SSF247 [Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview]

SSF247
Library	SS (Link to library)
Clone ID	SSF247 (Link to dictyBase)
Atlas ID	-
NBRP ID	G00730
dictyBase ID	DDB0168567
Link to Contig	Contig-U05095-1
Original site URL	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/CSM/SS/SSF2-B/SSF247Q.Seq.d/
Representative seq. ID	SSF247E (Link to Original site)
Representative DNA sequence	>SSF247 (SSF247Q) /CSM/SS/SSF2-B/SSF247Q.Seq.d/ ATTATTATATATTATTTTTATTATTATTATTTTTTATTATTTTAAAAAATGAAATTATCA AATTCAATTTTAATTTTATTTGTATTTTTAAATATTTCAATCGTAAAAGCAGAATATAAA TCATTTCTAATTCAAATGGATGGTTGTAACAATATAATGGAAACAAATATTGGTCAATGT ACAACAAATAAATGTAATGATACAACTTCATTTAAAATCACTCATGTTTCTGGAAATTTG TATGAACTATATATAAAAATAAATGTGAAACTGGTATAAATTATTCATTTATAAATTGTT CAACAATACCAATTGAAAATCAAAATGGTCAAAATGGTCAAAATTCAATATTNCCTCAAA TTAATTTAAATGGTATTGAAGCAAATATTAATGATGGTAAAATTTCACTTTCAAAATTAA ATTCAAAAATTTATTGCTTTAATGAGATGTCACATTCATCTCATGATGATGATTTTTTAC AATTAAATAATTTTAATCATCATGAAACTGATTTATCCTCAAATTCAATTAAACATTCAA AATATAATTTTATAACATTATTCTCATATTTATTGGTTTTNTTAATTATTTAATTATATT ATTTAATTATTTAAATAATTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAA
sequence update	1999. 4. 6
Translated Amino Acid sequence	yyilfllllffiilkneiikfnfnficifkyfnrksriiisnsngwlqyngnkywsmy nkmynfinhscfwkfvTIYKNKCETGINYSFINCSTIPIENQNGQNGQNSIXPQI NLNGIEANINDGKISLSKLNSKIYCFNEMSHSSHDDDFLQLNNFNHHETDLSSNSIKHSK YNFITLFSYLLVXLIIlyylii*iinlkkkkkkkkkkkk
Translated Amino Acid sequence (All Frames)	Frame A: iiiyyfyyyyfllfkmklsnsililfvflnisivkaeyksfliqmdgcnnimetnigqc ttnkcndttsfkithvsgnlyelyikinvklviihlivqqyqlkikmvkmvkiqyxlk limvlkqilmmvkfhfqniqkfialmrchihlmmmifyniiliimkliypqiqlniq niilhyshiywfxlfnyiilfklikkkkkkkkkkkk Frame B: llyiifiiiifyyfkknyqiqffylyfifqskqninhffkwmvvtiwkqilvnv qqinvmiqlhlkslmfleicmnyikmnwyklfiyklfnntnkskwskwskfnixsn fkwyskywnftfkikfknllldvtfisfftikfssnfilkfntfk ifyniilifigfxnyliilfnylnnfkkkkkkkkkkkkk Frame C: yyilfllllffiilkneiikfnfnficifkyfnrksriiisnsngwlqyngnkywsmy nkmynfinhscfwkfvTIYKNKCETGINYSFINCSTIPIENQNGQNGQNSIXPQI NLNGIEANINDGKISLSKLNSKIYCFNEMSHSSHDDDFLQLNNFNHHETDLSSNSIKHSK YNFITLFSYLLVXLIIlyylii*iinlkkkkkkkkkkkk
Homology vs CSM-cDNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value SSF247 (SSF247Q) /CSM/SS/SSF2-B/SSF247Q.Seq.d/ 882 0.0 VSH693 (VSH693Q) /CSM/VS/VSH6-D/VSH693Q.Seq.d/ 38 0.17 VFO549 (VFO549Q) /CSM/VF/VFO5-C/VFO549Q.Seq.d/ 38 0.17 SSL882 (SSL882Q) /CSM/SS/SSL8-D/SSL882Q.Seq.d/ 38 0.17 SFE349 (SFE349Q) /CSM/SF/SFE3-C/SFE349Q.Seq.d/ 38 0.17 SFC376 (SFC376Q) /CSM/SF/SFC3-D/SFC376Q.Seq.d/ 38 0.17 AFL464 (AFL464Q) /CSM/AF/AFL4-C/AFL464Q.Seq.d/ 38 0.17 SSL777 (SSL777Q) /CSM/SS/SSL7-D/SSL777Q.Seq.d/ 36 0.66 SFB196 (SFB196Q) /CSM/SF/SFB1-D/SFB196Q.Seq.d/ 36 0.66 SFB194 (SFB194Q) /CSM/SF/SFB1-D/SFB194Q.Seq.d/ 36 0.66
own update	2004.12.25
Homology vs DNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value N AC116925\|AC116925.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4189423-4228998 strain AX4, complete sequence. 579 0.0 3 AC116977\|AC116977.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5515173-5817331 strain AX4, complete sequence. 38 0.006 8 Z38060\|Z38060.1 S.cerevisiae chromosome IX sequence derived from lambda clones 5610-5004. 52 0.009 1 AX345527\|AX345527.1 Sequence 598 from Patent WO0200928. 38 0.020 3 AC117075\|AC117075.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047-5455781 strain AX4, complete sequence. 32 0.023 12 AP003447\|AP003447.2 Oryza sativa (japonica cultivar-group) genomic DNA, chromosome 1, BAC clone:OJ1619_F12. 40 0.024 2 BG603869\|BG603869.1 EST502959 Plasmodium yoelii sporozoite cDNA Plasmodium yoelii cDNA clone PYCDW11, mRNA sequence. 50 0.036 1 BG603805\|BG603805.1 EST502895 Plasmodium yoelii sporozoite cDNA Plasmodium yoelii cDNA clone PYCDV13, mRNA sequence. 50 0.036 1 BG602308\|BG602308.1 EST501398 Plasmodium yoelii sporozoite cDNA Plasmodium yoelii cDNA clone PYCDH11, mRNA sequence. 50 0.036 1 BG604108\|BG604108.1 EST503198 Plasmodium yoelii sporozoite cDNA Plasmodium yoelii cDNA clone PYCDY01, mRNA sequence. 50 0.036 1
dna update	2003. 8.30
Homology vs Protein	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value DQ927305_36(DQ927305\|pid:none) Tetrahymena pigmentosa strain UM1... 35 2.0 AL844509_293(AL844509\|pid:none) Plasmodium falciparum 3D7 chromo... 33 9.7
protein update	2009. 7. 7
PSORT	psg: 0.85 gvh: 0.33 alm: 0.36 top: 0.27 tms: 0.00 mit: 0.24 mip: 0.00 nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.00 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00 act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 0.00 tyr: 0.00 leu: 0.00 gpi: 0.00 myr: 0.00 dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 0.00 mNt: 0.00 m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 1.00 52.0 %: cytoplasmic 28.0 %: nuclear 8.0 %: vacuolar 4.0 %: plasma membrane 4.0 %: vesicles of secretory system 4.0 %: endoplasmic reticulum >> prediction for SSF247 is cyt
5' end seq. ID	SSF247F
5' end seq.	>SSF247F.Seq ATTATTATATATTATTTTTATTATTATTATTTTTTATTATTTTAAAAAATGAAATTATCA AATTCAATTTTAATTTTATTTGTATTTTTAAATATTTCAATCGTAAAAGCAGAATATAAA TCATTTCTAATTCAAATGGATGGTTGTAACAATATAATGGAAACAAATATTGGTCAATGT ACAACAAATAAATGTAATGATACAACTTCATTTAAAATCACTCATGTTTCTGGAAATTTG TATGAACTATATTTATATAAAAATAAATGTGAAACTGGTATAAATTATTCATTTATAAAT TGTTCAACAATACCAATTGAAAATCAAAATGGTCAAAATGGTCAAAATTCAATATTGCCT CAAATTAATTTAAATGGTATTGAAGCAAATATTAATGATGGTAAAATTTCACTTTCAAAA TTAAATTCAAAAATTTATTGCTTTAATGAGATGTCACATTCATCTCATGATGATGATTTT TTACAATTAAATAATTTTAATCATCATGAAACTGATTTATCCTCAAATTCAATTAAACAT TCAAAATATAATTTTATAACATTATTCTCATATTTATTGGTTTTATTAATTATTTAATTA T----------
Length of 5' end seq.	601
3' end seq. ID	SSF247Z
3' end seq.	>SSF247Z.Seq ----------TATAAAAATAAATGTGAAACTGGTATAAATTATTCATTTATAAATTGTTC AACAATACCAATTGAAAATCAAAATGGTCAAAATGGTCAAAATTCAATATTACCTCAAAT TAATTTAAATGGTATTGAAGCAAATATTAATGATGGTAAAATTTCACTTTCAAAATTAAA TTCAAAAATTTATTGCTNTAATGNGNNGTCACATTCATCTCATGATGATGATTTTTTACA ATTAAATAATTTTAATCATCATGAAACTGATTTATCCTCAAATTCAATTAAACATTCAAA ATATAATTTTATAACATTATTCTCATATTTATTGGTTTTTTTAATTATTTAATTATTTAA TTATTTAAATAATTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAA
Length of 3' end seq.	414
Connected seq. ID	SSF247P
Connected seq.	>SSF247P.Seq ATTATTATATATTATTTTTATTATTATTATTTTTTATTATTTTAAAAAATGAAATTATCA AATTCAATTTTAATTTTATTTGTATTTTTAAATATTTCAATCGTAAAAGCAGAATATAAA TCATTTCTAATTCAAATGGATGGTTGTAACAATATAATGGAAACAAATATTGGTCAATGT ACAACAAATAAATGTAATGATACAACTTCATTTAAAATCACTCATGTTTCTGGAAATTTG TATGAACTATATTTATATAAAAATAAATGTGAAACTGGTATAAATTATTCATTTATAAAT TGTTCAACAATACCAATTGAAAATCAAAATGGTCAAAATGGTCAAAATTCAATATTGCCT CAAATTAATTTAAATGGTATTGAAGCAAATATTAATGATGGTAAAATTTCACTTTCAAAA TTAAATTCAAAAATTTATTGCTTTAATGAGATGTCACATTCATCTCATGATGATGATTTT TTACAATTAAATAATTTTAATCATCATGAAACTGATTTATCCTCAAATTCAATTAAACAT TCAAAATATAATTTTATAACATTATTCTCATATTTATTGGTTTTATTAATTATTTAATTA T----------TATAAAAATAAATGTGAAACTGGTATAAATTATTCATTTATAAATTGTT CAACAATACCAATTGAAAATCAAAATGGTCAAAATGGTCAAAATTCAATATTACCTCAAA TTAATTTAAATGGTATTGAAGCAAATATTAATGATGGTAAAATTTCACTTTCAAAATTAA ATTCAAAAATTTATTGCTNTAATGNGNNGTCACATTCATCTCATGATGATGATTTTTTAC AATTAAATAATTTTAATCATCATGAAACTGATTTATCCTCAAATTCAATTAAACATTCAA AATATAATTTTATAACATTATTCTCATATTTATTGGTTTTTTTAATTATTTAATTATTTA ATTATTTAAATAATTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAA
Length of connected seq.	1015
Full length Seq ID	SSF247E
Full length Seq.	>SSF247E.Seq ATTATTATATATTATTTTTATTATTATTATTTTTTATTATTTTAAAAAATGAAATTATCA AATTCAATTTTAATTTTATTTGTATTTTTAAATATTTCAATCGTAAAAGCAGAATATAAA TCATTTCTAATTCAAATGGATGGTTGTAACAATATAATGGAAACAAATATTGGTCAATGT ACAACAAATAAATGTAATGATACAACTTCATTTAAAATCACTCATGTTTCTGGAAATTTG TATGAACTATATATAAAAATAAATGTGAAACTGGTATAAATTATTCATTTATAAATTGTT CAACAATACCAATTGAAAATCAAAATGGTCAAAATGGTCAAAATTCAATATTNCCTCAAA TTAATTTAAATGGTATTGAAGCAAATATTAATGATGGTAAAATTTCACTTTCAAAATTAA ATTCAAAAATTTATTGCTTTAATGAGATGTCACATTCATCTCATGATGATGATTTTTTAC AATTAAATAATTTTAATCATCATGAAACTGATTTATCCTCAAATTCAATTAAACATTCAA AATATAATTTTATAACATTATTCTCATATTTATTGGTTTTNTTAATTATTTAATTATATT ATTTAATTATTTAAATAATTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAA
Length of full length seq.	664

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas