CFJ201 [Dicty_cDB - Dictyostelium discoideum cDNA Clone Overview]

CFJ201
Library	CF (Link to library)
Clone ID	CFJ201 (Link to dictyBase)
Atlas ID	-
NBRP ID	-
dictyBase ID	-
Link to Contig	Contig-U15722-1
Original site URL	http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/CSM/CF/CFJ2-A/CFJ201Q.Seq.d/
Representative seq. ID	CFJ201P (Link to Original site)
Representative DNA sequence	>CFJ201 (CFJ201Q) /CSM/CF/CFJ2-A/CFJ201Q.Seq.d/ TTCAAAAGCAAAAGCATTCGAATATCAATACTACAAATGTCCACTCAATTGTTCAACACC AAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAA TTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAA TAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCG ATGTCCACTCAATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTAC ATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTC GACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTT TGGTAATTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTG TGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATT CACTCAATGCCCACTCTATTGTTCAACACCAAATGGTACTTGTGATATTAATAGTGGTAT TTGTACATGTGATAATGAACATATTGGTAATGGTTGCGAAATTAXXXXXXXXXXATAATA ANACTGGTAATTGTACATGCCCATAATGGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCG ATGTCCACTCGATTGTTCGACCACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTA CATGCCCATAATGAACATTTTGGTAATTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGT TCGACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACAT TTTGGTAATGGTTGTGAATTCACTCAATGCCCACTCTATTGTTCAACACCAAATGGTACT TGTGATATTAATAGTGGTATTTGTACATGTGATAATGAACATATTGGTAATGGTTGCGAA ATTAAATTTATTGAATGTAAACATAAATGTTCAACCAAACATGGAATATGTGATAATGAT AGTGGTAATTGTAAATGTGATACTCAAACAAAAGGATTAACGTGTGAAGAATCAAGATTA TTAATTGAATCATTAGACTCAATCAATTCAAAAGGTGGTACAATAAATATAATTGGTTAT TTTGGAAATACAACATCATTATTAACAATTAAAATTGGTGAATCACAATGTAAAAATATC AAAGTATTCAATGAAACAACATTAAAATGTGATATTGGTGAAGGTAAAGGTATTCATAAT ATTACAATCATTGATGATGACCTTTCGTTCACAGCAATCAATAAGTTCCAATATCTCGAT GAAAAAACAAAAATCTCAAAAATATCGAGAGGTGCAATTGCTGGTATTGTTGTTGGTTGT GTTGTTGCTGTTTCATTAATTGGTTCTATTGCTTTTTATTATCATCACAAAAATAAAAAG GTTAATCTTTCTTCTAAAAACTAAAATAAAATTTAACCATTAGGTTTTT
sequence update	2001.11.22
Translated Amino Acid sequence	SKAKAFEYQYYKCPLNCSTPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNSCEFTRCPLDCSTPNGTCDN NTGNCTCHNEHFGNGCEFTRCPLNCSTPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNGCEFTRCPLDCS TPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNSCEFTRCPLDCSTPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNGCEF TQCPLYCSTPNGTCDINSGICTCDNEHIGNGCEI--- ---IIXLVIVHAHNGTFWwliysmstrlfdhqmvlviiilvivhahnehfgnsceftr cpldcstpngtcdnntgnctchnehfgngceftqcplycstpngtcdinsgictcdnehi gngceikfieckhkcstkhgicdndsgnckcdtqtkgltceesrlliesldsinskggti niigyfgnttslltikigesqcknikvfnettlkcdigegkgihnitiidddlsftaink fqyldektkiskisrgaiagivvgcvvavsligsiafyyhhknkkvnlssknnkiplg f
Translated Amino Acid sequence (All Frames)	Frame A: fksksirisilqmstqlfntkwyl**ywlymp*tfwfliysmstrlfdtkwyl* ywlymp*tfwwliysmstqlfdtkwyl*ywlymp*tfwwliysmstrlf dtkwyl*ywlymp*tfwfliysmstrlfdtkwyl*ywlymp*tfwwli hsmptllfntkwylywylymtywwlrn--- ---IIXLVIVHAHNGTFWwliysmstrlfdhqmvlviiilvivhahnehfgnsceftr cpldcstpngtcdnntgnctchnehfgngceftqcplycstpngtcdinsgictcdnehi gngceikfieckhkcstkhgicdndsgnckcdtqtkgltceesrlliesldsinskggti niigyfgnttslltikigesqcknikvfnettlkcdigegkgihnitiidddlsftaink fqyldektkiskisrgaiagivvgcvvavsligsiafyyhhknkkvnlssknnkiplg f Frame B: SKAKAFEYQYYKCPLNCSTPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNSCEFTRCPLDCSTPNGTCDN NTGNCTCHNEHFGNGCEFTRCPLNCSTPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNGCEFTRCPLDCS TPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNSCEFTRCPLDCSTPNGTCDNNTGNCTCHNEHFGNGCEF TQCPLYCSTPNGTCDINSGICTCDNEHIGNGCEI--- ---*xwlympimehfgngceftrcpldcsttkwyl**ywlympimnilvilvnlld vhsivrhqmvlviiilvivhaimnilvmvvnslnahsivqhqmvlvilivvfvhvimnil vmvaklnllnvninvqpnmeyvimivvivnvilkqkdrvknqdylnhtqsiqkvvq ilvileiqhhyqlklvnhnvkiskysmkqhnvilvkvkvfiilqslmmtfrsqqsis snismkkqksqkyrevqllvlllvvlllfhlvlllfiiitkikrlifllktkikfnhv f Frame C: qkqkhsninttnvhsivqhqmvlviiilvivhaimnilvilvnlldvhsivrhqmvlvii ilvivhaimnilvmvvnlldvhsivrhqmvlviiilvivhaimnilvmvvnlldvhsivr hqmvlviiilvivhaimnilvilvnlldvhsivrhqmvlviiilvivhaimnilvmvvns lnahsivqhqmvlvilivvfvhvimnilvmvakl--- ---nxtgnctcpwnilvmvvnlldvhsivrppngtcdnntgnctcp*tfwfliysm strlfdtkwyl*ywlymp*tfwwlihsmptllfntkwylywylymtyw wlrniymtmfnqtwnm***wlmysnkrinvrikiiniirlnqfkrwynk ynwlfwkyniiinnnwitmkyqsiqnnikmywrrysyynh**pfvhsnqv pisrknknlkniercncwyccwlccccfinwfycfllssqkkgsffklk*nltirf
Homology vs CSM-cDNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value CFJ201 (CFJ201Q) /CSM/CF/CFJ2-A/CFJ201Q.Seq.d/ 2672 0.0 VHA768 (VHA768Q) /CSM/VH/VHA7-C/VHA768Q.Seq.d/ 1382 0.0 AHB721 (AHB721Q) /CSM/AH/AHB7-A/AHB721Q.Seq.d/ 1378 0.0 VHI141 (VHI141Q) /CSM/VH/VHI1-B/VHI141Q.Seq.d/ 1372 0.0 VHJ846 (VHJ846Q) /CSM/VH/VHJ8-B/VHJ846Q.Seq.d/ 1370 0.0 VHJ613 (VHJ613Q) /CSM/VH/VHJ6-A/VHJ613Q.Seq.d/ 1370 0.0 VHO292 (VHO292Q) /CSM/VH/VHO2-D/VHO292Q.Seq.d/ 1368 0.0 VHN257 (VHN257Q) /CSM/VH/VHN2-C/VHN257Q.Seq.d/ 1368 0.0 VHB427 (VHB427Q) /CSM/VH/VHB4-B/VHB427Q.Seq.d/ 1368 0.0 VHP265 (VHP265Q) /CSM/VH/VHP2-C/VHP265Q.Seq.d/ 1366 0.0
own update	2004.12.25
Homology vs DNA	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value N AC117072\|AC117072.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 3323568-3470138 strain AX4, complete sequence. 196 6e-46 12 AC116979\|AC116979.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 6357117-6445670 strain AX4, complete sequence. 90 2e-40 14 AC115592\|AC115592.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1-125959 strain AX4, complete sequence. 92 3e-40 15 AC117075\|AC117075.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 5201047-5455781 strain AX4, complete sequence. 54 4e-11 17 AY392441\|AY392441.1 Dictyostelium discoideum possible blackjack gene, complete cds. 80 1e-10 1 AC116305\|AC116305.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 1005175-1418323 strain AX4, complete sequence. 36 6e-06 20 AC145781\|AC145781.10 Cicer arietinum clone gl1-4p10 strain FLIP84-92C, WORKING DRAFT SEQUENCE, 5 unordered pieces. 30 1e-05 12 AC115683\|AC115683.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map complement(6135149-6105997) strain AX4, complete sequence. 54 2e-05 5 AC115577\|AC115577.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 4657875-4914984 strain AX4, complete sequence. 38 0.006 19 AC116984\|AC116984.2 Dictyostelium discoideum chromosome 2 map 2567470-3108875 strain AX4, complete sequence. 36 0.008 26
dna update	2003.11.29
Homology vs Protein	Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value AC117075_64(AC117075\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 125 3e-27 AC116100_9(AC116100\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom... 108 4e-22 AC116920_20(AC116920\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 97 2e-18 AC116967_7(AC116967\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom... 95 6e-18 AC116920_24(AC116920\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 94 2e-17 AC116963_42(AC116963\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 92 4e-17 AC116920_25(AC116920\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 90 2e-16 AC116967_8(AC116967\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromosom... 90 2e-16 AC117081_39(AC117081\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 89 5e-16 AC116956_34(AC116956\|pid:none) Dictyostelium discoideum chromoso... 86 4e-15
protein update	2009. 5.16
PSORT	psg: 0.65 gvh: 0.38 alm: 0.38 top: 0.53 tms: 0.00 mit: 0.22 mip: 0.00 nuc: 0.00 erl: 0.00 erm: 0.00 pox: 0.00 px2: 0.00 vac: 0.00 rnp: 0.00 act: 0.00 caa: 0.00 yqr: 0.00 tyr: 0.00 leu: 0.00 gpi: 0.00 myr: 0.00 dna: 0.00 rib: 0.00 bac: 0.00 m1a: 0.00 m1b: 0.00 m2 : 0.00 mNt: 0.00 m3a: 0.00 m3b: 0.00 m_ : 1.00 60.0 %: cytoplasmic 20.0 %: nuclear 12.0 %: mitochondrial 4.0 %: cytoskeletal 4.0 %: vesicles of secretory system >> prediction for CFJ201 is cyt
5' end seq. ID	CFJ201F
5' end seq.	>CFJ201F.Seq TTCAAAAGCAAAAGCATTCGAATATCAATACTACAAATGTCCACTCAATTGTTCAACACC AAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAA TTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAA TAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCG ATGTCCACTCAATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTAC ATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTC GACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTT TGGTAATTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTG TGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATT CACTCAATGCCCACTCTATTGTTCAACACCAAATGGTACTTGTGATATTAATAGTGGTAT TTGTACATGTGATAATGAACATATTGGTAATGGTTGCGAAATTANNNNNNNNNN
Length of 5' end seq.	654
3' end seq. ID	CFJ201Z
3' end seq.	>CFJ201Z.Seq NNNNNNNNNNATAATAANACTGGTAATTGTACATGCCCATAATGGAACATTTTGGTAATG GTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACCACCAAATGGTACTTGTGATAAT AATACTGGTAATTGTACATGCCCATAATGAACATTTTGGTAATTCTTGTGAATTTACTCG ATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTAC ATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTCACTCAATGCCCACTCTATTGTTC AACACCAAATGGTACTTGTGATATTAATAGTGGTATTTGTACATGTGATAATGAACATAT TGGTAATGGTTGCGAAATTAAATTTATTGAATGTAAACATAAATGTTCAACCAAACATGG AATATGTGATAATGATAGTGGTAATTGTAAATGTGATACTCAAACAAAAGGATTAACGTG TGAAGAATCAAGATTATTAATTGAATCATTAGACTCAATCAATTCAAAAGGTGGTACAAT AAATATAATTGGTTATTTTGGAAATACAACATCATTATTAACAATTAAAATTGGTGAATC ACAATGTAAAAATATCAAAGTATTCAATGAAACAACATTAAAATGTGATATTGGTGAAGG TAAAGGTATTCATAATATTACAATCATTGATGATGACCTTTCGTTCACAGCAATCAATAA GTTCCAATATCTCGATGAAAAAACAAAAATCTCAAAAATATCGAGAGGTGCAATTGCTGG TATTGTTGTTGGTTGTGTTGTTGCTGTTTCATTAATTGGTTCTATTGCTTTTTATTATCA TCACAAAAATAAAAAGGTTAATCTTTCTTCTAAAAACTAAAATAAAATTTAACCATTAGG TTTTT
Length of 3' end seq.	905
Connected seq. ID	CFJ201P
Connected seq.	>CFJ201P.Seq TTCAAAAGCAAAAGCATTCGAATATCAATACTACAAATGTCCACTCAATTGTTCAACACC AAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAA TTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAA TAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCG ATGTCCACTCAATTGTTCGACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTAC ATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTC GACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTT TGGTAATTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGTTCGACACCAAATGGTACTTG TGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATT CACTCAATGCCCACTCTATTGTTCAACACCAAATGGTACTTGTGATATTAATAGTGGTAT TTGTACATGTGATAATGAACATATTGGTAATGGTTGCGAAATTA----------ATAATA ANACTGGTAATTGTACATGCCCATAATGGAACATTTTGGTAATGGTTGTGAATTTACTCG ATGTCCACTCGATTGTTCGACCACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTA CATGCCCATAATGAACATTTTGGTAATTCTTGTGAATTTACTCGATGTCCACTCGATTGT TCGACACCAAATGGTACTTGTGATAATAATACTGGTAATTGTACATGCCATAATGAACAT TTTGGTAATGGTTGTGAATTCACTCAATGCCCACTCTATTGTTCAACACCAAATGGTACT TGTGATATTAATAGTGGTATTTGTACATGTGATAATGAACATATTGGTAATGGTTGCGAA ATTAAATTTATTGAATGTAAACATAAATGTTCAACCAAACATGGAATATGTGATAATGAT AGTGGTAATTGTAAATGTGATACTCAAACAAAAGGATTAACGTGTGAAGAATCAAGATTA TTAATTGAATCATTAGACTCAATCAATTCAAAAGGTGGTACAATAAATATAATTGGTTAT TTTGGAAATACAACATCATTATTAACAATTAAAATTGGTGAATCACAATGTAAAAATATC AAAGTATTCAATGAAACAACATTAAAATGTGATATTGGTGAAGGTAAAGGTATTCATAAT ATTACAATCATTGATGATGACCTTTCGTTCACAGCAATCAATAAGTTCCAATATCTCGAT GAAAAAACAAAAATCTCAAAAATATCGAGAGGTGCAATTGCTGGTATTGTTGTTGGTTGT GTTGTTGCTGTTTCATTAATTGGTTCTATTGCTTTTTATTATCATCACAAAAATAAAAAG GTTAATCTTTCTTCTAAAAACTAAAATAAAATTTAACCATTAGGTTTTT
Length of connected seq.	1539
Full length Seq ID	-
Full length Seq.	-
Length of full length seq.	-

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