AFH787 [Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview]

AFH787
Library	AF (Link to library)
Clone ID	AFH787 (Link to dictyBase)
Atlas ID	-
NBRP ID	-
dictyBase ID	-
Link to Contig	Contig-U15606-1
Original site URL	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/CSM/AF/AFH7-D/AFH787Q.Seq.d/
Representative seq. ID	AFH787E (Link to Original site)
Representative DNA sequence	>AFH787 (AFH787Q) /CSM/AF/AFH7-D/AFH787Q.Seq.d/ ACTGTTGGCCTACTGGATATTTTTTTTATTACTAATAATTTAATTATTTGTATTATTATT CTATTACTTTTAATAATTTTAAATATAATATTTTTCAAATTATAATAAAAATGGATATTT ATTATATTCTAAATCACGATAATTCAGACAATAATATTTTTGATTTTGAAAATAATAGTG ATACTATTGATATTGGTAAAAATTATAAAAAATGCAATGGCCAAGGTCAAATGTTACCAC CACCTACATTAATAACACCATCCAATCAAAATGATACAGTAACTTATTATACCGATGGTC GTTCAATCTCTGTTCCAAGAAAGATGCTAATTGATCCAAATACAATTGTAGACTGTGGCA CCAATGGTATCATGTTTATTGCTTTTAATTTTGAAACTCAAAAAAGAGTAATTTTAAAAA AACTATCAAAAAGAATGTTTGATAATGAATTAAATGGCCATAGAATTATTAGAAATTTAA TTTTTCAAAATCTTTTCCAAGGTGGTAAACATATTTCAACCTATCAAAGTATTTTTAAAA GAAAATGTTCAGATTCATATCAACCTCCTTGACATCTTTCTAAATTCAATTATAAGTTCA AATGATAATCCACAACAACATTCAACATTGATTCAACAAAAAGATGATGAAGATTTTTAT TTTGAATCAATTCAACCACAATATTCATTATTGAATTTAATATCTAATAACATGCTTGAT CAAGATGATATTTGCCAATTGTTCTATGAAATTTTAATGGGTTTAAAGTTTATGCATTCT GCCGGAGTTATCCATAGAGATTTAGATCCAGAAAACTCAATTTTCGTTGATGAAAATTTT AATATTAAATTCACAGAATTTAATAATTGCTTTCTATTAGATACTGATCCTACCTTTTTA TTCAATAAGGAGTATATTACTAATACTTACTCTATCGTGCTCCTGAAACAATTTGGGGTG ATTCTTTATATACTGAAGCTACTGATGTTTGGGGTGCTGGTGTTTTATTTGCAGAACTAT TGTTAGGTAAAAGATTATTTAGATCTTTCAACAGTAAAGAACATTTGAAATCAATTTATA AATTAATAGGTGCACCAAAAGCTTCAGAAGGAGCTTATGTTGTAAAAGGAGAATTATTGT TTTTCCTAATGGAATATAATAGAAAAAATAGTTTTCAACCAACATTTAATAATACATTTA TAGGCTGTAATCAAATTCAAATTGACCTTTTAAAAAATATGCTATGTTGGGATCCAAGAG ATAGATATTCAGTCAATGAAATTTTGGAAAGTCCATATTTTGAAAATATTCACGATAGAA CAAATTTCATTCCATGTGATAAAAATTTAAATGTTAATATTCATTTTGATATCTTAAATT TGAAACCCAACCAAATGACAAATTTAATTGATCAAGAATTTTTAAATCCAAGTTAAAATG AATTTTAATTTTCAAAAACAATTATAATTTTATGTAAAGGTTAATATAAAAAAGGGGAAA AGAAA
sequence update	2003. 5. 3
Translated Amino Acid sequence	tvglldiffitnnliiciiilllliilniiffkl*kwifiifitiiqtiiflilkiiv illilvkiiknamakvkcyhhlh*hhpikmiqliipmvvqslfqercliqiqltva pmvscllllilklkkefknyqkeclimnmaielleiFFKIFSKVVNIFQPIKVFLK ENVQIHINLLDIFLNSIISSNDNPQQHSTLIQQKDDEDFYFESIQPQYSLLNLISNNMLD QDDICQLFYEILMGLKFMHSAGVIHRDLDPENSIFVDENFNIKFTEFNNCFLLDTDPTFL FNKEYITNTYSIVLLKQFGVILYILKLLMFGVLVFYLQNYCvkdyldlstvkninqfi n*vhqklqkelmlkenycfswniiekivfnqhliihlavikfkltfkicyvgiqe idiqsmkfwkvhilkiftieqisfhvikimlifilisinptkqiliknfiqvkm nfnfqkqlfyvkvnikkgkr
Translated Amino Acid sequence (All Frames)	Frame A: tvglldiffitnnliiciiilllliilniiffkl*kwifiifitiiqtiiflilkiiv illilvkiiknamakvkcyhhlh*hhpikmiqliipmvvqslfqercliqiqltva pmvscllllilklkkefknyqkeclimnmaielleiFFKIFSKVVNIFQPIKVFLK ENVQIHINLLDIFLNSIISSNDNPQQHSTLIQQKDDEDFYFESIQPQYSLLNLISNNMLD QDDICQLFYEILMGLKFMHSAGVIHRDLDPENSIFVDENFNIKFTEFNNCFLLDTDPTFL FNKEYITNTYSIVLLKQFGVILYILKLLMFGVLVFYLQNYCvkdyldlstvkninqfi n*vhqklqkelmlkenycfswniiekivfnqhliihlavikfkltfkicyvgiqe idiqsmkfwkvhilkiftieqisfhvikimlifilisinptkqiliknfiqvkm nfnfqkqlfyvkvnikkgkr Frame B: llaywiffllliilfvllfyyffiyfsnynkngyllysksrfrqyffk** yyywklkmqwprsnvtttyinntiqskysnllyrwsfnlcskkdanskyncrlwh qwyhvycffnskksnfkktikknv*ikwpnykfnfsksfprwtyfnlskyfk kmfrfistsltsfiqlvqmiihnniqhfnkkmmkifilnqfnhnihyiylitcli kmifancsmkfwvslcilpelsieiiqktqfslmkililnsqnliiafyililpfy sirsilliltlscsnnlgffiysyclgcwcficrtivrkiiifqqrtfeinl inrctksfrrslcckrriivfpngi*kkfstni*yiyrlsnsnpfkkyamlgskr ifsqnfgksifkysrnkfhsmkfkcysfylkfetqpndkfnsrifksklk* ilifknnynfmrlikrgke Frame C: cwptgyffyy*fnylyyysitfnnfkynifqiiikmdiyyilnhdnsdnnifdfennsd tidigknykkcngqgqmlppptlitpsnqndtvtyytdgrsisvprkmlidpntivdcgt ngimfiafnfetqkrvilkklskrmfdnelnghriirnlifqnlfqggkhistyqsifkr kcsdsyqpphlskfnykfkstttfnidstkrrflfinsttifiiefnihas rylpivlnfngfkvyafcrsyprfrsrklnfrkfyihrillsirysylfi qgvyyyllyrapetiwgdslyteatdvwgagvlfaelllgkrlfrsfnskehlksiyk ligapkasegayvvkgellfflmeynrknsfqptfnntfigcnqiqidllknmlcwdprd rysvneilespyfenihdrtnfipcdknlnvnihfdilnlkpnqmtnlidqeflnpsne ffsktiiilckg*ykkgekk
Homology vs CSM-cDNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value AFH787 (AFH787Q) /CSM/AF/AFH7-D/AFH787Q.Seq.d/ 2700 0.0 SFD667 (SFD667Q) /CSM/SF/SFD6-C/SFD667Q.Seq.d/ 2575 0.0 AFK882 (AFK882Q) /CSM/AF/AFK8-D/AFK882Q.Seq.d/ 1487 0.0 SFB466 (SFB466Q) /CSM/SF/SFB4-C/SFB466Q.Seq.d/ 1463 0.0 VSG327 (VSG327Q) /CSM/VS/VSG3-B/VSG327Q.Seq.d/ 1455 0.0 AFI167 (AFI167Q) /CSM/AF/AFI1-C/AFI167Q.Seq.d/ 1453 0.0 AFK680 (AFK680Q) /CSM/AF/AFK6-D/AFK680Q.Seq.d/ 1441 0.0 CFH683 (CFH683Q) /CSM/CF/CFH6-D/CFH683Q.Seq.d/ 1415 0.0 SFJ205 (SFJ205Q) /CSM/SF/SFJ2-A/SFJ205Q.Seq.d/ 1360 0.0 AFN331 (AFN331Q) /CSM/AF/AFN3-B/AFN331Q.Seq.d/ 1348 0.0
own update	2009. 4. 3
Homology vs DNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value N AB063521\|AB063521.2 Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina brevipalpis DNA, complete genome, section 1/2. 42 2e-16 29 AC116305\|AC116305.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1005175-1418323 strain AX4, complete sequence. 38 2e-14 31 AC116984\|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence. 36 4e-14 34 AC116957\|AC116957.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1685067-2090751 strain AX4, complete sequence. 46 1e-12 33 AC116956\|AC116956.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1418423-1684967 strain AX4, complete sequence. 34 1e-12 25 AC116979\|AC116979.3 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 6445720-6776760 strain AX4, complete sequence. 38 4e-12 23 AL929359\|AL929359.1 Plasmodium falciparum strain 3D7, chromosome 9; segment 5/5. 42 6e-12 23 AL844507\|AL844507.1 Plasmodium falciparum chromosome 8. 40 1e-11 29 AE014816\|AE014816.1 Plasmodium falciparum 3D7 chromosome 14 section 1 of 13 of the complete sequence. 34 2e-11 25 AP004170\|AP004170.1 Mycoplasma penetrans genomic DNA, complete sequence, section 1/5. 36 5e-11 23
dna update	2004. 7.28
Homology vs Protein	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value (Q54V83) RecName: Full=Probable serine/threonine-protein kinase ... 139 1e-81 (Q54US6) RecName: Full=Probable inactive serine/threonine-protei... 89 6e-27 U11077_1(U11077\|pid:none) Dictyostelium discoideum extracellular... 93 8e-26 AY426249_1(AY426249\|pid:none) Tetrahymena thermophila putative M... 82 2e-25 (P42525) RecName: Full=Extracellular signal-regulated kinase 1; ... 88 2e-24 D21841_1(D21841\|pid:none) Arabidopsis thaliana mRNA for MAP kina... 79 5e-24 (Q39025) RecName: Full=Mitogen-activated protein kinase 5; ... 79 9e-24 (Q4PC06) RecName: Full=Mitogen-activated protein kinase HOG1; ... 74 9e-24 BT029454_1(BT029454\|pid:none) Arabidopsis thaliana At4g11330 mRN... 79 2e-23 EF677940_1(EF677940\|pid:none) Picea sitchensis clone WS0279_G16 ... 76 3e-23
protein update	2009. 4.11
PSORT	psg: 0.82 gvh: 0.53 alm: 0.22 top: 0.47 tms: 0.07 mit: 0.35 mip: 0.00 nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.00 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00 act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 1.00 tyr: 0.00 leu: 0.13 gpi: 0.00 myr: 0.00 dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 0.00 mNt: 1.00 m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 0.00 20.0 %: cytoplasmic 16.0 %: nuclear 16.0 %: vesicles of secretory system 12.0 %: plasma membrane 8.0 %: Golgi 8.0 %: endoplasmic reticulum 8.0 %: mitochondrial 4.0 %: extracellular, including cell wall 4.0 %: cytoskeletal 4.0 %: vacuolar >> prediction for AFH787 is cyt
5' end seq. ID	AFH787F
5' end seq.	>AFH787F.Seq ACTGTTGGCCTACTGGATATTTTTTTTATTACTAATAATTTAATTATTTGTATTATTATT CTATTACTTTTAATAATTTTAAATATAATATTTTTCAAATTATAATAAAAATGGATATTT ATTATATTCTAAATCACGATAATTCAGACAATAATATTTTTGATTTTGAAAATAATAGTG ATACTATTGATATTGGTAAAAATTATAAAAAATGCAATGGCCAAGGTCAAATGTTACCAC CACCTACATTAATAACACCATCCAATCAAAATGATACAGTAACTTATTATACCGATGGTC GTTCAATCTCTGTTCCAAGAAAGATGCTAATTGATCCAAATACAATTGTAGACTGTGGCA CCAATGGTATCATGTTTATTGCTTTTAATTTTGAAACTCAAAAAAGAGTAATTTTAAAAA AACTATCAAAAAGAATGTTTGATAATGAATTAAATGGCCATAGAATTATTAGAAATTTAA TTTTTCAAAATCTTTTCCAA----------
Length of 5' end seq.	500
3' end seq. ID	AFH787Z
3' end seq.	>AFH787Z.Seq NNNNNNNNNNTTGATAATGAATTAAATGGCCATAGAATTATTAGAAATTTAATTTTTCAA AATCTTTTCCAAGGTGGTAAACATATTTCAACCTATCAAAGTATTTTTAAAAGAAAATGT TCAGATTCATATCAACCTCCTTGACATCTTTCTAAATTCAATTATAAGTTCAAATGATAA TCCACAACAACATTCAACATTGATTCAACAAAAAGATGATGAAGATTTTTATTTTGAATC AATTCAACCACAATATTCATTATTGAATTTAATATCTAATAACATGCTTGATCAAGATGA TATTTGCCAATTGTTCTATGAAATTTTAATGGGTTTAAAGTTTATGCATTCTGCCGGAGT TATCCATAGAGATTTAGATCCAGAAAACTCAATTTTCGTTGATGAAAATTTTAATATTAA ATTCACAGAATTTAATAATTGCTTTCTATTAGATACTGATCCTACCTTTTTATTCAATAA GGAGTATATTACTAATACTTACTCTATCGTGCTCCTGAAACAATTTGGGGTGATTCTTTA TATACTGAAGCTACTGATGTTTGGGGTGCTGGTGTTTTATTTGCAGAACTATTGTTAGGT AAAAGATTATTTAGATCTTTCAACAGTAAAGAACATTTGAAATCAATTTATAAATTAATA GGTGCACCAAAAGCTTCAGAAGGAGCTTATGTTGTAAAAGGAGAATTATTGTTTTTCCTA ATGGAATATAATAGAAAAAATAGTTTTCAACCAACATTTAATAATACATTTATAGGCTGT AATCAAATTCAAATTGACCTTTTAAAAAATATGCTATGTTGGGATCCAAGAGATAGATAT TCAGTCAATGAAATTTTGGAAAGTCCATATTTTGAAAATATTCACGATAGAACAAATTTC ATTCCATGTGATAAAAATTTAAATGTTAATATTCATTTTGATATCTTAAATTTGAAACCC AACCAAATGACAAATTTAATTGATCAAGAATTTTTAAATCCAAGTTAAAATGAATTTTAA TTTTCAAAAACAATTATAATTTTATGTAAAGGTTAATATAAAAAAGGGGAAAAGAAA
Length of 3' end seq.	1077
Connected seq. ID	AFH787P
Connected seq.	>AFH787P.Seq ACTGTTGGCCTACTGGATATTTTTTTTATTACTAATAATTTAATTATTTGTATTATTATT CTATTACTTTTAATAATTTTAAATATAATATTTTTCAAATTATAATAAAAATGGATATTT ATTATATTCTAAATCACGATAATTCAGACAATAATATTTTTGATTTTGAAAATAATAGTG ATACTATTGATATTGGTAAAAATTATAAAAAATGCAATGGCCAAGGTCAAATGTTACCAC CACCTACATTAATAACACCATCCAATCAAAATGATACAGTAACTTATTATACCGATGGTC GTTCAATCTCTGTTCCAAGAAAGATGCTAATTGATCCAAATACAATTGTAGACTGTGGCA CCAATGGTATCATGTTTATTGCTTTTAATTTTGAAACTCAAAAAAGAGTAATTTTAAAAA AACTATCAAAAAGAATGTTTGATAATGAATTAAATGGCCATAGAATTATTAGAAATTTAA TTTTTCAAAATCTTTTCCAA----------TTGATAATGAATTAAATGGCCATAGAATTA TTAGAAATTTAATTTTTCAAAATCTTTTCCAAGGTGGTAAACATATTTCAACCTATCAAA GTATTTTTAAAAGAAAATGTTCAGATTCATATCAACCTCCTTGACATCTTTCTAAATTCA ATTATAAGTTCAAATGATAATCCACAACAACATTCAACATTGATTCAACAAAAAGATGAT GAAGATTTTTATTTTGAATCAATTCAACCACAATATTCATTATTGAATTTAATATCTAAT AACATGCTTGATCAAGATGATATTTGCCAATTGTTCTATGAAATTTTAATGGGTTTAAAG TTTATGCATTCTGCCGGAGTTATCCATAGAGATTTAGATCCAGAAAACTCAATTTTCGTT GATGAAAATTTTAATATTAAATTCACAGAATTTAATAATTGCTTTCTATTAGATACTGAT CCTACCTTTTTATTCAATAAGGAGTATATTACTAATACTTACTCTATCGTGCTCCTGAAA CAATTTGGGGTGATTCTTTATATACTGAAGCTACTGATGTTTGGGGTGCTGGTGTTTTAT TTGCAGAACTATTGTTAGGTAAAAGATTATTTAGATCTTTCAACAGTAAAGAACATTTGA AATCAATTTATAAATTAATAGGTGCACCAAAAGCTTCAGAAGGAGCTTATGTTGTAAAAG GAGAATTATTGTTTTTCCTAATGGAATATAATAGAAAAAATAGTTTTCAACCAACATTTA ATAATACATTTATAGGCTGTAATCAAATTCAAATTGACCTTTTAAAAAATATGCTATGTT GGGATCCAAGAGATAGATATTCAGTCAATGAAATTTTGGAAAGTCCATATTTTGAAAATA TTCACGATAGAACAAATTTCATTCCATGTGATAAAAATTTAAATGTTAATATTCATTTTG ATATCTTAAATTTGAAACCCAACCAAATGACAAATTTAATTGATCAAGAATTTTTAAATC CAAGTTAAAATGAATTTTAATTTTCAAAAACAATTATAATTTTATGTAAAGGTTAATATA AAAAAGGGGAAAAGAAA
Length of connected seq.	1567
Full length Seq ID	AFH787E
Full length Seq.	>AFH787E.Seq ACTGTTGGCCTACTGGATATTTTTTTTATTACTAATAATTTAATTATTTGTATTATTATT CTATTACTTTTAATAATTTTAAATATAATATTTTTCAAATTATAATAAAAATGGATATTT ATTATATTCTAAATCACGATAATTCAGACAATAATATTTTTGATTTTGAAAATAATAGTG ATACTATTGATATTGGTAAAAATTATAAAAAATGCAATGGCCAAGGTCAAATGTTACCAC CACCTACATTAATAACACCATCCAATCAAAATGATACAGTAACTTATTATACCGATGGTC GTTCAATCTCTGTTCCAAGAAAGATGCTAATTGATCCAAATACAATTGTAGACTGTGGCA CCAATGGTATCATGTTTATTGCTTTTAATTTTGAAACTCAAAAAAGAGTAATTTTAAAAA AACTATCAAAAAGAATGTTTGATAATGAATTAAATGGCCATAGAATTATTAGAAATTTAA TTTTTCAAAATCTTTTCCAAGGTGGTAAACATATTTCAACCTATCAAAGTATTTTTAAAA GAAAATGTTCAGATTCATATCAACCTCCTTGACATCTTTCTAAATTCAATTATAAGTTCA AATGATAATCCACAACAACATTCAACATTGATTCAACAAAAAGATGATGAAGATTTTTAT TTTGAATCAATTCAACCACAATATTCATTATTGAATTTAATATCTAATAACATGCTTGAT CAAGATGATATTTGCCAATTGTTCTATGAAATTTTAATGGGTTTAAAGTTTATGCATTCT GCCGGAGTTATCCATAGAGATTTAGATCCAGAAAACTCAATTTTCGTTGATGAAAATTTT AATATTAAATTCACAGAATTTAATAATTGCTTTCTATTAGATACTGATCCTACCTTTTTA TTCAATAAGGAGTATATTACTAATACTTACTCTATCGTGCTCCTGAAACAATTTGGGGTG ATTCTTTATATACTGAAGCTACTGATGTTTGGGGTGCTGGTGTTTTATTTGCAGAACTAT TGTTAGGTAAAAGATTATTTAGATCTTTCAACAGTAAAGAACATTTGAAATCAATTTATA AATTAATAGGTGCACCAAAAGCTTCAGAAGGAGCTTATGTTGTAAAAGGAGAATTATTGT TTTTCCTAATGGAATATAATAGAAAAAATAGTTTTCAACCAACATTTAATAATACATTTA TAGGCTGTAATCAAATTCAAATTGACCTTTTAAAAAATATGCTATGTTGGGATCCAAGAG ATAGATATTCAGTCAATGAAATTTTGGAAAGTCCATATTTTGAAAATATTCACGATAGAA CAAATTTCATTCCATGTGATAAAAATTTAAATGTTAATATTCATTTTGATATCTTAAATT TGAAACCCAACCAAATGACAAATTTAATTGATCAAGAATTTTTAAATCCAAGTTAAAATG AATTTTAATTTTCAAAAACAATTATAATTTTATGTAAAGGTTAATATAAAAAAGGGGAAA AGAAA
Length of full length seq.	1505

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas

Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview

Dicty_cDB

Atlas