>SSH359 (SSH359Q) /CSM/SS/SSH3-C/SSH359Q.Seq.d/
ATTCAATAAATAATCATGATATTGAAATTAAAAATCCAGAAAATAATAAAAATTATAATA
ATATTAAAAAACAAAAAAAAACAGTTAATAATAGACCAGAAAAAATAAAGTTATCAGGTG
GTATAACATCAACATTATCAGATATACAATCAAATATTATTAATCAATTAAATAAAAAAA
ATGAATTAAAAATAAAAAATGAAAATAAAAAAAAAAATAATAAAAATAATAAAAATAAAA
AAAATAAAAGTAATAAAAAATTAGAAACTTTAGATAATAATAAAAATAATAATGAAAATA
ATAATAAAAATAATATTAATAAAAATAATAAAAAAGTTAAAAATAATTTAATTAATTTTA
AAAAAGATGAAATATCAATATTTGGATTTAAATGTGAAAATGGTGGTATTGGATTTCATG
ATGGTTGTATTTXXXXXXXXXXCCCAATTAACCCAATCTATAAATTAGAACAATTCTTTT
CTCAAAAATCAAATATCCAAAAGAATTTTATAAATGAAGATAATATTTTAAAAGAATCTG
AAAGATATAATAAATCATGGGTTGAATGTGGTAAGAGACAAATGGTATCTATTAATTTTG
GTAGTGTTGGATTAGAGGATGCTGATGCTGATGGTGATAATTATCATTTATGTGGTTTAG
ATAATGGTGGTGTTGAAAAAACAATTAATAGAAAAAATTATAAAGAAGGTTCACAATGGC
ATTTTATTACATTTAAATTTGCACATTATTTAATTTCTGATTTCAGATCAATTTCAAGAT
TATTCTCAATGAAATTCTCTTTTATTCCAGATGAATCTTTTTTCCAAATTGCAAAGTCTG
AATCAAAAGATTTATTAATTGATCAAGATTGGGATATTGATAATTATAGATTCATTCCAT
GGTATAATAGTGATAAAGCTTTAATTGTTGGAATGGACGAAATAAAGAGTAATTTCAATA
ATAATTCAAGATATTTCTTCACACGTAAAGTTTATACATCAGATATTAAAAATGAAATAA
TTGAAAAATATTTAAAAGATTAAAATTAAAATTAAAATTAAAATAAAATAAATAAATTAA
AAAAATA

SINNHDIEIKNPENNKNYNNIKKQKKTVNNRPEKIKLSGGITSTLSDIQSNIINQLNKKN
ELKIKNENKKKNNKNNKNKKNKSNKKLETLDNNKNNNENNNKNNINKNNKKVKNNLINFK
KDEISIFGFKCENGGIGFHDGCI---

---PINPIYKLEQFFSQKSNIQKNFINEDNILKESERYNKSWVECGKRQMVSINFGSVGL
EDADADGDNYHLCGLDNGGVEKTINRKNYKEGSQWHFITFKFAHYLISDFRSISRLFSMK
FSFIPDESFFQIAKSESKDLLIDQDWDIDNYRFIPWYNSDKALIVGMDEIKSNFNNNSRY
FFTRKVYTSDIKNEIIEKYLKD*n*n*n*nkinklkk

Frame A:
iq*iimilklkiqkiikiiiilknkkkqliidqkk*syqvv*hqhyqiynqillin*ikk
mn*k*kmkikkkiikiikikkikvikn*kl*iiikiimkiiikiilikiikklkii*lil
kkmkyqyldlnvkmvvldfmmvvf---

---pn*pnl*irtilfskikypkefyk*r*yfkri*ki**img*mw*etngiy*fw*cwi
rgc*c*w**lsfmwfr*wwc*knn**kkl*rrftmafyyi*ictlfnf*fqinfkiilne
ilfysr*iffpnckv*ikrfin*srlgy**l*ihsmv****sfncwngrnke*fq**fki
flht*slyiry*k*nn*kifkrlklklklk*nk*ikki

Frame B:
fnk*s*y*n*ksrk**kl**y*ktkkns***trknkvirwyniniirytikyy*sik*kk
*iknkk*k*kkk**k**k*kk*k**kirnfr***k***k***k*y**k**ks*k*fn*f*
kr*niniwi*m*kwwywis*wly---

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EDADADGDNYHLCGLDNGGVEKTINRKNYKEGSQWHFITFKFAHYLISDFRSISRLFSMK
FSFIPDESFFQIAKSESKDLLIDQDWDIDNYRFIPWYNSDKALIVGMDEIKSNFNNNSRY
FFTRKVYTSDIKNEIIEKYLKD*n*n*n*nkinklkk

Frame C:
SINNHDIEIKNPENNKNYNNIKKQKKTVNNRPEKIKLSGGITSTLSDIQSNIINQLNKKN
ELKIKNENKKKNNKNNKNKKNKSNKKLETLDNNKNNNENNNKNNINKNNKKVKNNLINFK
KDEISIFGFKCENGGIGFHDGCI---

---qltqsin*nnsflknqiskril*mkiif*knlkdiinhglnvvrdkwyllilvvld*
rmlmlmviiiiyvv*imvvlkkqliekiikkvhngillhlnlhii*flisdqfqdysq*n
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                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

SSH359 (SSH359Q) /CSM/SS/SSH3-C/SSH359Q.Seq.d/                       1146   0.0
AHF258 (AHF258Q) /CSM/AH/AHF2-C/AHF258Q.Seq.d/                       1082   0.0
SSL402 (SSL402Q) /CSM/SS/SSL4-A/SSL402Q.Seq.d/                        167   4e-40
AFI304 (AFI304Q) /CSM/AF/AFI3-A/AFI304Q.Seq.d/                         40   0.069
VSH234 (VSH234Q) /CSM/VS/VSH2-B/VSH234Q.Seq.d/                         38   0.27
SLC761 (SLC761Q) /CSM/SL/SLC7-C/SLC761Q.Seq.d/                         38   0.27
CFJ490 (CFJ490Q) /CSM/CF/CFJ4-D/CFJ490Q.Seq.d/                         38   0.27
CFH869 (CFH869Q) /CSM/CF/CFH8-C/CFH869Q.Seq.d/                         38   0.27
CFH150 (CFH150Q) /CSM/CF/CFH1-C/CFH150Q.Seq.d/                         38   0.27
CFF863 (CFF863Q) /CSM/CF/CFF8-C/CFF863Q.Seq.d/                         38   0.27

                                                               Score     E
Sequences producing significant alignments:                    (bits)  Value  N

AE014842|AE014842.1 Plasmodium falciparum 3D7 chromosome 11 section 7 of 8 of the complete sequence.    36  0.006  8
AC117076|AC117076.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5862124-6045772 strain AX4, complete sequence.    34  0.012  9
AB063521|AB063521.2 Wigglesworthia brevipalpis DNA, complete genome, section 1/2.    46  0.017  11
AF063866|AF063866.1 Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus, complete genome.    38  0.022  10
AP004601|AP004601.1 Oceanobacillus iheyensis HTE831 genomic DNA, section 9/13.    34  0.037  10
AC004688|AC004688.8 Plasmodium falciparum chromosome 12 clone 3D7, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 4 unordered pieces.    40  0.039  7
AC079135|AC079135.6 Homo sapiens BAC clone RP11-122C15 from 2, complete sequence.    50  0.058  1
AL355306|AL355306.10 Human DNA sequence from clone RP5-947P14 on chromosome 1p13.3-21.3.    44  0.18  5
AC092468|AC092468.9 Homo sapiens 3q BAC RP11-326J18 (Roswell Park Cancer Institute Human BAC Library) complete sequence.    42  0.18  3
AC115295|AC115295.4 Mus musculus clone RP23-188O19, complete sequence.    48  0.23  1

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

CP000444_2902(CP000444|pid:none) Shewanella sp. MR-7, complete g...    38   0.53
AF012825_62(AF012825|pid:none) Ectromelia virus strain Moscow, c...    35   5.9
DQ011153_69(DQ011153|pid:none) Monkeypox virus strain USA_2003_0...    34   7.7
CP001083_1643(CP001083|pid:none) Clostridium botulinum Ba4 str. ...    34   7.7

 psg: 0.75  gvh: 0.39  alm: 0.50  top: 0.53  tms: 0.00  mit: 0.18  mip: 0.00
 nuc: 0.13  erl: 0.00  erm: 0.40  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 52.0 %: nuclear
	 36.0 %: cytoplasmic
	  4.0 %: vacuolar
	  4.0 %: mitochondrial
	  4.0 %: peroxisomal

>> prediction for SSH359 is nuc

>SSH359F.Seq
ATTCAATAAATAATCATGATATTGAAATTAAAAATCCAGAAAATAATAAAAATTATAATA
ATATTAAAAAACAAAAAAAAACAGTTAATAATAGACCAGAAAAAATAAAGTTATCAGGTG
GTATAACATCAACATTATCAGATATACAATCAAATATTATTAATCAATTAAATAAAAAAA
ATGAATTAAAAATAAAAAATGAAAATAAAAAAAAAAATAATAAAAATAATAAAAATAAAA
AAAATAAAAGTAATAAAAAATTAGAAACTTTAGATAATAATAAAAATAATAATGAAAATA
ATAATAAAAATAATATTAATAAAAATAATAAAAAAGTTAAAAATAATTTAATTAATTTTA
AAAAAGATGAAATATCAATATTTGGATTTAAATGTGAAAATGGTGGTATTGGATTTCATG
ATGGTTGTATTT----------

>SSH359Z.Seq
----------CCCAATTAACCCAATCTATAAATTAGAACAATTCTTTTCTCAAAAATCAA
ATATCCAAAAGAATTTTATAAATGAAGATAATATTTTAAAAGAATCTGAAAGATATAATA
AATCATGGGTTGAATGTGGTAAGAGACAAATGGTATCTATTAATTTTGGTAGTGTTGGAT
TAGAGGATGCTGATGCTGATGGTGATAATTATCATTTATGTGGTTTAGATAATGGTGGTG
TTGAAAAAACAATTAATAGAAAAAATTATAAAGAAGGTTCACAATGGCATTTTATTACAT
TTAAATTTGCACATTATTTAATTTCTGATTTCAGATCAATTTCAAGATTATTCTCAATGA
AATTCTCTTTTATTCCAGATGAATCTTTTTTCCAAATTGCAAAGTCTGAATCAAAAGATT
TATTAATTGATCAAGATTGGGATATTGATAATTATAGATTCATTCCATGGTATAATAGTG
ATAAAGCTTTAATTGTTGGAATGGACGAAATAAAGAGTAATTTCAATAATAATTCAAGAT
ATTTCTTCACACGTAAAGTTTATACATCAGATATTAAAAATGAAATAATTGAAAAATATT
TAAAAGATTAAAATTAAAATTAAAATTAAAATAAAATAAATAAATTAAAAAAATA

>SSH359P.Seq
ATTCAATAAATAATCATGATATTGAAATTAAAAATCCAGAAAATAATAAAAATTATAATA
ATATTAAAAAACAAAAAAAAACAGTTAATAATAGACCAGAAAAAATAAAGTTATCAGGTG
GTATAACATCAACATTATCAGATATACAATCAAATATTATTAATCAATTAAATAAAAAAA
ATGAATTAAAAATAAAAAATGAAAATAAAAAAAAAAATAATAAAAATAATAAAAATAAAA
AAAATAAAAGTAATAAAAAATTAGAAACTTTAGATAATAATAAAAATAATAATGAAAATA
ATAATAAAAATAATATTAATAAAAATAATAAAAAAGTTAAAAATAATTTAATTAATTTTA
AAAAAGATGAAATATCAATATTTGGATTTAAATGTGAAAATGGTGGTATTGGATTTCATG
ATGGTTGTATTT----------CCCAATTAACCCAATCTATAAATTAGAACAATTCTTTT
CTCAAAAATCAAATATCCAAAAGAATTTTATAAATGAAGATAATATTTTAAAAGAATCTG
AAAGATATAATAAATCATGGGTTGAATGTGGTAAGAGACAAATGGTATCTATTAATTTTG
GTAGTGTTGGATTAGAGGATGCTGATGCTGATGGTGATAATTATCATTTATGTGGTTTAG
ATAATGGTGGTGTTGAAAAAACAATTAATAGAAAAAATTATAAAGAAGGTTCACAATGGC
ATTTTATTACATTTAAATTTGCACATTATTTAATTTCTGATTTCAGATCAATTTCAAGAT
TATTCTCAATGAAATTCTCTTTTATTCCAGATGAATCTTTTTTCCAAATTGCAAAGTCTG
AATCAAAAGATTTATTAATTGATCAAGATTGGGATATTGATAATTATAGATTCATTCCAT
GGTATAATAGTGATAAAGCTTTAATTGTTGGAATGGACGAAATAAAGAGTAATTTCAATA
ATAATTCAAGATATTTCTTCACACGTAAAGTTTATACATCAGATATTAAAAATGAAATAA
TTGAAAAATATTTAAAAGATTAAAATTAAAATTAAAATTAAAATAAAATAAATAAATTAA
AAAAATA