VFN327 [Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview]

VFN327
Library	VF (Link to library)
Clone ID	VFN327 (Link to dictyBase)
Atlas ID	-
NBRP ID	G00483
dictyBase ID	DDB0231415
Link to Contig	Contig-U10140-1
Original site URL	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/CSM/VF/VFN3-B/VFN327Q.Seq.d/
Representative seq. ID	VFN327E (Link to Original site)
Representative DNA sequence	>VFN327 (VFN327Q) /CSM/VF/VFN3-B/VFN327Q.Seq.d/ ATTTGTCATTAATTTTTAATAATTAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACC AATTAAAATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATA TTATTAAAATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAA TTATTCACATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGNGA TAATGTCATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATAC AAAAACTGAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGA ATTTTTGAGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTAT AAGTGGTGTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGTTAT TAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATG TTTATGTGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGA AAATGAAAAGAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGC TCATGTAATTGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATT ATTCCAAAATGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATC ATCCTACTATGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACA AGCTTACCAATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGA AGCAGAAGGTGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCG TGAAGTCAAAGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGC TATGATTTATCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATC TTTAATTTCCCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATT ATTAGATGGTTAAAATTATAAAAATAAAAGAAAAAAAGAAAATAATTATAATAATAAGNA
sequence update	2001.11.24
Translated Amino Acid sequence	fvinf*lniksdkllthqpikislfywiifhfkyiyynfflfLTINMENNNKN YSHYLHSGYAHPITRSWQGDNVILKSQLIYPIFVTDLINTKTEIKSLPGQYQISSDLVVE FLRPLVEKGLKSIILFGVIISGVKDEQASSADKRESSPVIKSIELIKNEFPEILICTDLC LCAYTDHGHCGVLTEEGFIENEKSIIRLGEIALSFAKAGAHVIAPSDMMDCRVGQIKKVL FQNGYGGRVAVMAYSSKFASSYYGPFRDAAGSGAKHGDRQAYQLPIASRGLGLRAALRDE AEGADFIMVKPAGPYMDIIREVKDHVKVPVCCYQVSGEYAMIYHASVAGGIDLKSGVMES LISLQRSGCDIFITYFTPQLLDGnyknkrkkennynnk
Translated Amino Acid sequence (All Frames)	Frame A: ichfliikykirtsypptnnitflldyfsliilnlillkflifilinnkygk**k lftlftwicpsnyimarxchfeisinlsnfcyrfnyknniltrtisnfkfss* ifetigerikinnfiwcnykwckrtsficrkriitsyininkisrnfnlyrfm fmciyrswtlwcinrgriykkeyyirrdsiiicksrcscnctkydglqsrtnkgi ipkwiwwsccsdgllqiciillwsircswkwsktwrtslpitncikrfrfkscprr srrcrfhygtswslhgyhssqrsrstsmllsgqwicydlscicrwwyrfkiwcygi fnfpptfwlyfhylfhstiirwlklkkkkrkl*x Frame B: fvinflniksdkllthqpikislfywiifhfkyiyynfflfLTINMENNNKN YSHYLHSGYAHPITRSWQGDNVILKSQLIYPIFVTDLINTKTEIKSLPGQYQISSDLVVE FLRPLVEKGLKSIILFGVIISGVKDEQASSADKRESSPVIKSIELIKNEFPEILICTDLC LCAYTDHGHCGVLTEEGFIENEKSIIRLGEIALSFAKAGAHVIAPSDMMDCRVGQIKKVL FQNGYGGRVAVMAYSSKFASSYYGPFRDAAGSGAKHGDRQAYQLPIASRGLGLRAALRDE AEGADFIMVKPAGPYMDIIREVKDHVKVPVCCYQVSGEYAMIYHASVAGGIDLKSGVMES LISLQRSGCDIFITYFTPQLLDGnyknkrkkennynnk Frame C: lslifnninqinflptnqlkyhffiglffinlnikfniikifnfyfnqiwkiiiki ihiiyivdmpiqlldhgkximsfnlnfiqfllqiliqklklnpyqdnikfqvi*ln fdhwlrkdnqfylvlvvkmnklhlpikenhhqllnqlnlkmnfqkffvqiyv yvhiqimdivvyqrkdllkmkrvllderhyhlqkqvlmlhqviwiaesdklkryy skmdmvvvlqwpiapnlhhptmvhlemqleveqnmaidkltnyqlhqevvelpletk qkvpislwlnqlvltwisfvkskitlkyqyavirsvvnmlfimhlslvvsinlvlwnl fpsnvlvvifsllislhny*mvkiikikekkkiiiiix
Homology vs CSM-cDNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value VFN327 (VFN327Q) /CSM/VF/VFN3-B/VFN327Q.Seq.d/ 1907 0.0 SFB240 (SFB240Q) /CSM/SF/SFB2-B/SFB240Q.Seq.d/ 1907 0.0 VFJ256 (VFJ256Q) /CSM/VF/VFJ2-C/VFJ256Q.Seq.d/ 1887 0.0 SSG549 (SSG549Q) /CSM/SS/SSG5-C/SSG549Q.Seq.d/ 1289 0.0 SFH613 (SFH613Q) /CSM/SF/SFH6-A/SFH613Q.Seq.d/ 482 e-135 VHP880 (VHP880Q) /CSM/VH/VHP8-D/VHP880Q.Seq.d/ 42 0.019 VHP350 (VHP350Q) /CSM/VH/VHP3-C/VHP350Q.Seq.d/ 42 0.019 VHP175 (VHP175Q) /CSM/VH/VHP1-D/VHP175Q.Seq.d/ 42 0.019 VHN442 (VHN442Q) /CSM/VH/VHN4-B/VHN442Q.Seq.d/ 42 0.019 VHM534 (VHM534Q) /CSM/VH/VHM5-B/VHM534Q.Seq.d/ 42 0.019
own update	2002.12.19
Homology vs DNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value N (BJ432755) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv19o14, 3' ... 1376 0.0 1 (BJ435495) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv27f07, 3' ... 1330 0.0 2 (BJ398975) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds3o10, 3' e... 1255 0.0 1 (BJ416788) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv27f07, 5' ... 757 0.0 2 (BJ387566) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds3o10, 5' e... 741 0.0 2 (BJ414579) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv19o14, 5' ... 543 e-180 4 (BJ388754) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds16i04, 5' ... 301 e-143 4 (AU073274) Dictyostelium discoideum slug cDNA, clone SSG549. 408 e-109 1 (DL168355) Methods for Identifying the Target of a Compound ... 44 4e-09 4 (DJ374090) Identification of Essential Genes in Prokaryotes. 44 4e-09 4
dna update	2009. 5. 2
Homology vs Protein	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value AK002300_1(AK002300\|pid:none) Mus musculus adult male kidney cDN... 345 2e-93 (P10518) RecName: Full=Delta-aminolevulinic acid dehydratase; ... 343 5e-93 (Q58DK5) RecName: Full=Delta-aminolevulinic acid dehydratase; ... 343 5e-93 BC000977_1(BC000977\|pid:none) Homo sapiens aminolevulinate, delt... 342 2e-92 S99471_1(S99471\|pid:none) ALAD (G2)=delta-aminolevulinate dehydr... 341 3e-92 BC080497_1(BC080497\|pid:none) Xenopus tropicalis delta-aminolevu... 341 3e-92 BC073664_1(BC073664\|pid:none) Xenopus laevis MGC83017 protein, m... 340 8e-92 BT049489_1(BT049489\|pid:none) Salmo salar clone ssal-eve-515-006... 338 2e-91 S99468_1(S99468\|pid:none) ALAD (G1)=delta-aminolevulinate dehydr... 338 2e-91 BT047258_1(BT047258\|pid:none) Salmo salar clone ssal-evf-579-324... 336 1e-90
protein update	2009. 7.11
PSORT	psg: 0.79 gvh: 0.47 alm: 0.36 top: 0.53 tms: 0.00 mit: 0.23 mip: 0.05 nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.00 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00 act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 0.00 tyr: 0.00 leu: 0.00 gpi: 0.00 myr: 0.00 dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 0.00 mNt: 0.00 m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 1.00 56.0 %: cytoplasmic 28.0 %: nuclear 12.0 %: mitochondrial 4.0 %: vesicles of secretory system >> prediction for VFN327 is cyt
5' end seq. ID	VFN327F
5' end seq.	>VFN327F.Seq ATTTGTCATTAATTTTTAATAATTAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACC AATTAAAATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATA TTATTAAAATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAA TTATTCACATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGNGA TAATGTCATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATAC AAAAACTGAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGA ATTTTTGAGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTAT AAGTGGTGTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGTTAT TAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATG TTTATGTGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAANNNNNNNNNN
Length of 5' end seq.	591
3' end seq. ID	VFN327Z
3' end seq.	>VFN327Z.Seq NNNNNNNNNNTAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTA CAGATTTATGTTTATGTGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAG GATTTATTGAAAATGAAAAGAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAA AAGCAGGTGCTCATGTAATTGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTA AAAAGGTATTATTCCAAAATGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCA AATTTGCATCATCCTACTATGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATG GCGATAGACAAGCTTACCAATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCC TTAGAGACGAAGCAGAAGGTGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGG ATATCATTCGTGAAGTCAAAGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTG GTGAATATGCTATGATTTATCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTG TTATGGAATCTTTAATTTCCCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCA CTCCACAATTATTAGATGGTTAAAATTATAAAAATAAAAGAAAAAAAGAAAATAATTATA ATAATAAGNA
Length of 3' end seq.	730
Connected seq. ID	VFN327P
Connected seq.	>VFN327P.Seq ATTTGTCATTAATTTTTAATAATTAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACC AATTAAAATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATA TTATTAAAATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAA TTATTCACATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGNGA TAATGTCATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATAC AAAAACTGAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGA ATTTTTGAGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTAT AAGTGGTGTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGTTAT TAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATG TTTATGTGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAA----------TAAATCAAT TGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATGTTTATGTGC ATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGAAAATGAAAA GAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGCTCATGTAAT TGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATTATTCCAAAA TGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATCATCCTACTA TGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACAAGCTTACCA ATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGAAGCAGAAGG TGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCGTGAAGTCAA AGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGCTATGATTTA TCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATCTTTAATTTC CCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATTATTAGATGG TTAAAATTATAAAAATAAAAGAAAAAAAGAAAATAATTATAATAATAAGNA
Length of connected seq.	1301
Full length Seq ID	VFN327E
Full length Seq.	>VFN327E.Seq ATTTGTCATTAATTTTTAATAATTAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACC AATTAAAATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATA TTATTAAAATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAA TTATTCACATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGNGA TAATGTCATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATAC AAAAACTGAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGA ATTTTTGAGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTAT AAGTGGTGTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGTTAT TAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATG TTTATGTGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGA AAATGAAAAGAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGC TCATGTAATTGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATT ATTCCAAAATGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATC ATCCTACTATGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACA AGCTTACCAATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGA AGCAGAAGGTGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCG TGAAGTCAAAGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGC TATGATTTATCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATC TTTAATTTCCCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATT ATTAGATGGTTAAAATTATAAAAATAAAAGAAAAAAAGAAAATAATTATAATAATAAGNA
Length of full length seq.	1200

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas