>AFF422 (AFF422Q) /CSM/AF/AFF4-A/AFF422Q.Seq.d/
ACATCCACACCAATCCCAAACACAATGATTTCAAATCATAATAAAATAAATAATATTGAT
AATAATAAAAAGTGTACACTTCACCCAAATAAAGATATAGTATTCTTTTGTTTAGATTGT
AAATTAATACCATGTTGTATTCAATGTACATCAAGTAAAGGTGAACATCATGGTCATAAA
ACTGATCCATTAGAATCAACTTCAAATATTCTTTCATTAATGAATAATTTTAAAAATGAT
ATATACCAAAAAGTAATTGAAAGAATAGAAATCAATGAAACAATATTACAAGAATCAAAT
GATAAATACAATGAAATTCAATCACAATTTGATATTAATAATAATTCATTAAAAAAAGAA
ATTAAAAAAATTCATGATATCATTTCAATCATAGAATTAGATATTAAAAAACAATTAGAA
ACAACCTTTGAAAATAATACATTAATAAATACAATTATAACTTCTTCAATCAATAATGAT
AATCAAATACTTTCAACTATAATTAATAATAATAATGAAAATGAAAATGATAGAACTACA
ACTATTGAAAAATTAAATGAAATTATAAAATTTAATGATCAACAAATTTATGATAATGGA
GAAGATTTTATTATTGATAGAGATACAATXXXXXXXXXXAGTTTTATGTTTATATAGAGG
ATGATTCATTTAAATTTAAGGAGAATGAAGGTATAGCATTCAAAGACAATTGTAATATTT
TATCAAAATTAAAAAATCAATTACCATCTACTGTAATGCTCTTGGATAGATTCAATCAAA
AATTAACACCTGGTATATTACCAGATGGCGTTAAATCCTTGTATTTAGGTGATATTAAAC
AAGAATTAATGATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCATGTCTCTTTATTGGATGGAT
TCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTACCAGATAGTATTAAATTGTTGTATTTAGGCG
ATATTAAACAAGAATTAATGATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCTTGTCTCTTTAA
AAGATGGATTCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTACCAGATGGTGTTAAATCCTTGT
ATTTAGGCGATATTAAACAAGAATTAATAATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCGTG
TTACTTTAAAAGATGGATTCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTACCAGATGGTGTTG
AATCGTTGCGTTTAGGCGATATTAAACAAGAATTAATAATTGGTTCAATTCCTAATACTG
TAAAGGAAGTAAAAGTTTTCACAAGTTTTAAACATCAAATTGAACCTTATGTTTCAAAAA
ATGTAAAAATAATTAAATAGAATTCAGAAAAATAACATTAGGGTTAAATTAAACAA

TSTPIPNTMISNHNKINNIDNNKKCTLHPNKDIVFFCLDCKLIPCCIQCTSSKGEHHGHK
TDPLESTSNILSLMNNFKNDIYQKVIERIEINETILQESNDKYNEIQSQFDINNNSLKKE
IKKIHDIISIIELDIKKQLETTFENNTLINTIITSSINNDNQILSTIINNNNENENDRTT
TIEKLNEIIKFNDQQIYDNGEDFIIDRDT---

---FYVYIEDDSFKFKENEGIAFKDNCNILSKLKNQLPSTVMLLDRFNQKLTPGILPDGV
KSLYLGDIKQELMIGSIPNTVTHVSLLDGFNQKLTPGILPDSIKLLYLGDIKQELMIGSI
PNTVTLVSLKDGFNQKLTPGILPDGVKSLYLGDIKQELIIGSIPNTVTRVTLKDGFNQKL
TPGILPDGVESLRLGDIKQELIIGSIPNTVKEVKVFTSFKHQIEPYVSKNVKIIK*nsek
*h*g*ikq

Frame A:
TSTPIPNTMISNHNKINNIDNNKKCTLHPNKDIVFFCLDCKLIPCCIQCTSSKGEHHGHK
TDPLESTSNILSLMNNFKNDIYQKVIERIEINETILQESNDKYNEIQSQFDINNNSLKKE
IKKIHDIISIIELDIKKQLETTFENNTLINTIITSSINNDNQILSTIINNNNENENDRTT
TIEKLNEIIKFNDQQIYDNGEDFIIDRDT---

---sfmfi*rmihlnlrrmkv*hsktivifyqn*kinyhll*cswidsikn*hlvyyqma
lnpci*vilnkn**lvqflil*lmslywmdsikn*hqvyyqivlncci*ailnkn**lvq
flil*llsl*kmdsikn*hqvyyqmvlnpci*ailnkn**lvqflil*lvll*kmdsikn
*hqvyyqmvlnrcv*ailnkn**lvqflil*rk*kfsqvlniklnlmfqkm*k*lnriqk
nnirvkln

Frame B:
hphqsqtq*fqiiik*iiliiiksvhftqiki*ysfv*ivn*yhvvfnvhqvkvnimvik
lih*nqlqiffh**iilkmiytkk*lke*ksmkqyyknqmintmkfnhnliliiih*kkk
lkkfmisfqs*n*ilknn*kqplkiih**iql*llqsimiikyfql*liiimkmkmielq
llkn*mkl*nlminkfmimekilllieiq---

---vlclyrg*fi*i*ge*rysiqrql*yfikikksitiycnalg*iqskintwyitrwr
*ilvfr*y*trindwfns*ycnsclfigwiqskintryitr*y*ivvfrry*trindwfn
s*ycnsclfkrwiqskintryitrwc*ilvfrry*trinnwfns*ycnscyfkrwiqski
ntryitrwc*ivafrry*trinnwfns*yckgsksfhkf*tsn*tlcfkkcknn*iefrk
itlgln*t

Frame C:
ihtnpkhndfks**nk*y****kvytspk*rysillfrl*intmlysmyik*r*tsws*n
*sirinfkysfine*f*k*yipksn*knrnq*nnitrik**iq*nsiti*y***fikkrn
*kns*yhfnhriry*ktirnnl*k*yinkynynffnq***sntfnyn*****k*k**nyn
y*kik*nyki**stnl**wrrfyy**ryn---

---FYVYIEDDSFKFKENEGIAFKDNCNILSKLKNQLPSTVMLLDRFNQKLTPGILPDGV
KSLYLGDIKQELMIGSIPNTVTHVSLLDGFNQKLTPGILPDSIKLLYLGDIKQELMIGSI
PNTVTLVSLKDGFNQKLTPGILPDGVKSLYLGDIKQELIIGSIPNTVTRVTLKDGFNQKL
TPGILPDGVESLRLGDIKQELIIGSIPNTVKEVKVFTSFKHQIEPYVSKNVKIIK*nsek
*h*g*ikq

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

AFF422 (AFF422Q) /CSM/AF/AFF4-A/AFF422Q.Seq.d/                       1501   0.0
VFO758 (VFO758Q) /CSM/VF/VFO7-C/VFO758Q.Seq.d/                       1277   0.0
AHA770 (AHA770Q) /CSM/AH/AHA7-C/AHA770Q.Seq.d/                        724   0.0
SHK223 (SHK223Q) /CSM/SH/SHK2-A/SHK223Q.Seq.d/                        722   0.0
CHN864 (CHN864Q) /CSM/CH/CHN8-C/CHN864Q.Seq.d/                        722   0.0
SHL146 (SHL146Q) /CSM/SH/SHL1-B/SHL146Q.Seq.d/                        720   0.0
SHA265 (SHA265Q) /CSM/SH/SHA2-C/SHA265Q.Seq.d/                        720   0.0
CHG642 (CHG642Q) /CSM/CH/CHG6-B/CHG642Q.Seq.d/                        714   0.0
VHD862 (VHD862Q) /CSM/VH/VHD8-C/VHD862Q.Seq.d/                        694   0.0
SHI331 (SHI331Q) /CSM/SH/SHI3-B/SHI331Q.Seq.d/                        535   e-151

                                                             Score    E
Sequences producing significant alignments:                  (bits) Value  N

U66528|U66528.1 Dictyostelium discoideum CigB (cigB) mRNA, partial cds.   167   e-164  11
AC116987|AC116987.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 3527441-3568052 strain AX4, complete sequence.   258   e-132  9
AC116551|AC116551.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map complement(581327-427576) strain AX4, complete sequence.   139   e-128  20
AC116982|AC116982.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 3622643-3879522 strain AX4, complete sequence.    98   2e-57  21
AC116957|AC116957.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1685067-2090751 strain AX4, complete sequence.    42   4e-18  24
AC116305|AC116305.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1005175-1418323 strain AX4, complete sequence.    44   3e-13  28
AC115599|AC115599.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4229098-4354721 strain AX4, complete sequence.    42   9e-12  18
AC116963|AC116963.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4657875-4914984 strain AX4, complete sequence.    32   4e-11  22
AF019982|AF019982.1 Dictyostelium discoideum PksA (pksA) gene, partial cds.    78   2e-10  2
AC115598|AC115598.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 581427-735498 strain AX4, complete sequence.    44   3e-10  17

                                                                 Score    E
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value

(Q94481) RecName: Full=FNIP repeat-containing protein cigB;           283   1e-74
U66528_1(U66528|pid:none) Dictyostelium discoideum CigB (cigB) m...   283   1e-74
AC116982_8(AC116982|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...   245   3e-63
(Q54FS2) RecName: Full=FNIP repeat-containing protein DDB_G02906...   203   1e-50
(Q54FS1) RecName: Full=FNIP repeat-containing protein DDB_G02906...   192   2e-47
AC116987_15(AC116987|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   172   3e-45
AC115604_12(AC115604|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   162   3e-38
AC114265_1(AC114265|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...   148   4e-34
AC117076_9(AC117076|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom...   139   2e-31
AC115680_16(AC115680|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso...   134   9e-30

 psg: 0.82  gvh: 0.55  alm: 0.32  top: 0.57  tms: 0.07  mit: 0.32  mip: 0.00
 nuc: 0.00  erl: 0.00  erm: 0.60  pox: 0.00  px2: 0.00  vac: 0.00  rnp: 0.00
 act: 0.00  caa: 0.00  yqr: 1.00  tyr: 0.00  leu: 0.04  gpi: 0.00  myr: 0.00
 dna: 0.00  rib: 0.00  bac: 0.00  m1a: 0.00  m1b: 1.00  m2 : 0.00  mNt: 0.00
 m3a: 0.00  m3b: 0.00  m_ : 0.00 

	 28.0 %: cytoplasmic
	 24.0 %: mitochondrial
	 24.0 %: nuclear
	  8.0 %: plasma membrane
	  8.0 %: endoplasmic reticulum
	  4.0 %: vesicles of secretory system
	  4.0 %: peroxisomal

>> prediction for AFF422 is cyt

>AFF422F.Seq
ACATCCACACCAATCCCAAACACAATGATTTCAAATCATAATAAAATAAATAATATTGAT
AATAATAAAAAGTGTACACTTCACCCAAATAAAGATATAGTATTCTTTTGTTTAGATTGT
AAATTAATACCATGTTGTATTCAATGTACATCAAGTAAAGGTGAACATCATGGTCATAAA
ACTGATCCATTAGAATCAACTTCAAATATTCTTTCATTAATGAATAATTTTAAAAATGAT
ATATACCAAAAAGTAATTGAAAGAATAGAAATCAATGAAACAATATTACAAGAATCAAAT
GATAAATACAATGAAATTCAATCACAATTTGATATTAATAATAATTCATTAAAAAAAGAA
ATTAAAAAAATTCATGATATCATTTCAATCATAGAATTAGATATTAAAAAACAATTAGAA
ACAACCTTTGAAAATAATACATTAATAAATACAATTATAACTTCTTCAATCAATAATGAT
AATCAAATACTTTCAACTATAATTAATAATAATAATGAAAATGAAAATGATAGAACTACA
ACTATTGAAAAATTAAATGAAATTATAAAATTTAATGATCAACAAATTTATGATAATGGA
GAAGATTTTATTATTGATAGAGATACAAT----------

>AFF422Z.Seq
----------AGTTTTATGTTTATATAGAGGATGATTCATTTAAATTTAAGGAGAATGAA
GGTATAGCATTCAAAGACAATTGTAATATTTTATCAAAATTAAAAAATCAATTACCATCT
ACTGTAATGCTCTTGGATAGATTCAATCAAAAATTAACACCTGGTATATTACCAGATGGC
GTTAAATCCTTGTATTTAGGTGATATTAAACAAGAATTAATGATTGGTTCAATTCCTAAT
ACTGTAACTCATGTCTCTTTATTGGATGGATTCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTA
CCAGATAGTATTAAATTGTTGTATTTAGGCGATATTAAACAAGAATTAATGATTGGTTCA
ATTCCTAATACTGTAACTCTTGTCTCTTTAAAAGATGGATTCAATCAAAAATTAACACCA
GGTATATTACCAGATGGTGTTAAATCCTTGTATTTAGGCGATATTAAACAAGAATTAATA
ATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCGTGTTACTTTAAAAGATGGATTCAATCAAAAA
TTAACACCAGGTATATTACCAGATGGTGTTGAATCGTTGCGTTTAGGCGATATTAAACAA
GAATTAATAATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAAAGGAAGTAAAAGTTTTCACAAGTTTT
AAACATCAAATTGAACCTTATGTTTCAAAAAATGTAAAAATAATTAAATAGAATTCAGAA
AAATAACATTAGGGTTAAATTAAACAA

>AFF422P.Seq
ACATCCACACCAATCCCAAACACAATGATTTCAAATCATAATAAAATAAATAATATTGAT
AATAATAAAAAGTGTACACTTCACCCAAATAAAGATATAGTATTCTTTTGTTTAGATTGT
AAATTAATACCATGTTGTATTCAATGTACATCAAGTAAAGGTGAACATCATGGTCATAAA
ACTGATCCATTAGAATCAACTTCAAATATTCTTTCATTAATGAATAATTTTAAAAATGAT
ATATACCAAAAAGTAATTGAAAGAATAGAAATCAATGAAACAATATTACAAGAATCAAAT
GATAAATACAATGAAATTCAATCACAATTTGATATTAATAATAATTCATTAAAAAAAGAA
ATTAAAAAAATTCATGATATCATTTCAATCATAGAATTAGATATTAAAAAACAATTAGAA
ACAACCTTTGAAAATAATACATTAATAAATACAATTATAACTTCTTCAATCAATAATGAT
AATCAAATACTTTCAACTATAATTAATAATAATAATGAAAATGAAAATGATAGAACTACA
ACTATTGAAAAATTAAATGAAATTATAAAATTTAATGATCAACAAATTTATGATAATGGA
GAAGATTTTATTATTGATAGAGATACAAT----------AGTTTTATGTTTATATAGAGG
ATGATTCATTTAAATTTAAGGAGAATGAAGGTATAGCATTCAAAGACAATTGTAATATTT
TATCAAAATTAAAAAATCAATTACCATCTACTGTAATGCTCTTGGATAGATTCAATCAAA
AATTAACACCTGGTATATTACCAGATGGCGTTAAATCCTTGTATTTAGGTGATATTAAAC
AAGAATTAATGATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCATGTCTCTTTATTGGATGGAT
TCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTACCAGATAGTATTAAATTGTTGTATTTAGGCG
ATATTAAACAAGAATTAATGATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCTTGTCTCTTTAA
AAGATGGATTCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTACCAGATGGTGTTAAATCCTTGT
ATTTAGGCGATATTAAACAAGAATTAATAATTGGTTCAATTCCTAATACTGTAACTCGTG
TTACTTTAAAAGATGGATTCAATCAAAAATTAACACCAGGTATATTACCAGATGGTGTTG
AATCGTTGCGTTTAGGCGATATTAAACAAGAATTAATAATTGGTTCAATTCCTAATACTG
TAAAGGAAGTAAAAGTTTTCACAAGTTTTAAACATCAAATTGAACCTTATGTTTCAAAAA
ATGTAAAAATAATTAAATAGAATTCAGAAAAATAACATTAGGGTTAAATTAAACAA