VFB593
Library VF
(Link to library)
Clone ID VFB593
Atlas ID -
NBRP ID -
dictyBase ID -
Link to Contig Contig-U02438-1
Original site URL
Representative seq. ID VFB593E
(Link to Original site)
Representative DNA sequence
>VFB593 (VFB593Q) /CSM/VF/VFB5-D/VFB593Q.Seq.d/
CACTGTTGGCCTACTGGTAACAACAATTTAAAATAATTAAAAGAATGTCAAGTACAACAA
ACTCAGTTAAAGGAAAAGAAGTTTTAAAGAAATTAGGAGAATTAATACCATTAAATTTAG
CAGAGAAATGGGATAATGTCGGATTATTAGTTGAACCAAGTAATACAGATTCAATGGATA
TCGAAAGAATATTTCTTACTAATGATTTAACAGAACCAGTTTTACAAGAGGCTATCAATG
AGAAAGCAAGTTTCATAATATCATATCATCCACCATTATTCAACCAATTTAAAACTGTTA
ACCAAAAATCAATTTCACAAAGAATTGCAATTAAATCAATTGAGAATAGAATACCAATTT
ATTCACCACATTCCGCCTTAGATTCTTGTGATGGTGGTTTAAACGATTGGGATTTCAAAT
GCTTTAATTAAATTAAACTCTGGTAAAGGTAGATCAAAACCAATTACACCTTATCAAGAA
TCATTGAAATCCACTCAAAAGATTTCAATCTATTTACATACCAATCAACCACTCACAGCT
GAAATCTTAAAACAATTAGAATTAAATTCAAATTTTCAATTCTATTCAACTGATAAAATT
GAATTATCTTGTGATCAACAACAATTATTAATTTTAATTAATTTAATTAAATCATTTTCA
AATGAAATTAAAAATTGGGATATTATAAATCAAGAAAAAGTATTATCATTAAATAATGGT
TCAGGTAAATTAGTTACATTAGATGATGATGGAATTGATATTGATGTAATTGTAAAAGGA
GTTAAAGAATTATTCAATATTGAATATGTTAGAATTGGTAGACCATTAAGTGGTGAATCT
AAAAAGATTAAAACTATCTCTTTATGTGCAGGTAGTGGTGGTTCTGTAGTTTTCAATGCA
AAAGCTGATCTCTATTTAACTGGTGAATTAACTCATCATGCAATTTTAGATGCTTGTGCT
AAAGGAAGTTATGTCATTGTTTGTGATCATTCAAATTCTGAAAGAGATTACCTTCCACAA
ATTTTAAAACCAAATTTAGAAAAATTATTTAATGGTCGTATTAAAGTCATAGTTTCAAAA
TTAGATACTGATCCATTAAAAGTCATTTAAATAAAATAAAACAGAATAAAAAACAAAATA
AAATAGAATAATTTTTTAGGGTTAACCCCCATGTTTT
sequence update 2001. 6. 9
Translated Amino Acid sequence
hcwptgnnnlk*lkecqvqqtqlkekkf*rn*en*yh*i*qrngimsdy*lnqviqiqwi
skeyfllmi*qnqfykrlsmrkqvs*yhiihhystnlklltknqfhkelqlnqlrieyqf
ihhipp*ilvmvv*TIGISNALIKLNSGKGRSKPITPYQESLKSTQKISIYLHTNQPLTA
EILKQLELNSNFQFYSTDKIELSCDQQQLLILINLIKSFSNEIKNWDIINQEKVLSLNNG
SGKLVTLDDDGIDIDVIVKGVKELFNIEYVRIGRPLSGESKKIKTISLCAGSGGSVVFNA
KADLYLTGELTHHAILDACAKGSYVIVCDHSNSERDYLPQILKPNLEKLFNGRIKVIVSK
LDTDPLKVI*ik*nriknkik*nnflgltpmf


Translated Amino Acid sequence (All Frames)
Frame A:
hcwptgnnnlk*lkecqvqqtqlkekkf*rn*en*yh*i*qrngimsdy*lnqviqiqwi
skeyfllmi*qnqfykrlsmrkqvs*yhiihhystnlklltknqfhkelqlnqlrieyqf
ihhipp*ilvmvv*TIGISNALIKLNSGKGRSKPITPYQESLKSTQKISIYLHTNQPLTA
EILKQLELNSNFQFYSTDKIELSCDQQQLLILINLIKSFSNEIKNWDIINQEKVLSLNNG
SGKLVTLDDDGIDIDVIVKGVKELFNIEYVRIGRPLSGESKKIKTISLCAGSGGSVVFNA
KADLYLTGELTHHAILDACAKGSYVIVCDHSNSERDYLPQILKPNLEKLFNGRIKVIVSK
LDTDPLKVI*ik*nriknkik*nnflgltpmf


Frame B:
tvgllvtti*nn*knvkynkls*rkrsfkeirrintikfsremg*criis*tk*yrfngy
rknisy**fnrtsftrgyq*eskfhniisstiiqpi*nc*pkinftkncn*in*e*ntnl
fttfrlrfl*wwfkrlgfqml*ln*tlvkvdqnqlhliknh*nplkrfqsiyipinhsql
ks*nn*n*iqifnsiqliklnylvinnny*f*li*lnhfqmklkigil*ikkkyyh*imv
qvn*lh*mmmelilm*l*kelknysilnmlelvdh*vvnlkrlklslyvqvvvvl*fsmq
klisi*lvn*limqf*mlvlkevmslfviiqilkeitfhkf*nqi*knylmvvlks*fqn
*ilih*ksfk*nkte*ktk*nriif*g*ppcf


Frame C:
llayw*qqfkiikrmssttnsvkgkevlkklgeliplnlaekwdnvgllvepsntdsmdi
erifltndltepvlqeainekasfiisyhpplfnqfktvnqksisqriaiksienripiy
sphsaldscdgglndwdfkcfn*iklw*r*iktnytlsriieihskdfnlftyqstths*
nlktirikfkfsilfn**n*iil*sttiinfn*fn*iifk*n*klgyyksrksiiik*wf
r*isyir**wn*y*cnckrs*riiqy*ic*nw*tikw*i*kd*nylfmcr*wwfcsfqck
s*slfnw*insscnfrclc*rklchcl*sfkf*krlpstnfktkfrkii*wsy*shsfki
ry*sikshlnkikqnkkqnkie*ffrvnphv


Homology vs CSM-cDNA

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

VFB593 (VFB593Q) /CSM/VF/VFB5-D/VFB593Q.Seq.d/ 1233 0.0
VFB535 (VFB535Q) /CSM/VF/VFB5-B/VFB535Q.Seq.d/ 1168 0.0
AFB521 (AFB521Q) /CSM/AF/AFB5-A/AFB521Q.Seq.d/ 1065 0.0
CHK739 (CHK739Q) /CSM/CH/CHK7-B/CHK739Q.Seq.d/ 54 5e-06
AFH705 (AFH705Q) /CSM/AF/AFH7-A/AFH705Q.Seq.d/ 48 3e-04
SHB719 (SHB719Q) /CSM/SH/SHB7-A/SHB719Q.Seq.d/ 46 0.001
VHJ841 (VHJ841Q) /CSM/VH/VHJ8-B/VHJ841Q.Seq.d/ 44 0.005
VHH209 (VHH209Q) /CSM/VH/VHH2-A/VHH209Q.Seq.d/ 44 0.005
SHJ849 (SHJ849Q) /CSM/SH/SHJ8-C/SHJ849Q.Seq.d/ 44 0.005
SHJ781 (SHJ781Q) /CSM/SH/SHJ7-D/SHJ781Q.Seq.d/ 44 0.005

own update 2009. 4. 4
Homology vs DNA

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value N

AC123224|AC123224.3 Rattus norvegicus clone CH230-186M22, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 6 unordered pieces. 40 0.009 6
AC116986|AC116986.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2234041-2567370 strain AX4, complete sequence. 34 0.010 14
AC135161|AC135161.9 Medicago truncatula clone mth2-30k24, complete sequence. 36 0.024 6
BZ023337|BZ023337.1 oeh63d07.b1 B.oleracea002 Brassica oleracea genomic, DNA sequence. 46 0.031 2
AC115577|AC115577.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4657875-4914984 strain AX4, complete sequence. 34 0.051 14
AC116960|AC116960.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map complement(1004496-821614) strain AX4, complete sequence. 38 0.054 11
BU799621| (AK011670) putative [Mus musculus], mRNA sequence. 50 0.065 1
BU793463| 40797 [Homo sapiens], mRNA sequence. 50 0.065 1
BU795879| 40859 [Homo sapiens], mRNA sequence. 50 0.065 1
AC122393|AC122393.3 Mus musculus chromosome 15 clone RP24-83E21, complete sequence. 38 0.068 9
dna update 2003. 9. 5
Homology vs Protein

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

(Q05B89) RecName: Full=NIF3-like protein 1; &BC122596_1(BC12259... 114 2e-46
BC098537_1(BC098537|pid:none) Danio rerio zgc:110030, mRNA (cDNA... 120 9e-26
AY223003_1(AY223003|pid:none) Schistosoma japonicum clone ZZD108... 120 1e-25
(Q4V7D6) RecName: Full=NIF3-like protein 1; &BC097992_1(BC09799... 113 1e-23
BC097437_1(BC097437|pid:none) Rattus norvegicus NIF3 NGG1 intera... 113 1e-23
AK340414_1(AK340414|pid:none) Acyrthosiphon pisum ACYPI005250 mR... 113 1e-23
AK011670_1(AK011670|pid:none) Mus musculus 10 days embryo whole ... 111 4e-23
AK076788_1(AK076788|pid:none) Mus musculus adult male testis cDN... 111 4e-23
AY069556_1(AY069556|pid:none) Drosophila melanogaster LD28566 fu... 111 6e-23
AY251944_1(AY251944|pid:none) Homo sapiens NIF3L1 isoform gamma ... 110 1e-22
protein update 2009. 7.10
PSORT

psg: 0.55 gvh: 0.39 alm: 0.44 top: 0.53 tms: 0.00 mit: 0.30 mip: 0.04
nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.20 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00
act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 0.00 tyr: 0.00 leu: 0.00 gpi: 0.00 myr: 0.00
dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 0.00 mNt: 0.00
m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 1.00

52.0 %: cytoplasmic
20.0 %: mitochondrial
20.0 %: nuclear
4.0 %: cytoskeletal
4.0 %: peroxisomal

>> prediction for VFB593 is cyt

5' end seq. ID VFB593F
5' end seq.
>VFB593F.Seq
CACTGTTGGCCTACTGGTAACAACAATTTAAAATAATTAAAAGAATGTCAAGTACAACAA
ACTCAGTTAAAGGAAAAGAAGTTTTAAAGAAATTAGGAGAATTAATACCATTAAATTTAG
CAGAGAAATGGGATAATGTCGGATTATTAGTTGAACCAAGTAATACAGATTCAATGGATA
TCGAAAGAATATTTCTTACTAATGATTTAACAGAACCAGTTTTACAAGAGGCTATCAATG
AGAAAGCAAGTTTCATAATATCATATCATCCACCATTATTCAACCAATTTAAAACTGTTA
ACCAAAAATCAATTTCACAAAGAATTGCAATTAAATCAATTGAGAATAGAATACCAATTT
ATTCACCACATTCCGCCTTAGATTCTTGTGATGGTGGTTTAAACGATTGGATTTCAAATG
CTTTAATTAAATTAAACTC----------
Length of 5' end seq. 439
3' end seq. ID VFB593Z
3' end seq.
>VFB593Z.Seq
----------TCTTGTGATGGTGGTTTAAACGATTGGGATTTCAAATGCTTTAATTAAAT
TAAACTCTGGTAAAGGTAGATCAAAACCAATTACACCTTATCAAGAATCATTGAAATCCA
CTCAAAAGATTTCAATCTATTTACATACCAATCAACCACTCACAGCTGAAATCTTAAAAC
AATTAGAATTAAATTCAAATTTTCAATTCTATTCAACTGATAAAATTGAATTATCTTGTG
ATCAACAACAATTATTAATTTTAATTAATTTAATTAAATCATTTTCAAATGAAATTAAAA
ATTGGGATATTATAAATCAAGAAAAAGTATTATCATTAAATAATGGTTCAGGTAAATTAG
TTACATTAGATGATGATGGAATTGATATTGATGTAATTGTAAAAGGAGTTAAAGAATTAT
TCAATATTGAATATGTTAGAATTGGTAGACCATTAAGTGGTGAATCTAAAAAGATTAAAA
CTATCTCTTTATGTGCAGGTAGTGGTGGTTCTGTAGTTTTCAATGCAAAAGCTGATCTCT
ATTTAACTGGTGAATTAACTCATCATGCAATTTTAGATGCTTGTGCTAAAGGAAGTTATG
TCATTGTTTGTGATCATTCAAATTCTGAAAGAGATTACCTTCCACAAATTTTAAAACCAA
ATTTAGAAAAATTATTTAATGGTCGTATTAAAGTCATAGTTTCAAAATTAGATACTGATC
CATTAAAAGTCATTTAAATAAAATAAAACAGAATAAAAAACAAAATAAAATAGAATAATT
TTTTAGGGTTAACCCCCATGTTTT
Length of 3' end seq. 794
Connected seq. ID VFB593P
Connected seq.
>VFB593P.Seq
CACTGTTGGCCTACTGGTAACAACAATTTAAAATAATTAAAAGAATGTCAAGTACAACAA
ACTCAGTTAAAGGAAAAGAAGTTTTAAAGAAATTAGGAGAATTAATACCATTAAATTTAG
CAGAGAAATGGGATAATGTCGGATTATTAGTTGAACCAAGTAATACAGATTCAATGGATA
TCGAAAGAATATTTCTTACTAATGATTTAACAGAACCAGTTTTACAAGAGGCTATCAATG
AGAAAGCAAGTTTCATAATATCATATCATCCACCATTATTCAACCAATTTAAAACTGTTA
ACCAAAAATCAATTTCACAAAGAATTGCAATTAAATCAATTGAGAATAGAATACCAATTT
ATTCACCACATTCCGCCTTAGATTCTTGTGATGGTGGTTTAAACGATTGGATTTCAAATG
CTTTAATTAAATTAAACTC----------TCTTGTGATGGTGGTTTAAACGATTGGGATT
TCAAATGCTTTAATTAAATTAAACTCTGGTAAAGGTAGATCAAAACCAATTACACCTTAT
CAAGAATCATTGAAATCCACTCAAAAGATTTCAATCTATTTACATACCAATCAACCACTC
ACAGCTGAAATCTTAAAACAATTAGAATTAAATTCAAATTTTCAATTCTATTCAACTGAT
AAAATTGAATTATCTTGTGATCAACAACAATTATTAATTTTAATTAATTTAATTAAATCA
TTTTCAAATGAAATTAAAAATTGGGATATTATAAATCAAGAAAAAGTATTATCATTAAAT
AATGGTTCAGGTAAATTAGTTACATTAGATGATGATGGAATTGATATTGATGTAATTGTA
AAAGGAGTTAAAGAATTATTCAATATTGAATATGTTAGAATTGGTAGACCATTAAGTGGT
GAATCTAAAAAGATTAAAACTATCTCTTTATGTGCAGGTAGTGGTGGTTCTGTAGTTTTC
AATGCAAAAGCTGATCTCTATTTAACTGGTGAATTAACTCATCATGCAATTTTAGATGCT
TGTGCTAAAGGAAGTTATGTCATTGTTTGTGATCATTCAAATTCTGAAAGAGATTACCTT
CCACAAATTTTAAAACCAAATTTAGAAAAATTATTTAATGGTCGTATTAAAGTCATAGTT
TCAAAATTAGATACTGATCCATTAAAAGTCATTTAAATAAAATAAAACAGAATAAAAAAC
AAAATAAAATAGAATAATTTTTTAGGGTTAACCCCCATGTTTT
Length of connected seq. 1233
Full length Seq ID VFB593E
Full length Seq.
>VFB593E.Seq
CACTGTTGGCCTACTGGTAACAACAATTTAAAATAATTAAAAGAATGTCAAGTACAACAA
ACTCAGTTAAAGGAAAAGAAGTTTTAAAGAAATTAGGAGAATTAATACCATTAAATTTAG
CAGAGAAATGGGATAATGTCGGATTATTAGTTGAACCAAGTAATACAGATTCAATGGATA
TCGAAAGAATATTTCTTACTAATGATTTAACAGAACCAGTTTTACAAGAGGCTATCAATG
AGAAAGCAAGTTTCATAATATCATATCATCCACCATTATTCAACCAATTTAAAACTGTTA
ACCAAAAATCAATTTCACAAAGAATTGCAATTAAATCAATTGAGAATAGAATACCAATTT
ATTCACCACATTCCGCCTTAGATTCTTGTGATGGTGGTTTAAACGATTGGGATTTCAAAT
GCTTTAATTAAATTAAACTCTGGTAAAGGTAGATCAAAACCAATTACACCTTATCAAGAA
TCATTGAAATCCACTCAAAAGATTTCAATCTATTTACATACCAATCAACCACTCACAGCT
GAAATCTTAAAACAATTAGAATTAAATTCAAATTTTCAATTCTATTCAACTGATAAAATT
GAATTATCTTGTGATCAACAACAATTATTAATTTTAATTAATTTAATTAAATCATTTTCA
AATGAAATTAAAAATTGGGATATTATAAATCAAGAAAAAGTATTATCATTAAATAATGGT
TCAGGTAAATTAGTTACATTAGATGATGATGGAATTGATATTGATGTAATTGTAAAAGGA
GTTAAAGAATTATTCAATATTGAATATGTTAGAATTGGTAGACCATTAAGTGGTGAATCT
AAAAAGATTAAAACTATCTCTTTATGTGCAGGTAGTGGTGGTTCTGTAGTTTTCAATGCA
AAAGCTGATCTCTATTTAACTGGTGAATTAACTCATCATGCAATTTTAGATGCTTGTGCT
AAAGGAAGTTATGTCATTGTTTGTGATCATTCAAATTCTGAAAGAGATTACCTTCCACAA
ATTTTAAAACCAAATTTAGAAAAATTATTTAATGGTCGTATTAAAGTCATAGTTTCAAAA
TTAGATACTGATCCATTAAAAGTCATTTAAATAAAATAAAACAGAATAAAAAACAAAATA
AAATAGAATAATTTTTTAGGGTTAACCCCCATGTTTT
Length of full length seq. 1177