAGGTACTACTGGTGATATCGGTGTTCCATATTACCNCAAATACAGTGAA
AATGGTGTCACCACTCCACTNTTCCAATTTGGTGATGGTNTTTNTTATACCACTTTTAAC
TATACCAATNTCGCCTGTAGCAATTGTAAACCAATCTNTGGTCAATNTGGTAACTACACT
GGTGTTTTAGGTCAATCCTATACTTTCACTGTCACTGTCACAAACAATGGTAACGTTCAA
GGTAAANACTCTGTTNTNTTATATCTCTCTGATCTTTGGGCTCAAGTTACTCCANAAGTT
AAAATGTTAANAGGTTTCCAAAAAGTTGATNTTATGCCAGNTAAATNTCAACAAATCTCT
TTTACCCTCAATGCCTATGAATTCTCCTTTATTGGTGTCGATAATAAAATTACTTTAGAA
TCTGGTCAATTCATCATTANGGTTGGTAATCAACAATTAGGTTTATATTTACAATAAAAA
AAAAAATTAAAAAAATTAAATTAAATTAAATAGTTAAAAAT