>CHR403 (CHR403Q) /CSM/CH/CHR4-A/CHR403Q.Seq.d/
ATTTTATGTGTATATATAAATAAATAATTAAAATCAAAAGAAATGTCATTATTTTATACA
AAAGATGCAATTTCAGATTTCGAAAAAATACTAAATGGTTTAAATACATTTGATTCATTC
CCACCTTTAAGAATTTTATCTTTAGCAACTTATTGTAGAAAAGAAGAAGTTAAAGATTTT
TTTAGTTTTATAGATTCAAATGGTGATACTTGTTTAACATTTATAATTCAATCAACCGTT
GAAAATAATGTAACACAACAATATAGATCAATTGTAGATAAATTTAAATTATTAGAAGAA
AATATTGAACTTTTAAATTTACCAAATTCATATGGTGAGACACCATTACATGTTTCATCA
ATATCAAATAATATAGAGTTTATGAAATTATTAGTTTTACAAGGAGTTGATGGATCATTA
AAAGATAATAGAAATATGACAGCATTGGATATTGCGGTGATGATGGATCATAAAACAATT
ATTAAAGAATTAAAGAAATTGAAAACATCAATGATGACAATGGAACAAACATCAATTTAT
CAATGGGGTCAAATTTTAACAAGTAGTTTAACATTGAAATCATGTGCAXXXXXXXXXXTA
GAGTATTGTATATTAGTTTTCCATCAATTTCATCAATTTCAATATTATCATTATTATTGA
AATATATTTACTCTGATCATACTATTCTATCACAAAGCACTAATCAAGAGTTGGGTGAAT
TAGCACATAGTTTAGAAATTGAAAGATTAGCATACCTTTGTAATTTCTCACATGGTAAAT
CATTAGATAAATTACCAACATCAACATTACTTGAAGATTTTAGAATTTTAAAAGATCCTA
AATTCTCTTCAATTTATTCAGATATTAAATTTAAATGTATTAATAATGGTGGTGGTGGTG
GTGATGGTAATATGGTAGATGAGGCATATTTAGAAAAAAATAAACAACAAATTGAAACAG
TTGAAAGTTATAAATTATTTGCATATACAGGTTCAAGTTATTTTAAAACAATGTTAAGTG
GTAGTTTTATTGAAAGTAATAAAAAAGAGATTGAATTATTTGAAACTTCAGCATCAAGTT
TAAGATTACTTTTAAATTATTGTTACAGTGAAGAAATTCCAACCGATTCAAATGATTGTA
TTGATTGTATTATCATTTGTGATGTTCATCAAATTTCAAGAGCAAAAGATTCTTGTGCTG
CTAAAATTAGATCTCAAATTGATATTCAATACATTTGTTACATTTATCATATCTCTTTAA
TCTATAATGTAAAATTATTAAAAACTTGGTGTCAAGCTAATTTTAATAGTATAGCTGATA
TTAAAGCATTACCTTATTTTAATCAATTACCAATAGAAATTCAATCAGAATTAAATTCAA
TAAAGAAAAAATAT

ilcvyink*LKSKEMSLFYTKDAISDFEKILNGLNTFDSFPPLRILSLATYCRKEEVKDF
FSFIDSNGDTCLTFIIQSTVENNVTQQYRSIVDKFKLLEENIELLNLPNSYGETPLHVSS
ISNNIEFMKLLVLQGVDGSLKDNRNMTALDIAVMMDHKTIIKELKKLKTSMMTMEQTSIY
QWGQILTSSLTLKSCA---

---RVLYISFPSISSISILSLLLKYIYSDHTILSQSTNQELGELAHSLEIERLAYLCNFS
HGKSLDKLPTSTLLEDFRILKDPKFSSIYSDIKFKCINNGGGGGDGNMVDEAYLEKNKQQ
IETVESYKLFAYTGSSYFKTMLSGSFIESNKKEIELFETSASSLRLLLNYCYSEEIPTDS
NDCIDCIIICDVHQISRAKDSCAAKIRSQIDIQYICYIYHISLIYNVKLLKTWCQANFNS
IADIKALPYFNQLPIEIQSELNSIKKKY

Frame A:
ilcvyink*LKSKEMSLFYTKDAISDFEKILNGLNTFDSFPPLRILSLATYCRKEEVKDF
FSFIDSNGDTCLTFIIQSTVENNVTQQYRSIVDKFKLLEENIELLNLPNSYGETPLHVSS
ISNNIEFMKLLVLQGVDGSLKDNRNMTALDIAVMMDHKTIIKELKKLKTSMMTMEQTSIY
QWGQILTSSLTLKSCA---

---*sivy*fsinfinfniiiiieiyll*syysitkh*srvg*ist*frn*kisipl*fl
tw*iir*itninit*rf*nfkrs*ilfnlfry*i*my**wwwww*w*ygr*gifrkk*tt
n*ns*kl*iiciyrfklf*nnvkw*fy*k**krd*ii*nfsikfkitfklllq*rnsnrf
k*ly*lyyhl*cssnfkskrflcc*n*isn*ysihllhlsylfnl*ckiiknlvss*f**
ys*y*sitlf*sitnrnsirikfnkeki

Frame B:
fyvyi*inn*nqkkchyfiqkmqfqiskky*mv*ihlihshl*efyl*qlivekkklkif
lvl*iqmvilv*hl*fnqplkim*hnnidql*inlny*kkilnf*iyqihmvrhhymfhq
yqii*sl*ny*fykelmdh*kiiei*qhwilr**wiikqllkn*rn*khq**qwnkhqfi
ngvkf*qvv*h*nhv---

---RVLYISFPSISSISILSLLLKYIYSDHTILSQSTNQELGELAHSLEIERLAYLCNFS
HGKSLDKLPTSTLLEDFRILKDPKFSSIYSDIKFKCINNGGGGGDGNMVDEAYLEKNKQQ
IETVESYKLFAYTGSSYFKTMLSGSFIESNKKEIELFETSASSLRLLLNYCYSEEIPTDS
NDCIDCIIICDVHQISRAKDSCAAKIRSQIDIQYICYIYHISLIYNVKLLKTWCQANFNS
IADIKALPYFNQLPIEIQSELNSIKKKY

Frame C:
fmciyk*iikikrnviilykrcnfrfrkntkwfkyi*fiptfknfifsnll*krrs*rff
*fyrfkw*ylfniynsinr*k*cntti*incr*i*iirrky*tfkftkfiw*dtitcfin
ik*yrvyeiisftrs*wiikr**kydsigycgddgs*nny*rikeieninddngtninls
mgsnfnk*fnieimc---

---eycilvfhqfhqfqyyhyy*niftliilfyhkalikswvn*hiv*klkd*htfvish
mvnh*inyqhqhylkilef*kilnslqfiqilnlnvlimvvvvvmviw*mrhi*kkinnk
lkqlkvinylhiqvqvilkqc*vvvllkvikkrlnylklqhqv*dyf*iivtvkkfqpiq
mivlivlsfvmfikfqeqkilvllkldlklifntfvtfiisl*sim*ny*klgvkliliv
*lilkhylilinyq*kfnqn*iq*rkn

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

CHR403 (CHR403Q) /CSM/CH/CHR4-A/CHR403Q.Seq.d/                       1655   0.0
VHM793 (VHM793Q) /CSM/VH/VHM7-D/VHM793Q.Seq.d/                       1124   0.0
AHE852 (AHE852Q) /CSM/AH/AHE8-C/AHE852Q.Seq.d/                       1124   0.0
SHL337 (SHL337Q) /CSM/SH/SHL3-B/SHL337Q.Seq.d/                       1114   0.0
AHB482 (AHB482Q) /CSM/AH/AHB4-D/AHB482Q.Seq.d/                       1114   0.0
AHA333 (AHA333Q) /CSM/AH/AHA3-B/AHA333Q.Seq.d/                       1114   0.0
AHG396 (AHG396Q) /CSM/AH/AHG3-D/AHG396Q.Seq.d/                       1106   0.0
AHP708 (AHP708Q) /CSM/AH/AHP7-A/AHP708Q.Seq.d/                       1102   0.0
AHG147 (AHG147Q) /CSM/AH/AHG1-B/AHG147Q.Seq.d/                       1102   0.0
AHO218 (AHO218Q) /CSM/AH/AHO2-A/AHO218Q.Seq.d/                       1098   0.0

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

AC116979|AC116979.3 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 6445720-6776760 strain AX4, complete sequence.    40   9e-10  18
AE014843|AE014843.1 Plasmodium falciparum 3D7 chromosome 11 section 8 of 8 of the complete sequence.    36   4e-09  15
AE009951|AE009951.2 Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586, complete genome.    40   1e-07  20
CR382400|CR382400.1 Plasmodium falciparum chromosome 6, complete sequence; segment 3/5.    34   2e-07  16
AC116984|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence.    40   4e-07  17
BX842644|BX842644.1 Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC genomic DNA, complete  sequence; segment 3/4.    34   7e-07  19
AF063866|AF063866.1 Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus, complete genome.    38   2e-06  19
AC117075|AC117075.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047-5455781 strain AX4, complete sequence.    38   2e-06  17
AC116956|AC116956.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1418423-1684967 strain AX4, complete sequence.    36   2e-06  14
AL844509|AL844509.1 Plasmodium falciparum chromosome 13.           48   2e-06  10

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AF067946_5(AF067946|pid:none) Caenorhabditis elegans cosmid W02G...    49   3e-04
CT027583_5(CT027583|pid:none) Zebrafish DNA sequence from clone ...    49   5e-04
AL591589_2(AL591589|pid:none) Zebrafish DNA sequence from clone ...    49   5e-04
(Q5RGB8) RecName: Full=Kelch-like protein 26;  &BX936438_4(BX936...    48   7e-04
BC124287_1(BC124287|pid:none) Danio rerio kelch-like 26 (Drosoph...    48   7e-04
(Q66HD2) RecName: Full=Kelch-like protein 36;  &BC081914_1(BC081...    47   0.002
AK131135_1(AK131135|pid:none) Mus musculus mRNA for mFLJ00127 pr...    46   0.003
BC088734_1(BC088734|pid:none) Mus musculus kelch repeat and BTB ...    46   0.003
BX510646_4(BX510646|pid:none) Zebrafish DNA sequence from clone ...    46   0.003
BC160902_1(BC160902|pid:none) Rattus norvegicus kelch repeat and...    46   0.003

 psg: 0.68  gvh: 0.45  alm: 0.34  top: 0.53  tms: 0.00  mit: 0.21  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.60  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 32.0 %: nuclear
	 24.0 %: mitochondrial
	 24.0 %: cytoplasmic
	  8.0 %: vacuolar
	  8.0 %: peroxisomal
	  4.0 %: endoplasmic reticulum

>> prediction for CHR403 is nuc

>CHR403F.Seq
ATTTTATGTGTATATATAAATAAATAATTAAAATCAAAAGAAATGTCATTATTTTATACA
AAAGATGCAATTTCAGATTTCGAAAAAATACTAAATGGTTTAAATACATTTGATTCATTC
CCACCTTTAAGAATTTTATCTTTAGCAACTTATTGTAGAAAAGAAGAAGTTAAAGATTTT
TTTAGTTTTATAGATTCAAATGGTGATACTTGTTTAACATTTATAATTCAATCAACCGTT
GAAAATAATGTAACACAACAATATAGATCAATTGTAGATAAATTTAAATTATTAGAAGAA
AATATTGAACTTTTAAATTTACCAAATTCATATGGTGAGACACCATTACATGTTTCATCA
ATATCAAATAATATAGAGTTTATGAAATTATTAGTTTTACAAGGAGTTGATGGATCATTA
AAAGATAATAGAAATATGACAGCATTGGATATTGCGGTGATGATGGATCATAAAACAATT
ATTAAAGAATTAAAGAAATTGAAAACATCAATGATGACAATGGAACAAACATCAATTTAT
CAATGGGGTCAAATTTTAACAAGTAGTTTAACATTGAAATCATGTGCANNNNNNNNNN

>CHR403Z.Seq
NNNNNNNNNNTAGAGTATTGTATATTAGTTTTCCATCAATTTCATCAATTTCAATATTAT
CATTATTATTGAAATATATTTACTCTGATCATACTATTCTATCACAAAGCACTAATCAAG
AGTTGGGTGAATTAGCACATAGTTTAGAAATTGAAAGATTAGCATACCTTTGTAATTTCT
CACATGGTAAATCATTAGATAAATTACCAACATCAACATTACTTGAAGATTTTAGAATTT
TAAAAGATCCTAAATTCTCTTCAATTTATTCAGATATTAAATTTAAATGTATTAATAATG
GTGGTGGTGGTGGTGATGGTAATATGGTAGATGAGGCATATTTAGAAAAAAATAAACAAC
AAATTGAAACAGTTGAAAGTTATAAATTATTTGCATATACAGGTTCAAGTTATTTTAAAA
CAATGTTAAGTGGTAGTTTTATTGAAAGTAATAAAAAAGAGATTGAATTATTTGAAACTT
CAGCATCAAGTTTAAGATTACTTTTAAATTATTGTTACAGTGAAGAAATTCCAACCGATT
CAAATGATTGTATTGATTGTATTATCATTTGTGATGTTCATCAAATTTCAAGAGCAAAAG
ATTCTTGTGCTGCTAAAATTAGATCTCAAATTGATATTCAATACATTTGTTACATTTATC
ATATCTCTTTAATCTATAATGTAAAATTATTAAAAACTTGGTGTCAAGCTAATTTTAATA
GTATAGCTGATATTAAAGCATTACCTTATTTTAATCAATTACCAATAGAAATTCAATCAG
AATTAAATTCAATAAAGAAAAAATAT

>CHR403P.Seq
ATTTTATGTGTATATATAAATAAATAATTAAAATCAAAAGAAATGTCATTATTTTATACA
AAAGATGCAATTTCAGATTTCGAAAAAATACTAAATGGTTTAAATACATTTGATTCATTC
CCACCTTTAAGAATTTTATCTTTAGCAACTTATTGTAGAAAAGAAGAAGTTAAAGATTTT
TTTAGTTTTATAGATTCAAATGGTGATACTTGTTTAACATTTATAATTCAATCAACCGTT
GAAAATAATGTAACACAACAATATAGATCAATTGTAGATAAATTTAAATTATTAGAAGAA
AATATTGAACTTTTAAATTTACCAAATTCATATGGTGAGACACCATTACATGTTTCATCA
ATATCAAATAATATAGAGTTTATGAAATTATTAGTTTTACAAGGAGTTGATGGATCATTA
AAAGATAATAGAAATATGACAGCATTGGATATTGCGGTGATGATGGATCATAAAACAATT
ATTAAAGAATTAAAGAAATTGAAAACATCAATGATGACAATGGAACAAACATCAATTTAT
CAATGGGGTCAAATTTTAACAAGTAGTTTAACATTGAAATCATGTGCA----------TA
GAGTATTGTATATTAGTTTTCCATCAATTTCATCAATTTCAATATTATCATTATTATTGA
AATATATTTACTCTGATCATACTATTCTATCACAAAGCACTAATCAAGAGTTGGGTGAAT
TAGCACATAGTTTAGAAATTGAAAGATTAGCATACCTTTGTAATTTCTCACATGGTAAAT
CATTAGATAAATTACCAACATCAACATTACTTGAAGATTTTAGAATTTTAAAAGATCCTA
AATTCTCTTCAATTTATTCAGATATTAAATTTAAATGTATTAATAATGGTGGTGGTGGTG
GTGATGGTAATATGGTAGATGAGGCATATTTAGAAAAAAATAAACAACAAATTGAAACAG
TTGAAAGTTATAAATTATTTGCATATACAGGTTCAAGTTATTTTAAAACAATGTTAAGTG
GTAGTTTTATTGAAAGTAATAAAAAAGAGATTGAATTATTTGAAACTTCAGCATCAAGTT
TAAGATTACTTTTAAATTATTGTTACAGTGAAGAAATTCCAACCGATTCAAATGATTGTA
TTGATTGTATTATCATTTGTGATGTTCATCAAATTTCAAGAGCAAAAGATTCTTGTGCTG
CTAAAATTAGATCTCAAATTGATATTCAATACATTTGTTACATTTATCATATCTCTTTAA
TCTATAATGTAAAATTATTAAAAACTTGGTGTCAAGCTAATTTTAATAGTATAGCTGATA
TTAAAGCATTACCTTATTTTAATCAATTACCAATAGAAATTCAATCAGAATTAAATTCAA
TAAAGAAAAAATAT