>CHI234 (CHI234Q) /CSM/CH/CHI2-B/CHI234Q.Seq.d/
TGGATTAAAATAAAATTCATTTAATAATAATAACTTAATTTTTTTCATAGTATTCAAAGA
TATAATGAAAAACTTTTATTATTTTATATTAATTTTATTATTTTTTAATGAAGTTTGCTA
TTCATTAAAAGATGGTGAAATTAAACTTCATTTAATTCCACATTCACATTGTGATTCTGG
ATGGACATCAACAATGAACGAATATTATATGGGTCAAGTTAAAAGTATTATATCATCAAT
GGTTCAATCATTAAATGTTGAATCAAATCCACCTAGAAAATTTGTTTGGTCTGAAATTGG
ATTTTTAGAACAATGGTGGGATGATATGCCAATTGAAATTAAAAATGATTTTATAAAACA
TGTTAAAAATGATAGAATTGAATTTGTAAATGGTGGATGGGTAATGAATGATGAAGCATG
TGCAAGTTTAGAAAGTGTAATTAGACAATTATCAAATGGACATAAATTTATTAGAGAGAA
ATTTGGAAAACAACCAGAGAGTGGATGGCAAATTGATCCATTTGGACATTCATCATTGAC
ACCAACATTACAAGCTCAATTTGGTTATAAACATGTTGTATTGAATCGTATTCACTATGA
ATTGAAAAAGAAAXXXXXXXXXXTTAGAGATGATGCATAGAAAATCCAATTTCATCACAA
TCAGTTGAAGTTGGTAGAGAAACTCAAAGTTATTATCCAACTATTAATTCAGTTTATATC
GAATCTCAAAGTACTGGAAAAAGATTTGTTTGTAATAATGATAGATCAAGAGGTGTTTCA
AGTCAAGGTCAAGGTTGCTTGGAAATGGCATTACATAGAAGTTTAACTTATGAAGATGGT
AAAGGTTTAGAAATTCCTGCAATTGATGAATCCTCAATTAATGCACGTTTTGAATGTTAT
TTAGATGAAGTACCATCAAATTCACAACAATCGAATGGTGGTGGTGGTGGTGATGATATT
AGAAAACAATCAATTAATTATCAACATAAATTCCAAATTTATCAAGGTCAAGATTCTTCT
TATATGTCTTCAAAATCTTTTATGTTAAAACCATTACCAGAGTTTATTCATATTCTATCA
ATGGAAAGATCTGGTCCTCGTTCAATTAAATTAAGAATTCATAATATTGAAAATAATAAT
CAATCTCCAATCACTTTTGATTTAAACGGCTTATTCTCTTTTATCAAATCAATTAAATCA
ATTAAAGAATATAATTTATCTTTAATCAATAGATTCGTTGATAATAATATTGATAATATT
ATTTCTTCTCATCGTTCAATTGTTGGAAAAAATCTTTTCCCTATTAAAGATACTCCAACT
CGTTTCAACCCAATTAATACAAAACAAACTAAAATTACCTTATATCCATCAGAAATTAAA
GCAATGAAATTACTTATCATTAAAATTATGTATCAAATAAAA

glk*NSFNNNNLIFFIVFKDIMKNFYYFILILLFFNEVCYSLKDGEIKLHLIPHSHCDSG
WTSTMNEYYMGQVKSIISSMVQSLNVESNPPRKFVWSEIGFLEQWWDDMPIEIKNDFIKH
VKNDRIEFVNGGWVMNDEACASLESVIRQLSNGHKFIREKFGKQPESGWQIDPFGHSSLT
PTLQAQFGYKHVVLNRIHYELKKK---

---LEMMHRKSNFITIS*sw*rnskllsny*fslyriskywkkicl****ikrcfksrsr
llgngit*kfnl*rw*rfrnscn**iln*ctf*mlfr*stikfttiewwwww**y*ktin
*lst*ipnlsrsrfflyvfkifyvktitrvysysingkiwssfn*ikns*y*k**sisnh
f*fkrlilfyqin*in*ri*fifnq*ir***y**yyffssfncwkksfpy*rysnsfqpn
*yktn*nylisirn*sneityh*nyvsnk

Frame A:
wikikfi****lnffhsiqryneklllfyinfiif**sllfikrw*n*tsfnstftl*fw
mdinnerilygss*kyyiingsiikc*ikst*kiclv*nwifrtmvg*yan*n*k*fykt
c*k**n*ickwwmgne**smckfrkcn*tiikwt*iy*reiwkttrewman*siwtfiid
tnitssiwl*tcciesysl*ieke---

---LEMMHRKSNFITIS*sw*rnskllsny*fslyriskywkkicl****ikrcfksrsr
llgngit*kfnl*rw*rfrnscn**iln*ctf*mlfr*stikfttiewwwww**y*ktin
*lst*ipnlsrsrfflyvfkifyvktitrvysysingkiwssfn*ikns*y*k**sisnh
f*fkrlilfyqin*in*ri*fifnq*ir***y**yyffssfncwkksfpy*rysnsfqpn
*yktn*nylisirn*sneityh*nyvsnk

Frame B:
glk*NSFNNNNLIFFIVFKDIMKNFYYFILILLFFNEVCYSLKDGEIKLHLIPHSHCDSG
WTSTMNEYYMGQVKSIISSMVQSLNVESNPPRKFVWSEIGFLEQWWDDMPIEIKNDFIKH
VKNDRIEFVNGGWVMNDEACASLESVIRQLSNGHKFIREKFGKQPESGWQIDPFGHSSLT
PTLQAQFGYKHVVLNRIHYELKKK---

---*r*cienpissqsvevgretqsyyptinsvyiesqstgkrfvcnndrsrgvssqgqg
clemalhrsltyedgkgleipaidessinarfecyldevpsnsqqsngggggddirkqsi
nyqhkfqiyqgqdssymssksfmlkplpefihilsmersgprsiklrihniennnqspit
fdlnglfsfiksiksikeynlslinrfvdnnidniisshrsivgknlfpikdtptrfnpi
ntkqtkitlypseikamklliikimyqik

Frame C:
d*nkihliiit*ffs*yski**ktfiily*fyyflmkfaih*kmvklnfi*fhihivild
ghqq*tniiwvklkvlyhqwfnh*mlnqihlenlfglkldf*nnggmicqlklkmil*nm
lkmielnl*mvdg**mmkhvqv*kv*ldnyqmdinllernlennqrvdgklihldihh*h
qhyklnlvinmly*ivftmn*kr---

---rdda*kiqfhhnqlklveklkviiqlliqfisnlkvlekdlfvimidqevfqvkvkv
awkwhyiev*lmkmvkv*kflqlmnpqlmhvlnvi*mkyhqihnnrmvvvvvmilennql
iininskfikvkilliclqnllc*nhyqslfifyqwkdlvlvqln*efiilkiiinlqsl
li*taysllsnqlnqlkniiyl*sidsliiiliilfllivqllekifsllkilqlvstql
iqnklklpyihqklkq*nylslklcik*

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

SHL340 (SHL340Q) /CSM/SH/SHL3-B/SHL340Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHL334 (SHL334Q) /CSM/SH/SHL3-B/SHL334Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHL308 (SHL308Q) /CSM/SH/SHL3-A/SHL308Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHL163 (SHL163Q) /CSM/SH/SHL1-C/SHL163Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHK566 (SHK566Q) /CSM/SH/SHK5-C/SHK566Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHK514 (SHK514Q) /CSM/SH/SHK5-A/SHK514Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHK450 (SHK450Q) /CSM/SH/SHK4-C/SHK450Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHK365 (SHK365Q) /CSM/SH/SHK3-C/SHK365Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHK266 (SHK266Q) /CSM/SH/SHK2-C/SHK266Q.Seq.d/                       1003   0.0
SHJ890 (SHJ890Q) /CSM/SH/SHJ8-D/SHJ890Q.Seq.d/                       1003   0.0

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

AE017263|AE017263.1 Mesoplasma florum L1 complete genome.          36   4e-15  34
AC116957|AC116957.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1685067-2090751 strain AX4, complete sequence.    40   7e-14  25
AL844506|AL844506.1 Plasmodium falciparum chromosome  7.           40   1e-11  26
AC116984|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence.    40   3e-11  29
AC116982|AC116982.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 3622643-3879522 strain AX4, complete sequence.    36   2e-10  22
BA000016|BA000016.3 Clostridium perfringens str. 13 DNA, complete genome.    38   3e-10  33
BA000026|BA000026.2 Mycoplasma penetrans HF-2 DNA, complete genome.    38   2e-09  29
CR382400|CR382400.1 Plasmodium falciparum chromosome 6, complete sequence; segment 3/5.    32   2e-09  24
AX392733|AX392733.1 Sequence 23 from Patent WO0212526.             44   6e-09  11
AC116986|AC116986.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2234041-2567370 strain AX4, complete sequence.    36   2e-08  23

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

(Q54YC4) RecName: Full=Alpha-mannosidase D;          EC=3.2.1.24...   149   3e-34
(Q54YF7) RecName: Full=Alpha-mannosidase B;          EC=3.2.1.24...   147   9e-34
AL391146_7(AL391146|pid:none) Arabidopsis thaliana DNA chromosom...   144   7e-33
BC142656_1(BC142656|pid:none) Homo sapiens mannosidase, alpha, c...   143   1e-32
(P27046) RecName: Full=Alpha-mannosidase 2;          EC=3.2.1.11...   143   2e-32
AB011474_23(AB011474|pid:none) Arabidopsis thaliana genomic DNA,...   142   4e-32
(P28494) RecName: Full=Alpha-mannosidase 2;          EC=3.2.1.11...   141   5e-32
M24353_1(M24353|pid:none) Rattus norvegicus alpha-mannosidase II...   141   5e-32
AK161799_1(AK161799|pid:none) Mus musculus 13 days embryo male t...   140   1e-31
AF107018_1(AF107018|pid:none) Mus musculus alpha-mannosidase IIx...   140   1e-31

 psg: 0.94  gvh: 0.66  alm: 0.50  top: 0.47  tms: 0.00  mit: 0.29  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.00  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 0.00  tyr: 0.00  leu: 0.00  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 0.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 1.00 

	 36.0 %: extracellular, including cell wall
	 28.0 %: cytoplasmic
	 16.0 %: mitochondrial
	  8.0 %: cytoskeletal
	  8.0 %: nuclear
	  4.0 %: vacuolar

>> prediction for CHI234 is exc

>CHI234F.Seq
TGGATTAAAATAAAATTCATTTAATAATAATAACTTAATTTTTTTCATAGTATTCAAAGA
TATAATGAAAAACTTTTATTATTTTATATTAATTTTATTATTTTTTAATGAAGTTTGCTA
TTCATTAAAAGATGGTGAAATTAAACTTCATTTAATTCCACATTCACATTGTGATTCTGG
ATGGACATCAACAATGAACGAATATTATATGGGTCAAGTTAAAAGTATTATATCATCAAT
GGTTCAATCATTAAATGTTGAATCAAATCCACCTAGAAAATTTGTTTGGTCTGAAATTGG
ATTTTTAGAACAATGGTGGGATGATATGCCAATTGAAATTAAAAATGATTTTATAAAACA
TGTTAAAAATGATAGAATTGAATTTGTAAATGGTGGATGGGTAATGAATGATGAAGCATG
TGCAAGTTTAGAAAGTGTAATTAGACAATTATCAAATGGACATAAATTTATTAGAGAGAA
ATTTGGAAAACAACCAGAGAGTGGATGGCAAATTGATCCATTTGGACATTCATCATTGAC
ACCAACATTACAAGCTCAATTTGGTTATAAACATGTTGTATTGAATCGTATTCACTATGA
ATTGAAAAAGAAANNNNNNNNNN

>CHI234Z.Seq
NNNNNNNNNNTTAGAGATGATGCATAGAAAATCCAATTTCATCACAATCAGTTGAAGTTG
GTAGAGAAACTCAAAGTTATTATCCAACTATTAATTCAGTTTATATCGAATCTCAAAGTA
CTGGAAAAAGATTTGTTTGTAATAATGATAGATCAAGAGGTGTTTCAAGTCAAGGTCAAG
GTTGCTTGGAAATGGCATTACATAGAAGTTTAACTTATGAAGATGGTAAAGGTTTAGAAA
TTCCTGCAATTGATGAATCCTCAATTAATGCACGTTTTGAATGTTATTTAGATGAAGTAC
CATCAAATTCACAACAATCGAATGGTGGTGGTGGTGGTGATGATATTAGAAAACAATCAA
TTAATTATCAACATAAATTCCAAATTTATCAAGGTCAAGATTCTTCTTATATGTCTTCAA
AATCTTTTATGTTAAAACCATTACCAGAGTTTATTCATATTCTATCAATGGAAAGATCTG
GTCCTCGTTCAATTAAATTAAGAATTCATAATATTGAAAATAATAATCAATCTCCAATCA
CTTTTGATTTAAACGGCTTATTCTCTTTTATCAAATCAATTAAATCAATTAAAGAATATA
ATTTATCTTTAATCAATAGATTCGTTGATAATAATATTGATAATATTATTTCTTCTCATC
GTTCAATTGTTGGAAAAAATCTTTTCCCTATTAAAGATACTCCAACTCGTTTCAACCCAA
TTAATACAAAACAAACTAAAATTACCTTATATCCATCAGAAATTAAAGCAATGAAATTAC
TTATCATTAAAATTATGTATCAAATAAAA

>CHI234P.Seq
TGGATTAAAATAAAATTCATTTAATAATAATAACTTAATTTTTTTCATAGTATTCAAAGA
TATAATGAAAAACTTTTATTATTTTATATTAATTTTATTATTTTTTAATGAAGTTTGCTA
TTCATTAAAAGATGGTGAAATTAAACTTCATTTAATTCCACATTCACATTGTGATTCTGG
ATGGACATCAACAATGAACGAATATTATATGGGTCAAGTTAAAAGTATTATATCATCAAT
GGTTCAATCATTAAATGTTGAATCAAATCCACCTAGAAAATTTGTTTGGTCTGAAATTGG
ATTTTTAGAACAATGGTGGGATGATATGCCAATTGAAATTAAAAATGATTTTATAAAACA
TGTTAAAAATGATAGAATTGAATTTGTAAATGGTGGATGGGTAATGAATGATGAAGCATG
TGCAAGTTTAGAAAGTGTAATTAGACAATTATCAAATGGACATAAATTTATTAGAGAGAA
ATTTGGAAAACAACCAGAGAGTGGATGGCAAATTGATCCATTTGGACATTCATCATTGAC
ACCAACATTACAAGCTCAATTTGGTTATAAACATGTTGTATTGAATCGTATTCACTATGA
ATTGAAAAAGAAA----------TTAGAGATGATGCATAGAAAATCCAATTTCATCACAA
TCAGTTGAAGTTGGTAGAGAAACTCAAAGTTATTATCCAACTATTAATTCAGTTTATATC
GAATCTCAAAGTACTGGAAAAAGATTTGTTTGTAATAATGATAGATCAAGAGGTGTTTCA
AGTCAAGGTCAAGGTTGCTTGGAAATGGCATTACATAGAAGTTTAACTTATGAAGATGGT
AAAGGTTTAGAAATTCCTGCAATTGATGAATCCTCAATTAATGCACGTTTTGAATGTTAT
TTAGATGAAGTACCATCAAATTCACAACAATCGAATGGTGGTGGTGGTGGTGATGATATT
AGAAAACAATCAATTAATTATCAACATAAATTCCAAATTTATCAAGGTCAAGATTCTTCT
TATATGTCTTCAAAATCTTTTATGTTAAAACCATTACCAGAGTTTATTCATATTCTATCA
ATGGAAAGATCTGGTCCTCGTTCAATTAAATTAAGAATTCATAATATTGAAAATAATAAT
CAATCTCCAATCACTTTTGATTTAAACGGCTTATTCTCTTTTATCAAATCAATTAAATCA
ATTAAAGAATATAATTTATCTTTAATCAATAGATTCGTTGATAATAATATTGATAATATT
ATTTCTTCTCATCGTTCAATTGTTGGAAAAAATCTTTTCCCTATTAAAGATACTCCAACT
CGTTTCAACCCAATTAATACAAAACAAACTAAAATTACCTTATATCCATCAGAAATTAAA
GCAATGAAATTACTTATCATTAAAATTATGTATCAAATAAAA