SLC601
Library SL
(Link to library)
Clone ID SLC601
Atlas ID -
NBRP ID
dictyBase ID
Link to Contig Contig-U14173-1
Original site URL
Representative seq. ID SLC601E
(Link to Original site)
Representative DNA sequence
>SLC601 (SLC601Q) /CSM/SL/SLC6-A/SLC601Q.Seq.d/
ATTTAGTCAAACTTTTCTCTATTGTTTTGTCAGTTCTGTTATTTTTTATTGGGGATGTAT
TTTCCCTTTCTTCATCAGAATATCAATGTACTTTCAATTTCTTTAATAAAATTTCTAATG
TCAACCAGGAATTTTATTATAATTCAAACACTCTTCTTTACGACTTTTGTAATTCACCAT
TAACTCCTATGAATGCTTTGGTTAATTGTGATGCACAAAATGTTGTAAATATTAGAGCGA
CCCAAACAAATAAAAATTTAATTTCACCATCTGATTTTCAATGCTTTTAATCAATTAAAA
CATTAAATATCGATGGATTCAAAGTTTCTAAAAACTTTTAAATTGGTTTATACCCTCAAT
CATTAAAATCGATTTCATTAATTAATGGTAATTCTTCGATATTTGATGTTGATATTGGTG
TTGGGAAATCAATTACAATTCCAGTTTTAAGTACAAAGGTTTATCTTTCTGGCCCATTAA
ACATTTATTTCTCAAGTCTTTTAAATGTTAAAAAGTTTTCTCTCATCACCCAAACTTTAA
ATCCAAAATATAAAATCAATTATATCAATGATTTACTTGAAACGTCGACATCATTTGAAT
ACTTCTTTGCATACACCCATTTCATCCCATCAATGAATAATATTCTAATGGAATTATTAC
AACTTACCCTTTTACCGGGCACAGATTCAAACTCATTCTCTGCTTTTTCAACATATGCAA
ATGTAACTTCATTCTCTTTAACATCATCAAATTCTGTTGTTTACCCATTCCCAGTGGCAT
TGGCTTCAATTCCAATTAGTACTAATAAAAACACTGGCTTTGCTATTAATTACCAAATTG
ACACTCCACTTGGCCTTATTGATTTATCCAACTATAATGAAAGTTTAGATGTTTCTATAT
ATATTCCAAATGCAGGAAATATTTTCAATGTAAATGGTGAATTCCCATTCTCTGCTTTAC
CATCAACATTAACCTTTTTCAAGTTTGAAAATGGTAACTTTAATGAAATAAATTTCAATT
TATTCAATAAAAAACTAAGTATCCTTTATTTAAGAAATAACAAAATGGGTGGTATTATTC
CAACAAGTTTCCCATCAAATTTATTTTCAAAAGATATTTCTTTATATCTTAGTGATAATT
TATTAACTGGACAAATCGATGAAACTTGGTGTTCAATTGATTTTGACATTAGTAATAATT
TAATTGGTGGTCAAGCACCATCATGTGTTGTTTGTAATTATTTGCAACCATCGACTAGTG
CTATCTTTAGTGGAAATAAATTTACAAATTTAGATATTAATAATTTACAAAATTGTACAA
ACCTTGAATTTAATTTATCCTATGACAATGTTACCAAATCATTGTTTTTAAATGGTAACA
ATCTTGGTTTCTTTACATCATCATTCACATTAGACAATCCAAAGAATTGGGCAAAATCAA
TTATAACTATTAATGAACAATTTCAAATCAAAAAGAGTTTAACTGCAACTGGTCCAATTC
CAAAAGGGTTCAATATTACATTCCCTTATTTACCACAAGGTCCAAGAACTTTTGAAATTA
TAGCTTATAATGAATTCATTGTTAACAATTGAATTAATACTACAAATAAACTCTGCTAAT
TTTACAATTT
sequence update 2002. 8. 2
Translated Amino Acid sequence
lvklfsivlsvllffigdvfslssseyqctfnffnkisnvnqefyynsntllydfcnspl
tpmnalvncdaqnvvniratqtnknlispsdfqcf*siktlnidgfkvsknf*IGLYPQS
LKSISLINGNSSIFDVDIGVGKSITIPVLSTKVYLSGPLNIYFSSLLNVKKFSLITQTLN
PKYKINYINDLLETSTSFEYFFAYTHFIPSMNNILMELLQLTLLPGTDSNSFSAFSTYAN
VTSFSLTSSNSVVYPFPVALASIPISTNKNTGFAINYQIDTPLGLIDLSNYNESLDVSIY
IPNAGNIFNVNGEFPFSALPSTLTFFKFENGNFNEINFNLFNKKLSILYLRNNKMGGIIP
TSFPSNLFSKDISLYLSDNLLTGQIDETWCSIDFDISNNLIGGQAPSCVVCNYLQPSTSA
IFSGNKFTNLDINNLQNCTNLEFNLSYDNVTKSLFLNGNNLGFFTSSFTLDNPKNWAKSI
ITINEQFQIKKSLTATGPIPKGFNITFPYLPQGPRTFEIIAYNEFIVNN*inttnklc*f
yn


Translated Amino Acid sequence (All Frames)
Frame A:
i*snfsllfcqfcyfllgmyfpflhqninvlsislikflmstrnfiiiqtlffttfvihh
*ll*mlwlivmhkml*ilerpkqiki*fhhlifnafnqlkh*ismdskflktfklvytln
h*nrfh*lmvilrylmlilvlgnqlqfqf*vqrfiflah*tfisqvf*mlksflsspkl*
iqniksiismiylkrrhhlntslhtpisshq*iif*wnyynlpfyraqiqthsllfqhmq
m*lhsl*hhqillfthsqwhwlqfqlvliktlalllitkltlhlalliyptimkv*mfly
ifqmqeifsm*mvnshsllyhqh*pfsslkmvtlmk*isiysikn*vsfi*eitkwvvlf
qqvshqiyfqkiflyilviiy*ldksmklgvqliltlvii*lvvkhhhvlfviicnhrlv
lslveinlqi*iliiykivqtlnliypmtmlpnhcf*mvtilvslhhhsh*tiqrigqnq
l*llmnnfkskrv*lqlvqfqkgsilhsliyhkvqellkl*limnslltielilqinsan
fti


Frame B:
fsqtflycfvssvifywgcifpffirismyfqfl**nf*cqpgill*fkhsslrll*fti
nsyecfg*l*ctkccky*sdpnk*kfnfti*fsmllin*nikyrwiqsf*kllnwfipsi
ikidfin*w*ffdi*c*ywcweinynssfkykglsfwpikhlflksfkc*kvfshhpnfk
ski*nqlyq*ft*nvdii*illcihpfhpine*ysngiittypftghrfklilcffnick
cnfilfniikfcclpipsgigfnsn*y**khwlcy*lpn*hstwpy*fiql**kfrcfyi
yskcrkyfqckw*ipilcftininlfqv*kw*l**nkfqfiq*ktkyplfkk*qngwyys
nkfpikfifkryffis***finwtnr*nlvfn*f*h***fnwwsstimccl*lfatid*c
yl*wk*iykfry**ftklykp*i*fil*qcyqiivfkw*qswflyiiihirqskelgkin
yny**tisnqkefncnwsnskrvqyyiplfttrsknf*nysl**ihc*qln*yyk*tlli
lqf


Frame C:
lvklfsivlsvllffigdvfslssseyqctfnffnkisnvnqefyynsntllydfcnspl
tpmnalvncdaqnvvniratqtnknlispsdfqcf*siktlnidgfkvsknf*IGLYPQS
LKSISLINGNSSIFDVDIGVGKSITIPVLSTKVYLSGPLNIYFSSLLNVKKFSLITQTLN
PKYKINYINDLLETSTSFEYFFAYTHFIPSMNNILMELLQLTLLPGTDSNSFSAFSTYAN
VTSFSLTSSNSVVYPFPVALASIPISTNKNTGFAINYQIDTPLGLIDLSNYNESLDVSIY
IPNAGNIFNVNGEFPFSALPSTLTFFKFENGNFNEINFNLFNKKLSILYLRNNKMGGIIP
TSFPSNLFSKDISLYLSDNLLTGQIDETWCSIDFDISNNLIGGQAPSCVVCNYLQPSTSA
IFSGNKFTNLDINNLQNCTNLEFNLSYDNVTKSLFLNGNNLGFFTSSFTLDNPKNWAKSI
ITINEQFQIKKSLTATGPIPKGFNITFPYLPQGPRTFEIIAYNEFIVNN*inttnklc*f
yn


Homology vs CSM-cDNA

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

SLC601 (SLC601Q) /CSM/SL/SLC6-A/SLC601Q.Seq.d/ 3231 0.0
VFN593 (VFN593Q) /CSM/VF/VFN5-D/VFN593Q.Seq.d/ 1166 0.0
CFB193 (CFB193Q) /CSM/CF/CFB1-D/CFB193Q.Seq.d/ 1033 0.0
VSF258 (VSF258Q) /CSM/VS/VSF2-C/VSF258Q.Seq.d/ 42 0.026
VSC613 (VSC613Q) /CSM/VS/VSC6-A/VSC613Q.Seq.d/ 42 0.026
SSC580 (SSC580Q) /CSM/SS/SSC5-D/SSC580Q.Seq.d/ 40 0.10
SSH477 (SSH477Q) /CSM/SS/SSH4-D/SSH477Q.Seq.d/ 38 0.41
VSI594 (VSI594Q) /CSM/VS/VSI5-D/VSI594Q.Seq.d/ 36 1.6
VSH426 (VSH426Q) /CSM/VS/VSH4-B/VSH426Q.Seq.d/ 36 1.6
VSF140 (VSF140Q) /CSM/VS/VSF1-B/VSF140Q.Seq.d/ 36 1.6

own update 2004.12.25
Homology vs DNA

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value N

AC116305|AC116305.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1005175-1418323 strain AX4, complete sequence. 34 4e-14 30
AC116984|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence. 36 8e-14 33
AP004171|AP004171.1 Mycoplasma penetrans genomic DNA, complete sequence, section 2/5. 40 2e-13 25
AC116957|AC116957.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1685067-2090751 strain AX4, complete sequence. 38 7e-12 28
AC116960|AC116960.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map complement(1004496-821614) strain AX4, complete sequence. 34 2e-10 22
AC117075|AC117075.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047-5455781 strain AX4, complete sequence. 38 7e-10 23
AC116986|AC116986.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2234041-2567370 strain AX4, complete sequence. 34 1e-09 27
AF063866|AF063866.1 Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus, complete genome. 32 2e-09 26
AL844505|AL844505.1 Plasmodium falciparum chromosome 6. 36 3e-09 30
AL445564|AL445564.1 Mycoplasma pulmonis (strain UAB CTIP) complete genome; segment 2/3. 32 3e-09 25
dna update 2003.11.18
Homology vs Protein

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

AC116920_25(AC116920|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 111 9e-23
AC117075_41(AC117075|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 109 3e-22
AC117081_43(AC117081|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 98 1e-18
AC117081_39(AC117081|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 91 9e-17
AC116920_20(AC116920|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 86 5e-15
AC116920_24(AC116920|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 85 7e-15
AC116982_41(AC116982|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 82 7e-14
AC116956_34(AC116956|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 72 4e-11
AC116967_8(AC116967|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom... 69 4e-10
AC116967_7(AC116967|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom... 64 2e-08
protein update 2009. 7. 4
PSORT

psg: 0.78 gvh: 0.36 alm: 0.39 top: 0.53 tms: 0.00 mit: 0.27 mip: 0.00
nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.00 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00
act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 0.00 tyr: 0.00 leu: 0.00 gpi: 0.00 myr: 0.00
dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 0.00 mNt: 0.00
m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 1.00

56.0 %: cytoplasmic
28.0 %: nuclear
8.0 %: mitochondrial
4.0 %: plasma membrane
4.0 %: vesicles of secretory system

>> prediction for SLC601 is cyt

5' end seq. ID SLC601F
5' end seq.
>SLC601F.Seq
ATTTAGTCAAACTTTTCTCTATTGTTTTGTCAGTTCTGTTATTTTTTATTGGGGATGTAT
TTTCCCTTTCTTCATCAGAATATCAATGTACTTTCAATTTCTTTAATAAAATTTCTAATG
TCAACCAGGAATTTTATTATAATTCAAACACTCTTCTTTACGACTTTTGTAATTCACCAT
TAACTCCTATGAATGCTTTGGTTAATTGTGATGCACAAAATGTTGTAAATATTAGAGCGA
CCCAAACAAATAAAAATTTAATTTCACCATCTGATTTTCAATGCTTTTAATCAATTAAAA
CATTAAATATCGATGGATTCAAAGTTTCTAAAAACTTTTAAATTGGTTTATACCCTCAAT
CATTAAAATCGATTTCATTAATTAATGGTAATTCTTCGATATTTGATGTTGATATTGGTG
TTGGGAAATCAATTACAATTCCAGTTTTAAGTACAAAGGTTTATCTTTCTGGCCCATTAA
ACATTTATTTCTCAAGTCTTTTAAATGTTAAAAAGTTTTCTCTCATCACCCAAACTTTAA
ATCCAAAATATAAAATCAATTATATCAATGATTTACTTGAAACGTCGACATCATTTGAAT
ACTTCTTTGCATACACCCATTTCATCCCATCAATGAATAATATTCTAATGGAATTATTAC
AACTTACCCTTTTACCGGGCACAGATTCAAACTCATTCTCTGCTTTTTCAACATATGCAA
ATGTAACTTCATTCTCTTTAACATCATCAAATTCTGTTGTTTACCCATTCCCAGTGGCAT
TGGCTTCAATTCCAATTAGTACTAATAAAAACACTGGCTTTGCTATTAATTACCAAATTG
ACACTCCACTTGGCCTTATTGATTTATCCAACTATAATGAAAGTTTAGATGTTTCTATAT
ATATTCCAAATGCAGGAAATATTTTCAATGTAAATGGTGAATTCCCATTCTCTGCTTTAC
CATCAACATTAACCTTTTTCAAGTTTGAAAATGGTAACTTTAATGAAATAAATTTCAATT
TATTCAATAAAAAACTAAGTATCCTTTATTTAAGAAATAACAAAATGGGTGGTATTATTC
CAACAAGTTTCCCATCAAATTTATTTTCAAAAGATATTTCTTTATATCTTAGTGATAATT
TATTAACTGGACAAATCGATGAAACTTGGTGTTCAATTGATTTTGACATTAGTAATAATT
TAATTGGTGGTCAAGCACCATCATGTGTTGTTTGTAATTATTTGCAACCATCGACTAGTG
CTATCTTTNNNNNNNNNN
Length of 5' end seq. 1278
3' end seq. ID SLC601Z
3' end seq.
>SLC601Z.Seq
----------TCAAAAGATATTTCTTTATATCTTAGTGATAATTTATTAACTGGACAAAT
CGATGAAACTTGGTGTTCAATTGATTTTGACATTAGTAATAATTTAATTGGTGGTCAAGC
ACCATCATGTGTTGTTTGTAATTATTTGCAACCATCGACTAGTGCTATCTTTAGTGGAAA
TAAATTTACAAATTTAGATATTAATAATTTACAAAATTGTACAAACCTTGAATTTAATTT
ATCCTATGACAATGTTACCAAATCATTGTTTTTAAATGGTAACAATCTTGGTTTCTTTAC
ATCATCATTCACATTAGACAATCCAAAGAATTGGGCAAAATCAATTATAACTATTAATGA
ACAATTTCAAATCAAAAAGAGTTTAACTGCAACTGGTCCAATTCCAAAAGGGTTCAATAT
TACATTCCCTTATTTACCACAAGGTCCAAGAACTTTTGAAATTATAGCTTATAATGAATT
CATTGTTAACAATTGAATTAATACTACAAATAAACTCTGCTAATTTTACAATTT
Length of 3' end seq. 524
Connected seq. ID SLC601P
Connected seq.
>SLC601P.Seq
ATTTAGTCAAACTTTTCTCTATTGTTTTGTCAGTTCTGTTATTTTTTATTGGGGATGTAT
TTTCCCTTTCTTCATCAGAATATCAATGTACTTTCAATTTCTTTAATAAAATTTCTAATG
TCAACCAGGAATTTTATTATAATTCAAACACTCTTCTTTACGACTTTTGTAATTCACCAT
TAACTCCTATGAATGCTTTGGTTAATTGTGATGCACAAAATGTTGTAAATATTAGAGCGA
CCCAAACAAATAAAAATTTAATTTCACCATCTGATTTTCAATGCTTTTAATCAATTAAAA
CATTAAATATCGATGGATTCAAAGTTTCTAAAAACTTTTAAATTGGTTTATACCCTCAAT
CATTAAAATCGATTTCATTAATTAATGGTAATTCTTCGATATTTGATGTTGATATTGGTG
TTGGGAAATCAATTACAATTCCAGTTTTAAGTACAAAGGTTTATCTTTCTGGCCCATTAA
ACATTTATTTCTCAAGTCTTTTAAATGTTAAAAAGTTTTCTCTCATCACCCAAACTTTAA
ATCCAAAATATAAAATCAATTATATCAATGATTTACTTGAAACGTCGACATCATTTGAAT
ACTTCTTTGCATACACCCATTTCATCCCATCAATGAATAATATTCTAATGGAATTATTAC
AACTTACCCTTTTACCGGGCACAGATTCAAACTCATTCTCTGCTTTTTCAACATATGCAA
ATGTAACTTCATTCTCTTTAACATCATCAAATTCTGTTGTTTACCCATTCCCAGTGGCAT
TGGCTTCAATTCCAATTAGTACTAATAAAAACACTGGCTTTGCTATTAATTACCAAATTG
ACACTCCACTTGGCCTTATTGATTTATCCAACTATAATGAAAGTTTAGATGTTTCTATAT
ATATTCCAAATGCAGGAAATATTTTCAATGTAAATGGTGAATTCCCATTCTCTGCTTTAC
CATCAACATTAACCTTTTTCAAGTTTGAAAATGGTAACTTTAATGAAATAAATTTCAATT
TATTCAATAAAAAACTAAGTATCCTTTATTTAAGAAATAACAAAATGGGTGGTATTATTC
CAACAAGTTTCCCATCAAATTTATTTTCAAAAGATATTTCTTTATATCTTAGTGATAATT
TATTAACTGGACAAATCGATGAAACTTGGTGTTCAATTGATTTTGACATTAGTAATAATT
TAATTGGTGGTCAAGCACCATCATGTGTTGTTTGTAATTATTTGCAACCATCGACTAGTG
CTATCTTT----------TCAAAAGATATTTCTTTATATCTTAGTGATAATTTATTAACT
GGACAAATCGATGAAACTTGGTGTTCAATTGATTTTGACATTAGTAATAATTTAATTGGT
GGTCAAGCACCATCATGTGTTGTTTGTAATTATTTGCAACCATCGACTAGTGCTATCTTT
AGTGGAAATAAATTTACAAATTTAGATATTAATAATTTACAAAATTGTACAAACCTTGAA
TTTAATTTATCCTATGACAATGTTACCAAATCATTGTTTTTAAATGGTAACAATCTTGGT
TTCTTTACATCATCATTCACATTAGACAATCCAAAGAATTGGGCAAAATCAATTATAACT
ATTAATGAACAATTTCAAATCAAAAAGAGTTTAACTGCAACTGGTCCAATTCCAAAAGGG
TTCAATATTACATTCCCTTATTTACCACAAGGTCCAAGAACTTTTGAAATTATAGCTTAT
AATGAATTCATTGTTAACAATTGAATTAATACTACAAATAAACTCTGCTAATTTTACAAT
TT
Length of connected seq. 1792
Full length Seq ID SLC601E
Full length Seq.
>SLC601E.Seq
ATTTAGTCAAACTTTTCTCTATTGTTTTGTCAGTTCTGTTATTTTTTATTGGGGATGTAT
TTTCCCTTTCTTCATCAGAATATCAATGTACTTTCAATTTCTTTAATAAAATTTCTAATG
TCAACCAGGAATTTTATTATAATTCAAACACTCTTCTTTACGACTTTTGTAATTCACCAT
TAACTCCTATGAATGCTTTGGTTAATTGTGATGCACAAAATGTTGTAAATATTAGAGCGA
CCCAAACAAATAAAAATTTAATTTCACCATCTGATTTTCAATGCTTTTAATCAATTAAAA
CATTAAATATCGATGGATTCAAAGTTTCTAAAAACTTTTAAATTGGTTTATACCCTCAAT
CATTAAAATCGATTTCATTAATTAATGGTAATTCTTCGATATTTGATGTTGATATTGGTG
TTGGGAAATCAATTACAATTCCAGTTTTAAGTACAAAGGTTTATCTTTCTGGCCCATTAA
ACATTTATTTCTCAAGTCTTTTAAATGTTAAAAAGTTTTCTCTCATCACCCAAACTTTAA
ATCCAAAATATAAAATCAATTATATCAATGATTTACTTGAAACGTCGACATCATTTGAAT
ACTTCTTTGCATACACCCATTTCATCCCATCAATGAATAATATTCTAATGGAATTATTAC
AACTTACCCTTTTACCGGGCACAGATTCAAACTCATTCTCTGCTTTTTCAACATATGCAA
ATGTAACTTCATTCTCTTTAACATCATCAAATTCTGTTGTTTACCCATTCCCAGTGGCAT
TGGCTTCAATTCCAATTAGTACTAATAAAAACACTGGCTTTGCTATTAATTACCAAATTG
ACACTCCACTTGGCCTTATTGATTTATCCAACTATAATGAAAGTTTAGATGTTTCTATAT
ATATTCCAAATGCAGGAAATATTTTCAATGTAAATGGTGAATTCCCATTCTCTGCTTTAC
CATCAACATTAACCTTTTTCAAGTTTGAAAATGGTAACTTTAATGAAATAAATTTCAATT
TATTCAATAAAAAACTAAGTATCCTTTATTTAAGAAATAACAAAATGGGTGGTATTATTC
CAACAAGTTTCCCATCAAATTTATTTTCAAAAGATATTTCTTTATATCTTAGTGATAATT
TATTAACTGGACAAATCGATGAAACTTGGTGTTCAATTGATTTTGACATTAGTAATAATT
TAATTGGTGGTCAAGCACCATCATGTGTTGTTTGTAATTATTTGCAACCATCGACTAGTG
CTATCTTTAGTGGAAATAAATTTACAAATTTAGATATTAATAATTTACAAAATTGTACAA
ACCTTGAATTTAATTTATCCTATGACAATGTTACCAAATCATTGTTTTTAAATGGTAACA
ATCTTGGTTTCTTTACATCATCATTCACATTAGACAATCCAAAGAATTGGGCAAAATCAA
TTATAACTATTAATGAACAATTTCAAATCAAAAAGAGTTTAACTGCAACTGGTCCAATTC
CAAAAGGGTTCAATATTACATTCCCTTATTTACCACAAGGTCCAAGAACTTTTGAAATTA
TAGCTTATAATGAATTCATTGTTAACAATTGAATTAATACTACAAATAAACTCTGCTAAT
TTTACAATTT
Length of full length seq. 1630