VFN866
Library VF
(Link to library)
Clone ID VFN866
Atlas ID -
NBRP ID -
dictyBase ID -
Link to Contig Contig-U12363-1
Original site URL
Representative seq. ID VFN866P
(Link to Original site)
Representative DNA sequence
>VFN866 (VFN866Q) /CSM/VF/VFN8-C/VFN866Q.Seq.d/
AAAGCAAAATTAAAATAAAAATATAAATAATAAATTTTAAAAATGAAATTTATTTCTTTT
TTATTACTTTAATTTTAATTTCAATTTTAAATAATTTTGTTTTATCATCAGGTNCAACAG
TTAGTGATGTTACATTAATAGTAAATTTAAATAATAATAATAGTTATCCAGTTAATGGGT
CATGTGGTAGTAGTACTCAATTAACATGTAATAATATAAATGATGCAATTAATTATTTTA
ATACTATTGCAGTAAATGTTAATAGAAGTTCATCACAAATCATTTATCAACAATTGAATC
TTTTATTAGATGATGGTAATTATTCAACAACAGCAACAACAACAACAATTAATTTATATC
AATTTAATATAACAATTTCACCATTAAATCCAAGTTCAAATAAAGTTATAATTAATGGTT
TAAATTCAAATTCATCAATGTTTTCTGTAACTCCATTTAATGGTATTGTAGATAGTAAGG
GGCAAAATTCATATATTTTAATCACTGGAATTCAATTTTTAAATTTTAAACAATCAATTA
TTCAAGTTTCAACCAATTATTCATTCACTGATATTAGATTTGAATCATGTATAATTGATC
AATACAATTCAAATAATTCAATGATTGAAATTAATAAATTAATTAGTCAXXXXXXXXXXG
TTATTCAATTTTTTGTAANACTTCNACTGTTAAAATTGATGCAACCTNTAAGGNATCAAC
ATTTACTTGNGCNCAGNGTAANATGGTTTTAGGNCAAAATCAAATTTGNAGTGTTGGTGG
AAGTTCAGTTTCAAGCNCAACTTCTGCTTNTGGTTCAAGTTTGTCTGTAAGTAGNAGTGG
NNGTCAATCATTAACTGNCNCTTCAACAAGTTCAACTCCNCNAACTTNTGGNACAGGTTC
AAGGTCAAGNNCAAGTTCAAGGACAGGTTCAA
sequence update 2001.11.22
Translated Amino Acid sequence
skikiki*IINFKNEIYFFFITLILISILNNFVLSSGXTVSDVTLIVNLNNNNSYPVNGS
CGSSTQLTCNNINDAINYFNTIAVNVNRSSSQIIYQQLNLLLDDGNYSTTATTTTINLYQ
FNITISPLNPSSNKVIINGLNSNSSMFSVTPFNGIVDSKGQNSYILITGIQFLNFKQSII
QVSTNYSFTDIRFESCIIDQYNSNNSMIEINKLIS---

---YSIFCXTSTVKIDATXKXSTFTXAQXXMVLGQNQIXSVGGSSVSSXTSAXGSSLSVS
XSGXQSLTXXSTSSTPXTXGTGSRSXXSSRTGS


Translated Amino Acid sequence (All Frames)
Frame A:
kaklk*kyk**ilkmkfisflll*f*fqf*iilfyhqvqqlvmlh***i*iiiiviqlmg
hvvvvln*hvii*mmqliilillq*mlievhhksfinn*ify*mmviiqqqqqqqqliyi
nli*qfhh*iqvqikl*lmv*iqihqcfl*lhlmvl*ivrgkihif*slefnf*ilnnql
fkfqpiihslildlnhv*lintiqiiq*lklin*lv---

---viqffvxlxllklmqpxrxqhllxxxvxwf*xkikfxvlvevqfqaqlllxvqvcl*
vxvxvnh*lxlqqvqlxxlxxqvqgqxqvqgqvq

Frame B:
kqn*nkninnkf*k*nlflfyyfnfnfnfk*fcfiirxns**cyinskfk****lss*wv
mw**ysinm**yk*cn*lf*yycskc**kfitnhlstiesfir*w*lfnnsnnnnn*fis
i*ynnftikskfk*syn*wfkfkfinvfcnsi*wycr**gakfiyfnhwnsifkf*tiny
ssfnqlfih*y*i*imyn*siqfk*fnd*n**in*s---

---lfnfl*xfxc*n*cnl*giniylxxx*xgfrxksnlxcwwkfsfkxnfcxwfkfvck
*xwxsiinxxfnkfnsxnxwxrfkvkxkfkdrf

Frame C:
skikiki*IINFKNEIYFFFITLILISILNNFVLSSGXTVSDVTLIVNLNNNNSYPVNGS
CGSSTQLTCNNINDAINYFNTIAVNVNRSSSQIIYQQLNLLLDDGNYSTTATTTTINLYQ
FNITISPLNPSSNKVIINGLNSNSSMFSVTPFNGIVDSKGQNSYILITGIQFLNFKQSII
QVSTNYSFTDIRFESCIIDQYNSNNSMIEINKLIS---

---YSIFCXTSTVKIDATXKXSTFTXAQXXMVLGQNQIXSVGGSSVSSXTSAXGSSLSVS
XSGXQSLTXXSTSSTPXTXGTGSRSXXSSRTGS

Homology vs CSM-cDNA

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

VFN866 (VFN866Q) /CSM/VF/VFN8-C/VFN866Q.Seq.d/ 961 0.0
VHJ554 (VHJ554Q) /CSM/VH/VHJ5-C/VHJ554Q.Seq.d/ 432 e-120
FC-AJ06 (FC-AJ06Q) /CSM/FC/FC-AJ/FC-AJ06Q.Seq.d/ 50 6e-05
CFC167 (CFC167Q) /CSM/CF/CFC1-C/CFC167Q.Seq.d/ 50 6e-05
SSB737 (SSB737Q) /CSM/SS/SSB7-B/SSB737Q.Seq.d/ 48 2e-04
SSB651 (SSB651Q) /CSM/SS/SSB6-C/SSB651Q.Seq.d/ 44 0.004
FC-AR24 (FC-AR24Q) /CSM/FC/FC-AR/FC-AR24Q.Seq.d/ 44 0.004
VHN357 (VHN357Q) /CSM/VH/VHN3-C/VHN357Q.Seq.d/ 42 0.015
VFF614 (VFF614Q) /CSM/VF/VFF6-A/VFF614Q.Seq.d/ 42 0.015
CHQ524 (CHQ524Q) /CSM/CH/CHQ5-A/CHQ524Q.Seq.d/ 42 0.015

own update 2004.12.24
Homology vs DNA

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value N

(BJ417711) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv28d18, 5' ... 597 0.0 2
(BJ423858) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv50k13, 5' ... 430 0.0 2
(BJ435821) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv28d18, 3' ... 402 e-108 1
(BJ442673) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv50k13, 3' ... 285 2e-72 1
(AC116984) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470... 38 3e-06 10
(AC116960) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map complem... 38 3e-04 9
(AC117075) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047... 42 0.003 10
(AM447509) Vitis vinifera contig VV78X189462.14, whole genom... 44 0.007 2
(CT547661) A BAC library has been constructed from cultivar ... 44 0.009 2
(AC116921) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4624505... 34 0.013 5
dna update 2009. 5.14
Homology vs Protein

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

AC116986_14(AC116986|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 89 3e-16
AC116982_12(AC116982|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 70 1e-10
AL844508_66(AL844508|pid:none) Plasmodium falciparum 3D7 chromos... 39 0.33
AF091239_1(AF091239|pid:none) Plasmodium falciparum c-13 antigen... 38 0.56
AL844509_417(AL844509|pid:none) Plasmodium falciparum 3D7 chromo... 37 0.95
BX936398_2025(BX936398|pid:none) Yersinia pseudotuberculosis IP3... 36 1.6
AC117267_3(AC117267|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom... 35 2.8
AE001362_61(AE001362|pid:none) Plasmodium falciparum 3D7 chromos... 35 2.8
AD0249(AD0249) probable hemolysin activator protein YPO2044 [imp... 35 3.6
AE009952_2232(AE009952|pid:none) Yersinia pestis KIM, complete g... 35 3.6
protein update 2009. 6.25
PSORT

psg: 1.00 gvh: 0.60 alm: 0.23 top: 0.40 tms: 0.07 mit: 0.24 mip: 0.14
nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.00 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00
act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 1.00 tyr: 0.50 leu: 0.00 gpi: 0.00 myr: 0.00
dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 1.00 mNt: 0.00
m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 0.00

28.0 %: endoplasmic reticulum
20.0 %: cytoplasmic
16.0 %: Golgi
12.0 %: mitochondrial
12.0 %: nuclear
4.0 %: plasma membrane
4.0 %: vesicles of secretory system
4.0 %: extracellular, including cell wall

>> prediction for VFN866 is end

5' end seq. ID VFN866F
5' end seq.
>VFN866F.Seq
AAAGCAAAATTAAAATAAAAATATAAATAATAAATTTTAAAAATGAAATTTATTTCTTTT
TTATTACTTTAATTTTAATTTCAATTTTAAATAATTTTGTTTTATCATCAGGTNCAACAG
TTAGTGATGTTACATTAATAGTAAATTTAAATAATAATAATAGTTATCCAGTTAATGGGT
CATGTGGTAGTAGTACTCAATTAACATGTAATAATATAAATGATGCAATTAATTATTTTA
ATACTATTGCAGTAAATGTTAATAGAAGTTCATCACAAATCATTTATCAACAATTGAATC
TTTTATTAGATGATGGTAATTATTCAACAACAGCAACAACAACAACAATTAATTTATATC
AATTTAATATAACAATTTCACCATTAAATCCAAGTTCAAATAAAGTTATAATTAATGGTT
TAAATTCAAATTCATCAATGTTTTCTGTAACTCCATTTAATGGTATTGTAGATAGTAAGG
GGCAAAATTCATATATTTTAATCACTGGAATTCAATTTTTAAATTTTAAACAATCAATTA
TTCAAGTTTCAACCAATTATTCATTCACTGATATTAGATTTGAATCATGTATAATTGATC
AATACAATTCAAATAATTCAATGATTGAAATTAATAAATTAATTAGTCANNNNNNNNNN
Length of 5' end seq. 659
3' end seq. ID VFN866Z
3' end seq.
>VFN866Z.Seq
NNNNNNNNNNGTTATTCAATTTTTTGTAANACTTCNACTGTTAAAATTGATGCAACCTNT
AAGGNATCAACATTTACTTGNGCNCAGNGTAANATGGTTTTAGGNCAAAATCAAATTTGN
AGTGTTGGTGGAAGTTCAGTTTCAAGCNCAACTTCTGCTTNTGGTTCAAGTTTGTCTGTA
AGTAGNAGTGGNNGTCAATCATTAACTGNCNCTTCAACAAGTTCAACTCCNCNAACTTNT
GGNACAGGTTCAAGGTCAAGNNCAAGTTCAAGGACAGGTTCAA
Length of 3' end seq. 283
Connected seq. ID VFN866P
Connected seq.
>VFN866P.Seq
AAAGCAAAATTAAAATAAAAATATAAATAATAAATTTTAAAAATGAAATTTATTTCTTTT
TTATTACTTTAATTTTAATTTCAATTTTAAATAATTTTGTTTTATCATCAGGTNCAACAG
TTAGTGATGTTACATTAATAGTAAATTTAAATAATAATAATAGTTATCCAGTTAATGGGT
CATGTGGTAGTAGTACTCAATTAACATGTAATAATATAAATGATGCAATTAATTATTTTA
ATACTATTGCAGTAAATGTTAATAGAAGTTCATCACAAATCATTTATCAACAATTGAATC
TTTTATTAGATGATGGTAATTATTCAACAACAGCAACAACAACAACAATTAATTTATATC
AATTTAATATAACAATTTCACCATTAAATCCAAGTTCAAATAAAGTTATAATTAATGGTT
TAAATTCAAATTCATCAATGTTTTCTGTAACTCCATTTAATGGTATTGTAGATAGTAAGG
GGCAAAATTCATATATTTTAATCACTGGAATTCAATTTTTAAATTTTAAACAATCAATTA
TTCAAGTTTCAACCAATTATTCATTCACTGATATTAGATTTGAATCATGTATAATTGATC
AATACAATTCAAATAATTCAATGATTGAAATTAATAAATTAATTAGTCA----------G
TTATTCAATTTTTTGTAANACTTCNACTGTTAAAATTGATGCAACCTNTAAGGNATCAAC
ATTTACTTGNGCNCAGNGTAANATGGTTTTAGGNCAAAATCAAATTTGNAGTGTTGGTGG
AAGTTCAGTTTCAAGCNCAACTTCTGCTTNTGGTTCAAGTTTGTCTGTAAGTAGNAGTGG
NNGTCAATCATTAACTGNCNCTTCAACAAGTTCAACTCCNCNAACTTNTGGNACAGGTTC
AAGGTCAAGNNCAAGTTCAAGGACAGGTTCAA
Length of connected seq. 922
Full length Seq ID -
Full length Seq. -
Length of full length seq. -