NBDC - アーカイブトップ - ヘルプ
データベースの説明 | データ項目の説明 | 利用許諾 | ヘルプ
Dicty_cDB
Contig List | Clone List | cDNA Library List
Atlas
Atlas | Atlas Image List
NBDC - LSDB Archive
Description of this DB | Description of data items | Download | License
Dicty_cDB
Contig List | Clone List | cDNA Library List
Atlas
Atlas | Atlas Image List
VFJ256
Library VF
(Link to library)
Clone ID VFJ256
Atlas ID -
NBRP ID -
dictyBase ID -
Link to Contig Contig-U10140-1
Original site URL
Representative seq. ID VFJ256E
(Link to Original site)
Representative DNA sequence 
>VFJ256 (VFJ256Q) /CSM/VF/VFJ2-C/VFJ256Q.Seq.d/
CATTAATTTTTAATAATAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACCAATTAAA
ATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATATTATTAA
AATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAATTATTCA
CATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGTGATAATGTC
ATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATACAAAAACT
GAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGAATTTTTG
AGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTATAAGTGGN
GTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGNTTATTAAATC
AATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATGTTTATG
TGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGAAAATGA
AAAGAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGCTCATGT
AATTGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATTATTCCA
AAATGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATCATCCTA
CTATGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACAAGCTTA
CCAATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGAAGCAGA
AGGTGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCGTGAAGT
CAAAGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGCTATGAT
TTATCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATCTTTAAT
TTCCCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATTATTAGA
TGGTTAAAATTATAAAAATAAAAAAAAAAAAGAAAA
sequence update 2001.11.24
Translated Amino Acid sequence 
inf***i*nqinflptnqlkyhffiglffinlnikfniikifnfyfn*q*iwkiiikiih
iiyivdmpiqlldhgkvimsf*nln*fiqfllqi*liqklklnpyqdnikfqvi**lnf*
dhwlrkd*nq*fylv*l*vx*KMNKLHLPIKENHHQXIKSIELIKNEFPEILICTDLCLC
AYTDHGHCGVLTEEGFIENEKSIIRLGEIALSFAKAGAHVIAPSDMMDCRVGQIKKVLFQ
NGYGGRVAVMAYSSKFASSYYGPFRDAAGSGAKHGDRQAYQLPIASRGLGLRAALRDEAE
GADFIMVKPAGPYMDIIREVKDHVKVPVCCYQVSGEYAMIYHASVAGGIDLKSGVMESLI
SLQRSGCDIFITYFTPQLLDG*nyknkkkke
Translated Amino Acid sequence (All Frames) 
Frame A:
h*fliiniksdkllthqpikislfywiifh*fky*i*yy*nf*flf*ltinmennnknys
hylhsgyahpitrswqgdnvilksqliypifvtdlintkteikslpgqyqissdlvvefl
rplvekglksiilfgviisgvkdeqassadkresspxy*in*in*k*isrnfnlyrfmfm
ciyrswtlwcinrgriy*k*keyy*irrdsiiicksrcscnctk*ydglqsrtn*kgiip
kwiwwsccsdgl*lqiciillwsi*rcswkwsktwr*tslpitncikrfrfkscp*rrsr
rcrfhyg*tswslhgyhs*sqrsr*stsmllsgqw*icydlscicrwwyrfkiwcygifn
fpptfwl*yfhylfhstiirwlkl*k*kkkrk


Frame B:
inf***i*nqinflptnqlkyhffiglffinlnikfniikifnfyfn*q*iwkiiikiih
iiyivdmpiqlldhgkvimsf*nln*fiqfllqi*liqklklnpyqdnikfqvi**lnf*
dhwlrkd*nq*fylv*l*vx*KMNKLHLPIKENHHQXIKSIELIKNEFPEILICTDLCLC
AYTDHGHCGVLTEEGFIENEKSIIRLGEIALSFAKAGAHVIAPSDMMDCRVGQIKKVLFQ
NGYGGRVAVMAYSSKFASSYYGPFRDAAGSGAKHGDRQAYQLPIASRGLGLRAALRDEAE
GADFIMVKPAGPYMDIIREVKDHVKVPVCCYQVSGEYAMIYHASVAGGIDLKSGVMESLI
SLQRSGCDIFITYFTPQLLDG*nyknkkkke


Frame C:
lifnnkykir*tsypptn*nitflldyfsli*ilnlillkflifilinnkygk***klft
lft*wicpsny*imar**chfeisinlsnfcyrfn*ykn*n*iltrtisnfk*fss*ife
tig*erikinnfiwcnykwxkr*tsficr*kriitxllnqln*lkmnfqkf*fvqiyvyv
hiqimdivvy*qrkdllkmkrvlld*er*hyhlqkqvlm*lhqvi*wiaesdklkryysk
mdmvvvlq*wpiapnlhhptmvhlemqleveqnmaidkltnyqlhqev*v*elpletkqk
vpislwlnqlvltwisfvkskitlkyqyavirsvvnml*fimhlslvvsi*nlvlwnl*f
psnvlvvifsllislhny*mvkiikikkkkk
Homology vs CSM-cDNA 

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

VFJ256 (VFJ256Q) /CSM/VF/VFJ2-C/VFJ256Q.Seq.d/                       1986   0.0
SFB240 (SFB240Q) /CSM/SF/SFB2-B/SFB240Q.Seq.d/                       1976   0.0
VFN327 (VFN327Q) /CSM/VF/VFN3-B/VFN327Q.Seq.d/                       1970   0.0
SSG549 (SSG549Q) /CSM/SS/SSG5-C/SSG549Q.Seq.d/                       1314   0.0
SFH613 (SFH613Q) /CSM/SF/SFH6-A/SFH613Q.Seq.d/                        547   e-154
VHP880 (VHP880Q) /CSM/VH/VHP8-D/VHP880Q.Seq.d/                         42   0.019
VHP350 (VHP350Q) /CSM/VH/VHP3-C/VHP350Q.Seq.d/                         42   0.019
VHP175 (VHP175Q) /CSM/VH/VHP1-D/VHP175Q.Seq.d/                         42   0.019
VHN442 (VHN442Q) /CSM/VH/VHN4-B/VHN442Q.Seq.d/                         42   0.019
VHM534 (VHM534Q) /CSM/VH/VHM5-B/VHM534Q.Seq.d/                         42   0.019
own update 2002.12.18
Homology vs DNA 

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

(BJ432755) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv19o14, 3' ...  1354   0.0    2
(BJ435495) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv27f07, 3' ...  1346   0.0    1
(BJ398975) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds3o10, 3' e...  1271   0.0    1
(BJ416788) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv27f07, 5' ...   543   0.0    4
(BJ387566) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds3o10, 5' e...   549   0.0    3
(BJ414579) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv19o14, 5' ...   609   0.0    2
(BJ388754) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dds16i04, 5' ...   295   e-134  5
(AU073274) Dictyostelium discoideum slug cDNA, clone SSG549.      414   e-111  1
(DL168355) Methods for Identifying the Target of a Compound ...    44   4e-09  4
(DJ374090) Identification of Essential Genes in Prokaryotes.       44   4e-09  4
dna update 2009. 1.20
Homology vs Protein 

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AK002300_1(AK002300|pid:none) Mus musculus adult male kidney cDN...   263   3e-88
(Q58DK5) RecName: Full=Delta-aminolevulinic acid dehydratase;   ...   263   7e-88
(P10518) RecName: Full=Delta-aminolevulinic acid dehydratase;   ...   261   7e-88
BC000977_1(BC000977|pid:none) Homo sapiens aminolevulinate, delt...   263   1e-87
S99471_1(S99471|pid:none) ALAD (G2)=delta-aminolevulinate dehydr...   263   2e-87
BC080497_1(BC080497|pid:none) Xenopus tropicalis delta-aminolevu...   265   2e-87
BC073664_1(BC073664|pid:none) Xenopus laevis MGC83017 protein, m...   266   8e-87
S99468_1(S99468|pid:none) ALAD (G1)=delta-aminolevulinate dehydr...   260   1e-86
BT049489_1(BT049489|pid:none) Salmo salar clone ssal-eve-515-006...   264   2e-86
BT047258_1(BT047258|pid:none) Salmo salar clone ssal-evf-579-324...   261   1e-85
protein update 2009. 7.11
PSORT 

 psg: 0.55  gvh: 0.54  alm: 0.42  top: 0.53  tms: 0.00  mit: 0.19  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 40.0 %: cytoplasmic
	 32.0 %: nuclear
	 16.0 %: mitochondrial
	  4.0 %: cytoskeletal
	  4.0 %: vacuolar
	  4.0 %: vesicles of secretory system

>> prediction for VFJ256 is cyt
5' end seq. ID VFJ256F
5' end seq. 
>VFJ256F.Seq
CATTAATTTTTAATAATAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACCAATTAAA
ATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATATTATTAA
AATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAATTATTCA
CATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGTGATAATGTC
ATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATACAAAAACT
GAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGAATTTTTG
AGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTATAAGTGGN
GTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGNNTATTAAATC
AATTGAATTAATTAAAAATGAATTTNCNNNNNNNNNN
Length of 5' end seq. 517
3' end seq. ID VFJ256Z
3' end seq. 
>VFJ256Z.Seq
NNNNNNNNNNAAAAGAGAATCATCACCAGTTATTAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGA
ATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATGTTTATGTGCATATACAGATCATGGACA
TTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGAAAATGAAAAGAGTATTATTAGATTAGG
AGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGCTCATGTAATTGCACCAAGTGATATGAT
GGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATTATTCCAAAATGGATATGGTGGTCGTGT
TGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATCATCCTACTATGGTCCATTTAGAGATGC
AGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACAAGCTTACCAATTACCAATTGCATCAAG
AGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGAAGCAGAAGGTGCCGATTTCATTATGGT
TAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCGTGAAGTCAAAGATCACGTTAAAGTACC
AGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGCTATGATTTATCATGCATCTGTCGCTGG
TGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATCTTTAATTTCCCTCCAACGTTCTGGTTG
TGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATTATTAGATGGTTAAAATTATAAAAATAA
AAAAAAAAAAGAAAA
Length of 3' end seq. 735
Connected seq. ID VFJ256P
Connected seq. 
>VFJ256P.Seq
CATTAATTTTTAATAATAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACCAATTAAA
ATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATATTATTAA
AATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAATTATTCA
CATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGTGATAATGTC
ATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATACAAAAACT
GAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGAATTTTTG
AGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTATAAGTGGN
GTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGNNTATTAAATC
AATTGAATTAATTAAAAATGAATTTNC----------AAAAGAGAATCATCACCAGTTAT
TAAATCAATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATG
TTTATGTGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGA
AAATGAAAAGAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGC
TCATGTAATTGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATT
ATTCCAAAATGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATC
ATCCTACTATGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACA
AGCTTACCAATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGA
AGCAGAAGGTGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCG
TGAAGTCAAAGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGC
TATGATTTATCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATC
TTTAATTTCCCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATT
ATTAGATGGTTAAAATTATAAAAATAAAAAAAAAAAAGAAAA
Length of connected seq. 1232
Full length Seq ID VFJ256E
Full length Seq. 
>VFJ256E.Seq
CATTAATTTTTAATAATAAATATAAAATCAGATAAACTTCTTACCCACCAACCAATTAAA
ATATCACTTTTTTATTGGATTATTTTTCATTAATTTAAATATTAAATTTAATATTATTAA
AATTTTTAATTTTTATTTTAATTAACAATAAATATGGAAAATAATAATAAAAATTATTCA
CATTATTTACATAGTGGATATGCCCATCCAATTACTAGATCATGGCAAGGTGATAATGTC
ATTTTGAAATCTCAATTAATTTATCCAATTTTTGTTACAGATTTAATTAATACAAAAACT
GAAATTAAATCCTTACCAGGACAATATCAAATTTCAAGTGATTTAGTAGTTGAATTTTTG
AGACCATTGGTTGAGAAAGGATTAAAATCAATAATTTTATTTGGTGTAATTATAAGTGGN
GTAAAAGATGAACAAGCTTCATCTGCCGATAAAAGAGAATCATCACCAGNTTATTAAATC
AATTGAATTAATTAAAAATGAATTTCCAGAAATTTTAATTTGTACAGATTTATGTTTATG
TGCATATACAGATCATGGACATTGTGGTGTATTAACAGAGGAAGGATTTATTGAAAATGA
AAAGAGTATTATTAGATTAGGAGAGATAGCATTATCATTTGCAAAAGCAGGTGCTCATGT
AATTGCACCAAGTGATATGATGGATTGCAGAGTCGGACAAATTAAAAAGGTATTATTCCA
AAATGGATATGGTGGTCGTGTTGCAGTGATGGCCTATAGCTCCAAATTTGCATCATCCTA
CTATGGTCCATTTAGAGATGCAGCTGGAAGTGGAGCAAAACATGGCGATAGACAAGCTTA
CCAATTACCAATTGCATCAAGAGGTTTAGGTTTAAGAGCTGCCCTTAGAGACGAAGCAGA
AGGTGCCGATTTCATTATGGTTAAACCAGCTGGTCCTTACATGGATATCATTCGTGAAGT
CAAAGATCACGTTAAAGTACCAGTATGCTGTTATCAGGTCAGTGGTGAATATGCTATGAT
TTATCATGCATCTGTCGCTGGTGGTATCGATTTAAAATCTGGTGTTATGGAATCTTTAAT
TTCCCTCCAACGTTCTGGTTGTGATATTTTCATTACTTATTTCACTCCACAATTATTAGA
TGGTTAAAATTATAAAAATAAAAAAAAAAAAGAAAA
Length of full length seq. 1176