NBDC - アーカイブトップ - ヘルプ
データベースの説明 | データ項目の説明 | 利用許諾 | ヘルプ
Dicty_cDB
Contig List | Clone List | cDNA Library List
Atlas
Atlas | Atlas Image List
NBDC - LSDB Archive
Description of this DB | Description of data items | Download | License
Dicty_cDB
Contig List | Clone List | cDNA Library List
Atlas
Atlas | Atlas Image List
AFM445
Library AF
(Link to library)
Clone ID AFM445
Atlas ID -
NBRP ID -
dictyBase ID -
Link to Contig -
Original site URL
Representative seq. ID AFM445P
(Link to Original site)
Representative DNA sequence 
>AFM445 (AFM445Q) /CSM/AF/AFM4-B/AFM445Q.Seq.d/
ATGGGTAATGAAATTTGTGAAAGGTATTCATACTATGCTTTAAGAGGTATTTTAACAAAT
TATTTAATCAGTTTCATGGGATATTCTGAAAAAAATGCTTCTTCAATTGGTCACGGTTTT
AATGCTGGTGCTTATATTTTTTCACTTGTTGGTGCTTATGTTGCTGATGGTGTTTTAGGA
AAATACAAAACAATTTTATATTTCAGTATTTTATATTGTTTTGGAGCTGCTATTTTTTCA
ATTACTGCAATTCCAGGAATTACTGGTGACAGTCCAGGTGAAAGATCACCATGGGGTTTA
ATTGTTGGTTTAACTTGTATTGCAATTGGTACAGGTGGTATTAAACCAGTTGTAAGTTCA
TTTTGTGGTGATCAATTTGGTCCACATCAAAAGAAATTACTTCAAAATCTTTTCCAAGTA
TTTTATTGGTGTGTAAATTTAGGATCATTCTTTTCATCAATTCTTTCACCAATTTTAAGA
ACTAATGTTGGTTATTGGTGTGCATTTGTAATTCCAGCTGGTATATTAATTATTTCAATT
TTAATTTATTTAGTTGGTAATAAACAATATGTTAAACGTAAACCAXXXXXXXXXXTCGTT
GGACTATTCAAGCCAATTCTATGGATAGACATTTAGGAAGTTGGGAAATTGATTCTGAAA
TTATCAATTGTATTAATCCATTATTGGTTATGATTTTCGTACCAATCCTTTGAATATGGT
ATTTATCGTCCATTGGAAAGAAAGAAGATTAATTTCACACTCCTTCGTAGAATGGGTACC
GGTATGTTTTTGTCTGTGATTGCATTTTACATTTCAGCTATTATTCAAGTTCATATTGAT
AACTCTCCACCAGAATCTGTACATATCGCTTTACAAATACCACAATATGTTGTCTTGACT
GCCGCTGAAGTTTTATTATCAATCACTGGTTTAGAATTTGCCTATGCAAATTCACCACGT
TCTATGAAATCATTGGTAATTGCAGGTTGGTTAATTTGTGTTTCCATTGGTAATATGTTT
GATGCTTTTGTAATTGAATTAATTGAATTACCAGAATATGTTTTATCATTATTATTTGGT
TCTGTAATGTTTGTATTCATCTTTATCTTTATCATTATTGCCTATAGATTCAAAGAAATT
GATCAATCAGTTTTGGATGAATTAAATGGTGATACTCCAATGACTGATGATAATGCTAAT
GCTAATTCCAAAGAATTAGATGTTGTAACTCAAAAAGATTTATCATCTTCTTCAAATCCA
ATTATTAATAATAATAACAATAATAATAACTCAACTTTGGGTAATAGTAT
sequence update 2009. 4. 3
Translated Amino Acid sequence 
MGNEICERYSYYALRGILTNYLISFMGYSEKNASSIGHGFNAGAYIFSLVGAYVADGVLG
KYKTILYFSILYCFGAAIFSITAIPGITGDSPGERSPWGLIVGLTCIAIGTGGIKPVVSS
FCGDQFGPHQKKLLQNLFQVFYWCVNLGSFFSSILSPILRTNVGYWCAFVIPAGILIISI
LIYLVGNKQYVKRKP---

---RWTIQANSMDRHLGSWEIDSEIINCINPLLVMIFVPIL*iwylssigkked*fhtps
*ngyryvfvcdcilhfsyysssy**lstrictyrftntticcldcr*sfiinhwfriclc
kfttfyeiigncrlvnlcfhw*yv*cfcn*in*itricfiiiiwfcnvcihlylyhycl*
iqrn*sisfg*ikw*ysnd***c*c*fqrirccnskrfiiffksny****q***lnfg**
y
Translated Amino Acid sequence (All Frames) 
Frame A:
MGNEICERYSYYALRGILTNYLISFMGYSEKNASSIGHGFNAGAYIFSLVGAYVADGVLG
KYKTILYFSILYCFGAAIFSITAIPGITGDSPGERSPWGLIVGLTCIAIGTGGIKPVVSS
FCGDQFGPHQKKLLQNLFQVFYWCVNLGSFFSSILSPILRTNVGYWCAFVIPAGILIISI
LIYLVGNKQYVKRKP---

---sldyssqfyg*tfrklgn*f*nyqly*siigydfrtnplnmvfivhwkerrlishsf
vewvpvcfcl*lhftfqllfkfilitlhqnlyislykyhnmls*lplkfyyqslv*nlpm
qihhvl*nhw*lqvg*fvfplviclmll*ln*lnyqnmfyhyylvl*clysslslsllpi
dskklinqfwmn*mvilq*lmimlmlipkn*ml*lkkiyhllqiqlliiitiiitqlwvi
v

Frame B:
wvmkfvkgihtml*evf*qii*svswdilkkmllqlvtvlmlvliffhllvlmllmvf*e
ntkqfyisvfyivlellffqllqfqellvtvqvkdhhgv*llv*lvlqlvqvvlnql*vh
fvvinlvhikrnyfkifskyfigv*i*dhsfhqffhqf*elmlvigvhl*fqlvy*lfqf
*fi*lvinnmlnvn---

---RWTIQANSMDRHLGSWEIDSEIINCINPLLVMIFVPIL*iwylssigkked*fhtps
*ngyryvfvcdcilhfsyysssy**lstrictyrftntticcldcr*sfiinhwfriclc
kfttfyeiigncrlvnlcfhw*yv*cfcn*in*itricfiiiiwfcnvcihlylyhycl*
iqrn*sisfg*ikw*ysnd***c*c*fqrirccnskrfiiffksny****q***lnfg**
y

Frame C:
g**nl*kvfilcfkryfnklfnqfhgif*kkcffnwsrf*cwclyfftcwclcc*wcfrk
iqnnfifqyfilfwscyffnycnsrnyw*qsr*kitmgfncwfnlycnwyrwy*tsckfi
lw*siwstskeitsksfpsillvckfriilfinsftnfkn*cwllvcicnsswyinyfnf
nlfsw**tic*t*t---

---vglfkpilwidi*evgklilklsivlihywl*fsyqsfeygiyrplerkkinftllr
rmgtgmflsviafyisaiiqvhidnsppesvhialqipqyvvltaaevllsitglefaya
nsprsmkslviagwlicvsignmfdafvielielpeyvlsllfgsvmfvfififiiiayr
fkeidqsvldelngdtpmtddnananskeldvvtqkdlssssnpiinnnnnnnnstlgns
Homology vs CSM-cDNA 

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AFM445 (AFM445Q) /CSM/AF/AFM4-B/AFM445Q.Seq.d/                       2407   0.0
CFG544 (CFG544Q) /CSM/CF/CFG5-B/CFG544Q.Seq.d/                       1328   0.0
CFC357 (CFC357Q) /CSM/CF/CFC3-C/CFC357Q.Seq.d/                       1312   0.0
AFO369 (AFO369Q) /CSM/AF/AFO3-C/AFO369Q.Seq.d/                       1312   0.0
AFN577 (AFN577Q) /CSM/AF/AFN5-D/AFN577Q.Seq.d/                       1312   0.0
VFD441 (VFD441Q) /CSM/VF/VFD4-B/VFD441Q.Seq.d/                       1304   0.0
SFD148 (SFD148Q) /CSM/SF/SFD1-B/SFD148Q.Seq.d/                       1298   0.0
CFI809 (CFI809Q) /CSM/CF/CFI8-A/CFI809Q.Seq.d/                       1291   0.0
SFK509 (SFK509Q) /CSM/SF/SFK5-A/SFK509Q.Seq.d/                       1281   0.0
AFF251 (AFF251Q) /CSM/AF/AFF2-C/AFF251Q.Seq.d/                       1245   0.0
own update 2009. 4. 3
Homology vs DNA 

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

(BJ346875) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dda25j12, 3' ...  1328   0.0    2
(BJ372826) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddc14g11, 3' ...  1209   0.0    2
(BJ342246) Dictyostelium discoideum cDNA clone:dda13g04, 3' ...  1207   0.0    2
(BJ375266) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddc18g03, 3' ...  1191   0.0    2
(BJ383666) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddc53f23, 3' ...  1118   0.0    1
(AC115680) Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4915084...  1106   0.0    3
(C93003) Dictyostelium discoideum slug cDNA, clone SSF437.       1106   0.0    3
(C91196) Dictyostelium discoideum slug cDNA, clone SSJ806.       1106   0.0    3
(C90242) Dictyostelium discoideum slug cDNA, clone SSI451.       1106   0.0    2
(BJ431275) Dictyostelium discoideum cDNA clone:ddv13f16, 3' ...  1106   0.0    3
dna update 2009. 4.11
Homology vs Protein 

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AC115680_27(AC115680|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   382   e-107
CP001032_1516(CP001032|pid:none) Opitutus terrae PB90-1, complet...   201   6e-50
BX294154_290(BX294154|pid:none) Rhodopirellula baltica SH 1 comp...   197   7e-49
CP000383_1575(CP000383|pid:none) Cytophaga hutchinsonii ATCC 334...   192   2e-47
CP001359_4119(CP001359|pid:none) Anaeromyxobacter dehalogenans 2...   188   3e-46
CP000251_4007(CP000251|pid:none) Anaeromyxobacter dehalogenans 2...   188   4e-46
CP000113_2541(CP000113|pid:none) Myxococcus xanthus DK 1622, com...   187   5e-46
CP001131_4097(CP001131|pid:none) Anaeromyxobacter sp. K, complet...   186   2e-45
AY921634_1(AY921634|pid:none) Gadus morhua peptide transporter (...   150   9e-35
CP000769_400(CP000769|pid:none) Anaeromyxobacter sp. Fw109-5, co...   149   3e-34
protein update 2009. 4. 5
PSORT 

 psg: 0.00  gvh: 0.00  alm: 0.00  top: 0.00  tms: 0.00  mit: 0.00  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 0.00 

	100.0 %: 

>> prediction for AFM445 is

5' end seq. ID AFM445F
5' end seq. 
>AFM445F.Seq
ATGGGTAATGAAATTTGTGAAAGGTATTCATACTATGCTTTAAGAGGTATTTTAACAAAT
TATTTAATCAGTTTCATGGGATATTCTGAAAAAAATGCTTCTTCAATTGGTCACGGTTTT
AATGCTGGTGCTTATATTTTTTCACTTGTTGGTGCTTATGTTGCTGATGGTGTTTTAGGA
AAATACAAAACAATTTTATATTTCAGTATTTTATATTGTTTTGGAGCTGCTATTTTTTCA
ATTACTGCAATTCCAGGAATTACTGGTGACAGTCCAGGTGAAAGATCACCATGGGGTTTA
ATTGTTGGTTTAACTTGTATTGCAATTGGTACAGGTGGTATTAAACCAGTTGTAAGTTCA
TTTTGTGGTGATCAATTTGGTCCACATCAAAAGAAATTACTTCAAAATCTTTTCCAAGTA
TTTTATTGGTGTGTAAATTTAGGATCATTCTTTTCATCAATTCTTTCACCAATTTTAAGA
ACTAATGTTGGTTATTGGTGTGCATTTGTAATTCCAGCTGGTATATTAATTATTTCAATT
TTAATTTATTTAGTTGGTAATAAACAATATGTTAAACGTAAACCAXXXXXXXXXX
Length of 5' end seq. 595
3' end seq. ID AFM445Z
3' end seq. 
>AFM445Z.Seq
XXXXXXXXXXTCGTTGGACTATTCAAGCCAATTCTATGGATAGACATTTAGGAAGTTGGG
AAATTGATTCTGAAATTATCAATTGTATTAATCCATTATTGGTTATGATTTTCGTACCAA
TCCTTTGAATATGGTATTTATCGTCCATTGGAAAGAAAGAAGATTAATTTCACACTCCTT
CGTAGAATGGGTACCGGTATGTTTTTGTCTGTGATTGCATTTTACATTTCAGCTATTATT
CAAGTTCATATTGATAACTCTCCACCAGAATCTGTACATATCGCTTTACAAATACCACAA
TATGTTGTCTTGACTGCCGCTGAAGTTTTATTATCAATCACTGGTTTAGAATTTGCCTAT
GCAAATTCACCACGTTCTATGAAATCATTGGTAATTGCAGGTTGGTTAATTTGTGTTTCC
ATTGGTAATATGTTTGATGCTTTTGTAATTGAATTAATTGAATTACCAGAATATGTTTTA
TCATTATTATTTGGTTCTGTAATGTTTGTATTCATCTTTATCTTTATCATTATTGCCTAT
AGATTCAAAGAAATTGATCAATCAGTTTTGGATGAATTAAATGGTGATACTCCAATGACT
GATGATAATGCTAATGCTAATTCCAAAGAATTAGATGTTGTAACTCAAAAAGATTTATCA
TCTTCTTCAAATCCAATTATTAATAATAATAACAATAATAATAACTCAACTTTGGGTAAT
AGTAT
Length of 3' end seq. 725
Connected seq. ID AFM445P
Connected seq. 
>AFM445P.Seq
ATGGGTAATGAAATTTGTGAAAGGTATTCATACTATGCTTTAAGAGGTATTTTAACAAAT
TATTTAATCAGTTTCATGGGATATTCTGAAAAAAATGCTTCTTCAATTGGTCACGGTTTT
AATGCTGGTGCTTATATTTTTTCACTTGTTGGTGCTTATGTTGCTGATGGTGTTTTAGGA
AAATACAAAACAATTTTATATTTCAGTATTTTATATTGTTTTGGAGCTGCTATTTTTTCA
ATTACTGCAATTCCAGGAATTACTGGTGACAGTCCAGGTGAAAGATCACCATGGGGTTTA
ATTGTTGGTTTAACTTGTATTGCAATTGGTACAGGTGGTATTAAACCAGTTGTAAGTTCA
TTTTGTGGTGATCAATTTGGTCCACATCAAAAGAAATTACTTCAAAATCTTTTCCAAGTA
TTTTATTGGTGTGTAAATTTAGGATCATTCTTTTCATCAATTCTTTCACCAATTTTAAGA
ACTAATGTTGGTTATTGGTGTGCATTTGTAATTCCAGCTGGTATATTAATTATTTCAATT
TTAATTTATTTAGTTGGTAATAAACAATATGTTAAACGTAAACCA----------TCGTT
GGACTATTCAAGCCAATTCTATGGATAGACATTTAGGAAGTTGGGAAATTGATTCTGAAA
TTATCAATTGTATTAATCCATTATTGGTTATGATTTTCGTACCAATCCTTTGAATATGGT
ATTTATCGTCCATTGGAAAGAAAGAAGATTAATTTCACACTCCTTCGTAGAATGGGTACC
GGTATGTTTTTGTCTGTGATTGCATTTTACATTTCAGCTATTATTCAAGTTCATATTGAT
AACTCTCCACCAGAATCTGTACATATCGCTTTACAAATACCACAATATGTTGTCTTGACT
GCCGCTGAAGTTTTATTATCAATCACTGGTTTAGAATTTGCCTATGCAAATTCACCACGT
TCTATGAAATCATTGGTAATTGCAGGTTGGTTAATTTGTGTTTCCATTGGTAATATGTTT
GATGCTTTTGTAATTGAATTAATTGAATTACCAGAATATGTTTTATCATTATTATTTGGT
TCTGTAATGTTTGTATTCATCTTTATCTTTATCATTATTGCCTATAGATTCAAAGAAATT
GATCAATCAGTTTTGGATGAATTAAATGGTGATACTCCAATGACTGATGATAATGCTAAT
GCTAATTCCAAAGAATTAGATGTTGTAACTCAAAAAGATTTATCATCTTCTTCAAATCCA
ATTATTAATAATAATAACAATAATAATAACTCAACTTTGGGTAATAGTAT
Length of connected seq. 1300
Full length Seq ID -
Full length Seq. -
Length of full length seq. -